RSS Feed (xml)
Virus avian influenza
(AIV) H7N7 dapat dibagi menjadi AIV patogen rendah (LPAI) dan AIV patogen
tinggi (HPAI). Ini telah terbukti
menginfeksi manusia dan hewan. Status prevalensinya pada burung liar di Cina
sebagian besar masih belum jelas. Dalam studi ini, strain baru H7N7 AIV,
bernama CM1216, diisolasi dari burung liar di Shanghai, Cina, dikarakterisasi. Analisis urutan filogenetik dan nukleotida
CM1216 mengungkapkan bahwa gen HA, NA, PB1, NP, dan M memiliki identitas
nukleotida tertinggi dengan subtipe H7 Jepang AIV yang beredar pada tahun 2019;
gen PB2 dan PA memiliki identitas nukleotida tertinggi dengan subtipe Korea H7
AIV yang beredar pada burung liar tahun 2018, sedangkan gen NS CM1216 adalah
98,93% identik dengan itik AIV yang beredar di Bangladesh, dan semuanya
tergolong dalam garis keturunan Eurasia. Rekonstruksi filogenetik Bayesian dari
2 gen permukaan CM1216 menunjukkan bahwa beberapa reassortment mungkin telah
terjadi pada tahun 2015. Mutasi ditemukan di HA (A135 T, T136S, dan T160 A
[penomoran H3]), M1 (N30D dan T215 A), NS1 (P42S dan D97 E), PB2 (R389 K), dan
protein PA (N383D); mutasi ini telah terbukti terkait dengan adaptasi mamalia
dan perubahan virulensi AIV. Studi infeksi menunjukkan bahwa CM1216 dapat
menginfeksi tikus dan menyebabkan gejala khas infeksi virus influenza dan
berkembang biak di paru-paru tanpa adaptasi sebelumnya. Studi ini menunjukkan
perlunya pengawasan rutin AIV pada burung liar dan deteksi evolusinya menjadi
virus dengan patogenisitas tinggi dan kemampuan menginfeksi manusia.
I. LATAR
BELAKANG
Avian
influenza virus (AIV) memiliki genom RNA beruntai
tunggal, beruntai tunggal, dan berindra negatif. Burung liar adalah inang alami
mereka. Enam belas subtipe hemagglutinin (HA) dan 9 neuraminidase (NA) dari AIV
telah ditemukan, dan strain dari hampir semua kemungkinan kombinasi subtipe HA
dan NA telah terdeteksi (Yoon et al., 1992; Fouchier et al., 2005). AIV dibagi
menjadi kelompok virus flu burung patogen rendah (LPAIV) dan virus flu burung
patogen tinggi (HPAIV). Hanya subtipe H5 dan H7 yang dikaitkan dengan wabah
HPAIV (Swayne, 2012). Beberapa LPAIV berpotensi untuk berkembang menjadi HPAIV
melalui serangkaian mutasi dan rekombinasi (Alexander, 2000). Subtipe H7 dari
AIVs telah menyebabkan wabah pada unggas selama beberapa dekade dan menjadi
ancaman besar bagi manusia (Belser et al., 2009; Swayne, 2012). AIV H7N9
pertama kali ditemukan menyebabkan infeksi fatal pada manusia pada tahun 2013
di Tiongkok Timur (Gao et al., 2013; Zeng et al., 2013). Analisis asal dan
sumber AIV H7N9 ini mengungkapkan bahwa ia berasal dari unggas liar dan telah
menginfeksi itik peliharaan, yang menyebabkan wabah H7N9 AIV 2013 di China (Lam
et al., 2013). Pada tahun yang sama, strain H7N9 AIV lainnya diisolasi dari
burung pipit pohon yang tampaknya sehat di Shanghai. Seluruh komposisi gen
virus ini ditemukan mirip dengan isolat dari manusia (Zhao et al., 2014).
Pengamatan ini menjamin kebutuhan untuk memantau virus influenza subtipe H7
pada burung liar.
AIV H7N7 pertama kali
terdeteksi pada ayam di Italia pada tahun 1902 (Horimoto dan Kawaoka, 2001) dan
telah banyak ditemukan pada burung liar dan unggas peliharaan di seluruh dunia
(Campitelli et al., 2008; Smietanka et al., 2011). Pada tahun 2003, satu kasus
sindrom gangguan pernapasan akut yang fatal dilaporkan pada pasien dengan
infeksi AIV H7N7 selama wabah di Belanda (Fouchier et al., 2004). Dalam wabah
ini, 86 individu yang terlibat dalam operasi pemusnahan hewan ternak dan 3
anggota keluarganya yang tidak bersentuhan langsung dengan unggas yang tertular
dipastikan terinfeksi AIV H7N7 ini, menunjukkan bahwa telah terjadi penularan
dari manusia ke manusia yang terbatas. (Koopmans et al., 2004). Selanjutnya,
strain AIV H7N7 lainnya ditemukan di peternakan unggas di beberapa negara
Eropa. Strain AIV H7N7 yang sangat patogen juga terdeteksi di peternakan unggas
di Inggris pada tahun 2008. Analisis filogenetik menunjukkan bahwa HPAIV H7N7
ini berasal dari LPAIV H7N7 (Seekings et al., 2018).
Di China, AIV H7N7
pertama kali terdeteksi di pasar unggas hidup di Provinsi Zhejiang pada tahun
2013. AIV ini terbukti dapat menginfeksi dan menyebabkan pneumonia parah pada
musang, yang menunjukkan kemampuannya untuk melewati penghalang antarspesies.
Selain itu, ditemukan 2 strain AIV H7N7 pada burung migran di China pada tahun
2013 (Liu et al., 2018). Beberapa gen dari 2 galur H7N7 ini ditemukan
berkerabat dekat dengan gen H7N7 AIV yang bersirkulasi pada unggas peliharaan,
yang menunjukkan adanya pertukaran gen antara burung migran dan unggas. Namun
informasi H7N7 AIV pada unggas liar di China sangat terbatas. Dalam database
Global Initiative on Sharing All Influenza Data, hingga saat ini hanya
ditemukan 14 AIV H7N7 dari burung liar di China. AIV ini didistribusikan di
Hubei, Hunan, Jiangxi, dan Hong Kong dari 2009 hingga 2014. Shanghai terletak
di Delta Sungai Yangtze dan merupakan tempat persinggahan penting bagi banyak
burung migran di jalur terbang migrasi Asia Timur-Australia. Untuk mengetahui
prevalensi H7N7 AIV di Shanghai, kami melakukan surveilans pada burung liar di
pulau Chongming pada tahun 2018. Satu novel H7N7 AIV dengan reassortment multi
genom diisolasi dari burung liar. Filogenetik dan patogenisitas virus ini
diselidiki.
II.
METODE
ANALISIS
Sampel
Dari April 2017 hingga
Desember 2018, 751 sampel usap trakea dan kloaka dikumpulkan dari burung liar
di pulau Chongming, Shanghai, Cina. Masing-masing sampel ini ditempatkan dalam
tabung Eppendorf 5 mL yang berisi 2 mL media transpor virus dan kemudian
disimpan pada suhu -80 ° C sampai digunakan. Burung liar ditangkap dan diambil
sampelnya dengan izin dan pengawasan dari Kantor Manajemen dan Konservasi
Kehidupan Liar Shanghai.
Identifikasi
dan Isolasi Virus
Setelah sentrifugasi
tabung yang berisi swab, supernatan dikumpulkan. RNA virus diekstraksi dari
setiap supernatan menggunakan MagMAX Patogen RNA / Kit DNA (Applied Biosystems,
Waltham, MA) sesuai dengan protokol pabrik. AIV diidentifikasi dengan PCR
transkripsi balik waktu nyata dengan primer gen matriks (M) dan set probe (WHO,
2002). Subtipe AIV ditentukan dengan sekuensing nukleotida menggunakan primer
universal yang dijelaskan dalam WHO (2002). Untuk menyebarkan virus, sampel
positif AIV yang dipilih diinokulasi ke dalam embrio ayam bebas patogen
spesifik berumur 9 sampai 10 hari. Embrio ayam yang diinokulasi diinkubasi
selama 72 jam pada suhu 37 ° C dalam kondisi lembab dan kemudian didinginkan
pada suhu 4 ° C selama 6 sampai 8 jam. Cairan allantoic dari embrio ayam yang
diinokulasi diperiksa untuk keberhasilan pertumbuhan AIV menggunakan tes HA
dengan 1% sel darah merah ayam seperti yang dijelaskan sebelumnya (WHO, 2002).
Cairan allantoic HA-positif dikumpulkan dan disimpan pada -80 ° C sampai
digunakan.
RT-PCR
dan Pengurutan Genom
Viral RNA diekstraksi
dari cairan allantoic menggunakan kit RNeasy Mini (Qiagen, Hilden, Jerman) dan
ditranskripsikan menjadi cDNA menggunakan primer Uni12 (5′-AGC AAA AGC AGG-3 ′)
dan PrimScript II first Strand cDNA Synthesis Kit (Takara, Jepang). 8 segmen
RNA genomik H7 subtipe AIV diamplifikasi menggunakan primer universal. Setiap
reaksi PCR mengandung 1 μL cDNA, 1 μL masing-masing primer maju dan mundur,
12,5 μL Campuran Sempurna Taq HS (Takara, Mountain View, CA), dan 10,5 μL air
bebas Rnase dalam volume akhir 25 μL. Produk PCR diurutkan menggunakan kit
terminasi BigDye (Applied Biosystems, Foster City, CA) pada penganalisis urutan
ABI 3730.
Analisis
Urutan dan Pohon Filogenetik
Urutan nukleotida
dianalisis dan diselaraskan menggunakan program DNAMAN (versi 6.0). Pohon
filogenetik dihasilkan dengan menggunakan algoritma penggabungan-tetangga dan
model 2-parameter dengan analisis bootstrap (1.000 ulangan) dalam perangkat
lunak MEGA-X (https://www.megasoftware.net/). Urutan lain yang digunakan untuk
analisis filogenetik diperoleh dari GenBank dan database Global Initiative on
Sharing All Influenza Data EpiFlu.
Analisis
Filodinamik
Menurut alur kerja yang
diterbitkan dari analisis evolusi Bayesian (Wei et al., 2017), tingkat evolusi
dari 2 gen permukaan dianalisis. TempEst (versi 1.5.3;
http://tree.bio.ed.ac.uk/) digunakan untuk melakukan analisis regresi jarak
genetik dan tanggal pengambilan sampel dalam penelitian ini. Bayesian
Evolutionary Analysis Sampling Trees (BEAST) v1.10.4 digunakan untuk
memperkirakan waktu dari nenek moyang yang paling baru (tMRCA) dan laju
substitusi nukleotida. Kami menggunakan model substitusi nukleotida
Hasegawa-Kishino-Yano dengan variasi kecepatan antar situs terdistribusi gamma
dan jam santai tidak berkorelasi. Semua rantai dijalankan dalam 50.000.000
generasi, dan nilai ukuran sampel efektif (ESS) dalam hasil lebih besar dari
200. Selain itu, Tracer v1.6 (http://tree.bio.ed.ac.uk/) digunakan untuk
mengkonfirmasi keandalan hasil. Semua pohon diberi anotasi oleh Tree Annotator
dengan 10% burn-in cutoffs, dan kredibilitas klade maksimum pohon
divisualisasikan dan didekorasi oleh FigTree v1.4.4
(http://tree.bio.ed.ac.uk/software/figtree/ ).
Hewan
Sebanyak 42 mencit
betina BALB / c bebas patogen berumur enam sampai delapan minggu, yang dibeli
dari Shanghai Jiesijie Experimental Animal Co., Ltd. (Shanghai, China),
digunakan dalam penelitian ini. Tikus diberi makanan dan air ad libitum dan
dipelihara dalam siklus terang 12 jam dan gelap 12 jam.
Studi
Infeksi pada Tikus
Untuk mengetahui
infeksi AIV pada hewan, 26 mencit dibagi secara acak menjadi 2 kelompok dengan
20 pada kelompok eksperimen dan 6 pada kelompok kontrol. Setelah dianestesi
dengan eter, mencit pada kelompok eksperimen diinokulasi secara intranasal
dengan H7N7 AIV (50 μL dari 106 EID50 / 100 μL), dan tikus pada kelompok
kontrol diinokulasi secara intranasal dengan jumlah cairan allantoic noninfeksi
yang sama. Untuk mengevaluasi replikasi virus di paru-paru, masing-masing 3
tikus dari kelompok eksperimen disuntik mati pada 3, 5, dan 7 hari pasca
infeksi (d.p.i.), dan paru-paru mereka dikumpulkan. Berat setiap paru
ditentukan, dan indeks paru dihitung dengan rumus berikut: indeks paru (%) =
total massa paru / rata-rata massa tubuh kontrol (hari 0) x 100%. Sebagian dari
setiap paru difiksasi dengan formalin dan diproses untuk pemeriksaan histologi
dan imunohistokimia (IHC). Singkatnya, sampel paru-paru difiksasi dalam 10%
buffered formalin, diproses, dan diwarnai dengan hematoksilin dan eosin.
Antibodi anti-influenza H7N7 (CM1216) melawan nukleoprotein (NP) digunakan
untuk IHC. Jaringan paru-paru yang tersisa digunakan untuk penentuan titer
virus berikutnya pada sel ginjal anjing Madin-Darby seperti yang dijelaskan
sebelumnya (Price et al., 2000). Tikus yang tersisa dipantau setiap hari untuk
gejala klinis, berat badan, dan waktu kelangsungan hidup selama 14 hari setelah
infeksi.
Analisis
statistik
Data dinyatakan sebagai
mean ± SD. Perbedaan antar kelompok dianalisis dengan ANOVA satu arah.
Perbedaan antara 2 kelompok dianalisis dengan uji t Student menggunakan SPSS 19
(SPSS Inc., Chicago, IL). Grafik dibuat menggunakan GraphPad Prism 7 (GraphPad
Software Inc., San Diego, CA).
Nomor
Aksesi di GenBank
Urutan nukleotida
diarsipkan di GenBank dengan nomor aksesi MK554564 - MK55571.
Keamanan
Hayati dan Penanganan Hewan
Semua percobaan
dilakukan dalam kondisi biosafety level-2. Hewan dipelihara sesuai dengan
pedoman National Institutes of Health untuk Perawatan dan Penggunaan Hewan
Eksperimental. Semua protokol eksperimental telah ditinjau dan disetujui oleh
Komite Investigasi Hewan (no. BRDW-XBS-19-02).
III.
HASIL-HASIL
Urutan
Nukleotida dan Analisis Filogenetik CM1216
Pada tanggal 16
Desember 2018 diperoleh 2 isolat AIV H7N7 dari tanaman teals (Anas crecca) di
Pulau Chongming, Shanghai. Urutan nukleotida dari 2 isolat ini ternyata
identik. Virus itu dinamai A / common teal / Shanghai / CM1216 / 2018,
selanjutnya disebut CM1216.
Analisis urutan genom
menunjukkan bahwa gen HA dan NA CM1216 masing-masing adalah 99,57 dan 99,63%,
homolog dengan burung liar Jepang H7N7 AIV (A / mallard / Tottori / 31 C /
2019) pada tahun 2019. Ketiga gen internal, polimerase gen dasar 1, NP, dan
matriks, juga berbagi 99,78 hingga 99,90% identitas nukleotida dengan burung
liar Jepang H7N7 AIV. Gen polimerase basa 2 (PB2) dan polimerase asam (PA)
berbagi 99,82 dan 99,76% identitas nukleotida dengan yang ada pada angsa H7N7
AIV yang beredar di Korea Selatan, sedangkan gen nonstruktural (NS) dari CM1216
adalah 98,93% identik dengan gen bebek AIV yang beredar di Bangladesh (Tabel 1).
Tabel
1. Analisis homologi CM1216 dengan isolat di NCBI.
|
Gen |
Segment-ID |
Virus |
Homologi (%) |
|
PB2 |
MN483236.1 |
A/White-fronted Goose/South
Korea/KNU18-119/2018(H7N7) |
99.82 |
|
PB1 |
LC496342.1 |
A/mallard/Tottori/31 C/2019(H7N7) |
99.78 |
|
PA |
MN602509.1 |
A/White-fronted Goose/South
Korea/KNU18-119/2018(H7N7) |
99.76 |
|
HA |
LC496344.1 |
A/mallard/Tottori/31 C/2019(H7N7) |
99.57 |
|
NP |
LC496345.1 |
A/mallard/Tottori/31 C/2019(H7N7) |
99.87 |
|
NA |
LC496346.1 |
A/mallard/Tottori/31 C/2019(H7N7) |
99.63 |
|
M |
LC496347.1 |
A/mallard/Tottori/31 C/2019(H7N7) |
99.90 |
|
NS |
MT090541.1 |
A/duck/Bangladesh/38292/2019(H2N2) |
98.93 |
Topologi gen CM1216 8
pada pohon filogenetik serupa, dan semuanya termasuk dalam garis keturunan
Eurasia (Gambar 1 dan 2). Gen HA, NA (Gambar 1), PB2, PB1, PA, NS, dan M
(Gambar 2) dari CM1216 digabungkan dengan subtipe H7 Jepang dan Korea ke dalam
subtipe kecil dan kemudian dikelompokkan dengan subtipe AIV berbeda yang
beredar pada unggas dan burung liar di Mongolia dan Bangladesh, sedangkan gen
NS (Gambar 2) terpisah dalam sub-garis keturunan kecil, yang dekat dengan
Georgia AIVs.
Gambar 1. Pohon
filogenetik gen HA dan NA CM1216. Pohon tetangga-bergabung dibangun menggunakan
model 2-parameter Kimura di perangkat lunak MEGA-X
(http://www.megasoftware.net/). Nilai bootstrap dihitung untuk 1.000 ulangan;
nilai kurang dari 75% tidak ditampilkan. Angka menunjukkan nilai bootstrap yang
bergabung dengan tetangga. Virus (CM1216) yang dicirikan pada penelitian ini
ditandai dengan segitiga terisi, virus H7N7 Korea ditandai dengan lingkaran
terisi.
Gambar 2. Pohon
filogenetik dari 6 gen internal CM1216 lainnya
Karakterisasi
Molekuler dan Analisis Genetik CM1216
CM1216 ditemukan
memiliki situs pembelahan monobasik (PEKLPKGR) yang terletak di antara gen HA1
dan HA2, menyiratkan bahwa itu adalah patogen rendah pada ayam (Tabel 2). Motif
pengikatan reseptor CM1216 ditemukan sebagai QRG, terletak pada asam amino
226-228 (penomoran H3), menunjukkan bahwa CM1216 secara istimewa mengikat
reseptor unggas (asam sialat alpha-2,3-galaktosa, SA α-2, 3 Gal) (Chutinimitkul
et al., 2010). Protein HA CM1216 ditemukan memiliki mutasi T160 A, yang telah
terbukti meningkatkan afinitas pengikatan AIV ke reseptor mirip manusia (SA
α-2, 6 Gal) (Stevens et al., 2008). Analisis urutan asam amino CM1216 HA
mengungkapkan 5 kemungkinan motif glikosilasi (30GNT, 46NAT, 423NWT, 495NNT,
249NDT). Tidak ada penghapusan asam amino di daerah batang NA (posisi 69-73)
diamati, dan urutan asam amino NA CM1216 ditemukan memiliki 9 lokasi
glikosilasi potensial (32NVS, 87NKS, 401NWS, 67NNTT, 145NGT, 200NAT, 234NGT,
47NLT, 56NNTT). Mutasi yang terlibat dalam resistensi obat (penghambat NA dan
penghambat M2) tidak ditemukan pada CM1216, menunjukkan bahwa hal itu mungkin
sensitif terhadap penghambat NA dan penghambat saluran ion M2. Substitusi N30D
dan T215 A, yang telah terbukti meningkatkan patogenisitas mamalia, pada
protein M1 ditemukan (Tabel 2). Adanya E627 dan D701 pada PB2 menunjukkan bahwa
isolat tersebut bukan AIV yang beradaptasi dengan mamalia, tetapi keberadaan
K389 dalam PB2 menunjukkan adanya adaptasi mamalia. Residu E97 dan S42 pada gen
NS dan residu D383 pada gen PA juga ditemukan; residu ini telah terbukti
terkait dengan peningkatan patogenisitas AIV pada tikus (Song et al., 2015).
Tabel
2. Substitusi asam amino dalam berbagai protein CM1216.
|
Protein |
Situs Mutasi (aa) |
Residu Asam Amino pada CM1216 |
Fungsi yang memungkinkan |
|
HA |
PEKLPKGR |
Situs pembelahan HA |
|
|
Q226 L |
Q |
Pergeseran pengikat reseptor (RBS) posisi
(penomoran H3), spesifisitas reseptor yang diubah |
|
|
G228S |
G |
Peningkatan afinitas untuk asam sialic terkait α-2, 6 manusiareceptors |
|
|
V186 N |
G |
Preferensi pengikatan reseptor manusia dari
subtipe H13 |
|
|
T160 A |
A |
Afinitas pengikatan dengan reseptor mirip manusia
(α2-6-SA) dapat meningkat (Gao et al., 2018) |
|
|
A135 T |
T |
Kekhususan pengikatan reseptor |
|
|
T136S |
S |
||
|
E190D |
E |
Preferensi pengikatan reseptor manusia (H5) |
|
|
30GNT, 46NAT, 423NWT, 495NNT, 249NDT |
Motif glikosilasi |
||
|
NA |
69-73 |
No deletion |
Stalk |
|
R292 K |
R |
Resistensi antivirus R292 K (oseltamivir) (Song et
al., 2015) |
|
|
E119 V |
P |
Mutasi resistensi inhibitor neuraminidase (Song et
al., 2015) |
|
|
R152 W |
T |
||
|
H274Y |
H |
||
|
D293 N |
D |
||
|
E276D |
E |
||
|
32NVS, 87NKS, 401NWS, 67NNTT, 145NGT, 200NAT,
234NGT, 47NLT, 56NNTT |
Motif glikosilasi |
||
|
M1 |
N30D |
D |
Peningkatan patogenisitas H5N1 pada tikus |
|
T215 A |
A |
Peningkatan patogenisitas |
|
|
V15I |
V |
Peningkatan patogenisitas |
|
|
M2 |
S31 N |
S |
Mutasi resistensi Adamantine / Resistensi
antivirus S31 N (amantadine) |
|
NS |
218-230 |
No deletion |
|
|
P42S |
S |
Meningkatnya virulensi pada tikus |
|
|
D97 E |
E |
Peningkatan patogenisitas pada tikus |
|
|
L89 V |
Y |
Peningkatan aktivitas polimerase dan peningkatan virulensi
pada tikus |
|
|
PB1 |
13 |
P |
|
|
H99Y |
H |
Penularan virus H5 di antara musang |
|
|
198 |
K |
||
|
I368 V |
I |
Penularan virus H5 di antara musang |
|
|
R118I |
R |
||
|
PB2 |
E627 K |
E |
Peningkatan aktivitas polimerase dan peningkatan virulensi pada tikus. Mutasi adaptasi mamalia (Jong et al., 2013; Li et al., 2017) |
|
T271 A |
T |
||
|
D701 N |
D |
Meningkatkan replikasi, patogenisitas, dan
penularan virus H1N1 (Zhou et al., 2013) |
|
|
R389 K |
K |
Mutasi adaptasi mamalia |
|
|
T271 A |
T |
Peningkatan adaptasi pada mamalia |
|
|
S224P |
S |
Meningkatnya patogenisitas H5N1 pada itik |
|
|
PA |
N383D |
D |
Meningkatnya patogenisitas H5N1 pada itik |
|
V100 A |
V |
||
|
K356 R |
K |
||
|
S409 N |
S |
||
|
L550 M |
L |
||
Estimasi
Laju Evolusi Gen CM1216
Analisis gabungan
filogenetik dan Bayesian dilakukan untuk memperkirakan tingkat evolusi dan
tMRCA dari 2 gen permukaan strain CM1216. Terdapat hubungan yang kuat antara
jarak genetik dan lokasi pengambilan sampel pada gen HA (n = 78; koefisien
korelasi = 0.9257; R2 = 0.8568) dan NA (n = 97; koefisien korelasi = 0.9857; R2
= 0.97), yang menunjukkan bahwa data set tersedia untuk melakukan analisis jam
molekul filogenetik di BEAST. Tingkat substitusi (dalam unit substitusi
nukleotida per situs per tahun) dari gen HA dan NA diperkirakan 5.9766E-3 (95%
HPD: 4.724E-3-7.2532E-3) dan 4.4501E-3 (95 % HPD: 3.4735E-3-5.3627E-3),
masing-masing (Tabel 3). Dengan menggunakan model jam molekuler santai, kami
melakukan estimasi independen rantai Bayesian Markov Monte Carlo untuk 2 gen
permukaan. TMRCA dari 2 gen ditemukan berkerumun pada tahun 2015. 6257 dan
2015. 8924 (Tabel 3). Dengan demikian, reassortment genom CM1216 mungkin telah
terjadi pada tahun 2015.
Tabel
3. Laju evolusi dan nenek moyang terbaru (tMRCA) dari gen HA dan NA strain
CM1216
|
Gen |
Tingkat
substitusi (subs / situs / tahun)) |
tMRCA (tahun kalender) |
||
|
Rata-rata |
Interval HPD 95% |
tMRCA |
95% HPD |
|
|
HA |
5.9766E-3 |
[4.7247E-3, 7.2532E-3] |
2015.6257 |
[2015.2334, 2016.7161] |
|
NA |
4.4501E-3 |
[3.4735E-3, 5.3627E-3] |
2015.8924 |
[2013.8419, 2018.1656] |
Singkatan: Interval HPD (highest posterior density interval) 95% kepadatan posterior tertinggi
Patogenisitas
CM1216 pada Tikus
Untuk mengevaluasi patogenisitas CM1216, 26 mencit BALB / c dibagi secara acak menjadi kelompok eksperimen dan kontrol. Semua tikus yang terinfeksi CM1216 bertahan selama 2 minggu periode pengamatan, tetapi mereka mulai menunjukkan tanda-tanda klinis 1 hari setelah infeksi, termasuk tidak adanya aktivitas, tidak aktif, dan bulu yang kusut (data tidak ditampilkan). Tidak ada satupun tikus pada kelompok kontrol yang menunjukkan tanda-tanda klinis atau mati selama periode observasi. Pada 2 d.p.i., berat badan rata-rata mencit yang terinfeksi turun ke level terendah (83%) dan kemudian berangsur pulih (Gambar 3A). Pada 3 dan 5 d.p.i., indeks paru mencit yang terinfeksi meningkat secara signifikan dibandingkan dengan tikus kontrol (Gambar 3B). Namun, tidak ada perbedaan yang signifikan dalam indeks paru antara 2 kelompok pada 7 d.p.i., yang menunjukkan bahwa mencit yang terinfeksi telah pulih pada waktu tersebut. Titer virus yang tinggi di paru-paru tikus yang terinfeksi diamati pada 3 dan 5 hari, dan tidak ada titer virus yang terdeteksi pada 7 hari. (Gambar 3C). Pneumonia difus yang parah, ditandai dengan infiltrasi neutrofil, kerusakan epitel alveolar, deskuamasi sel epitel bronkial, kongesti, dan perdarahan, diamati pada tikus yang terinfeksi pada 3 dan 5 hari. (Gambar 4A dan 4B, panah padat). Tidak ada perubahan histopatologi pada paru mencit yang terinfeksi pada 7 hari i dan tikus kontrol (Gambar 4C dan 4D). Data ini menunjukkan bahwa CM1216 dapat berkembang biak secara efektif dan menyebabkan edema paru pada tikus. Hasil ini diperkuat oleh IHC (Gambar 5). Antigen NP diamati melalui pewarnaan IHC pada bagian paru mencit setelah infeksi (Gambar 5A dan 5B), menunjukkan bahwa virus CM1216 bereplikasi di paru-paru tikus.
Gambar 3. Penurunan
berat badan, indeks paru, dan titer virus pada tikus.
(A) Penurunan berat
badan tikus yang terinfeksi (lingkaran penuh) dan tikus kontrol (kotak penuh).
(B) Indeks paru mencit
yang terinfeksi (lingkaran terisi) dan mencit kontrol (kotak terisi).
(C) Titer replikasi
virus di paru-paru pada 3, 5, dan 7 d.p.i. dari tikus yang terinfeksi (batang
hitam) dan tikus kontrol (batang abu-abu). Mencit diinfeksi secara intranasal
dengan virus H7N7 (50 μL dari 106 EID50 / 100 μL). Sampel
dikumpulkan pada hari yang sesuai setelah infeksi, dan titer virus ditentukan
dengan TCID50. ∗
P <0,05, ∗∗
P <0,01.
Gambar 4. Analisis
histopatologi jaringan paru dari mencit yang terinfeksi CM1216. Histologi
bagian paru diwarnai dengan hematoksilin dan eosin (H&E) dari tikus yang diinokulasi
pada tikus 3 (A), 5 (B), 7 (C) d.p.i., dan tikus kontrol (D). Panah hitam
menunjukkan area representatif dengan infiltrasi sel inflamasi, edema, dan
detasemen ringan sel epitel bronkial.
Gambar 5. Analisis
imunohistokimia (IHC) jaringan paru dari mencit yang terinfeksi CM1216.
Pewarnaan IHC dilakukan pada bagian paru-paru 3 (A), 5 (B), 7 (C) d.p.i., dan
tikus kontrol (D). Panah hitam menunjukkan area virus.
IV.
DISKUSI
ANALISIS
Subtipe H7 dari AIV
dapat menginfeksi berbagai spesies, termasuk burung liar, unggas, babi, anjing
laut, dan manusia (Naeve dan Webster, 1983; Capua dan Alexander, 2004; Lewis et
al., 2013; Zhou et al., 2014). Baru-baru ini, peningkatan yang signifikan dalam
prevalensi subtipe H7 dari AIV dan evolusi H7 LPAIV menjadi HPAIV diamati
(Abdelwhab et al., 2013).
Infeksi ayam buras di
Inggris oleh HPAIV H7N7 yang berasal dari burung liar LPAIV juga terlihat
(Seekings et al., 2018). Oleh karena itu, perlu dilakukan pemantauan virus
influenza subtipe H7 pada unggas liar.
Dalam studi ini, strain
AIV H7N7 baru, disebut CM1216, diisolasi dari teals umum di Pulau Chongming,
yang dikenal sebagai "Pintu Gerbang ke Sungai Yangtze" dan merupakan
pulau terbesar ketiga di Cina. Berdasarkan data surveilans tahunan kami (tidak
dipublikasikan), kami menemukan bahwa subtipe H7 dari AIV pertama kali
diidentifikasi dari burung liar, mengindikasikan subtipe H7 mungkin merupakan
strain AIV yang langka di daerah ini.
Burung teal (bebek air tawar kecil, biasanya
dengan pita kehijauan di sayap yang paling menonjol saat terbang) adalah salah
satu unggas air yang paling banyak bermigrasi di wilayah ini dan dapat membawa
banyak subtipe virus influenza yang berbeda, yang memberikan kondisi potensial
untuk reassortment genom di antara
virus influenza yang berbeda. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa CM1216
memiliki beberapa reassortment yang
membawa gen dari virus H7N7, H3N6, H6N2, dan H3N8 yang telah diisolasi
sebelumnya dari unggas dan itik liar di negara-negara Asia, Eropa, dan Amerika
(Tabel 1). Pengamatan ini menunjukkan bahwa H7N7 AIV yang ditemukan pada bebek
air tawar kecil ini di Shanghai mungkin telah mengalami reassortment genom dengan virus influenza lainnya.
Analisis filogenetik
menunjukkan bahwa CM1216 berkerabat dekat dengan virus yang beredar di subtipe
H7 Jepang dan Korea, dan semuanya berkelompok menjadi sub-garis keturunan
kecil. Kami juga menemukan bahwa subtipe virus H7 ini telah bertahan pada
burung liar sejak 2018, menunjukkan bahwa mereka mungkin telah beradaptasi
dengan inang burung liar di negara-negara ini. Seperti kita ketahui, Jepang,
Korea, dan Shanghai semuanya terletak di sepanjang jalur terbang migrasi Asia
Timur-Australia, jadi unggas air yang bermigrasi dalam penyebaran virus subtipe
H7 di sepanjang jalur terbang migrasi memainkan peran penting. Dapat
disimpulkan bahwa terdapat interaksi yang kompleks di antara berbagai burung
migran yang mengakibatkan perubahan pada gen
pool AIV.
Analisis filogenetik
dan filodinamik CM1216 mengungkapkan bahwa tingkat substitusi nukleotida dari
gen HA dan NA lebih tinggi daripada gen internal yang dilaporkan sebelumnya (Xu
et al., 2011); Protein HA dan NA diketahui
mengalami pergeseran antigen, dan fragmen genom yang membawa 2 gen ini menyusun
ulang lebih sering daripada segmen lainnya (Rabadan et al., 2008), yang mengarah pada evolusi dan variasi virus yang
berkelanjutan. Protein PB2 berperan penting
dalam patogenisitas virus influenza pada mamalia. Telah menunjukkan
bahwa beberapa mutasi pada protein PB2 dapat mendorong replikasi atau meningkatkan
patogenisitas virus (Jong et al., 2013; Zhou et al., 2013; Li et al., 2017).
Estimasi tMRCA untuk CM1216 dilakukan pada tahun 2015, yaitu 3 tahun sebelum
CM1216 diisolasi dalam penelitian ini. Karena kurangnya informasi tentang
infeksi CM1216 pada burung liar di China selama periode ini, kami tidak dapat
mengidentifikasi pendahulunya.
Virus influenza
biasanya menyebabkan manifestasi saluran pernapasan bagian atas dan bawah pada
manusia. Dalam kondisi laboratorium, banyak AIV termasuk subtipe H5N1 dan H7N9
juga menyebabkan infeksi pada saluran pernapasan atas dan bawah pada tikus
(Dybing et al., 2000; Szretter et al., 2007; Belser et al., 2013). Oleh karena
itu, tikus telah digunakan untuk mempelajari patogenesis AIVs (Kawaoka, 1991;
Kumar et al., 2015). Dalam studi ini, kami menemukan bahwa CM1216 dapat bereplikasi secara efisien pada tikus tanpa
adaptasi sebelumnya (Gambar 2 dan 3); kemampuan replikasi CM126 ini mirip
dengan isolat H7 Korea (Kang et al., 2014).
Namun,
patogenisitas CM1216 pada tikus berbeda dari 2 AIV H7N7 yang beragam secara
genetik (HH179 / H7N7 dan CH1288 / H7N7) yang lazim di China tengah karena 2
AIV ini avirulen pada tikus dan tidak dapat bereplikasi di organ mana pun dari
tikus yang terinfeksi (Liu et al., 2018). Virulensi terhadap
inang yang berbeda telah didalilkan (dipercaya) akibat mutasi pada beberapa
protein AIV termasuk HA, PB2, dan NS1 (Jiao et al., 2008; Gao et al., 2009;
Maines et al., 2011).
Dalam
studi ini, tidak ada mutasi asam amino utama yang ditemukan pada PB2, terutama
mutasi E627 K dan D701 N, yang telah terbukti meningkatkan adaptasi AIV lain
terhadap mamalia (Vines et al., 1998; Shinya et al.,
2004).
Mutasi lain termasuk
A135 T, T136S, dan T160 A di HA; N30D dan T215 A di M1; P42S dan D97 E di NS1;
R389 K di PB2; dan N383D di PA ditemukan di CM1216.
Substitusi T160 A di HA telah terbukti mempengaruhi tidak hanya properti pengikat reseptor tetapi juga penularan H5N1 AIV clade 2.3.4 pada kelinci percobaan (Gao et al., 2018). Protein HA dari H7N9 AIV yang diisolasi dari manusia di Cina memiliki substitusi T160 A dan Q226 L (penomoran H3), yang dapat meningkatkan pengikatan virus ke reseptor SA α-2, 6 Gal, memungkinkan penularan dari burung.
1. Apakah patogenisitas CM1216 pada tikus
terkait dengan mutasi ini masih harus diselidiki.
Karena CM1216 diisolasi dari burung
liar, ada kemungkinan bahwa CM1216 dapat menyebar ke daerah lain dengan cara
bermigrasi burung atau mengangkut unggas.
3. Secara keseluruhan, hasil kami
menunjukkan perlunya memantau evolusi AIV H7N7 dengan fokus khusus pada potensi
patogenisitasnya terhadap mamalia.
DAFTAR
PUSTAKA
1. Abdelwhab et al., 2013. E.S.M. Abdelwhab, J. Veits, T.C. Mettenleiter. Genetic changes that accompanied shifts of
low pathogenic avian influenza viruses toward higher pathogenicity in
poultry. Virulence, 4 (2013), pp.
441-452. CrossRefGoogle Scholar
2. Alexander, 2000. D.J. Alexander. A review of avian influenza in different bird species. Vet. Microbiol., 74 (2000), pp. 3-13. ArticleDownload PDFView Record in ScopusGoogle Scholar
4. Belser et al., 2009. J.A. Belser, C.B. Bridges, J.M. Katz, T.M.
Tumpey. Past, present, and possible
future human infection with influenza virus A subtype H7. Emerg. Infect Dis.,
15 (2009), pp. 859-865. CrossRefView Record in ScopusGoogle Scholar
5. Belser et al., 2013. J.A. Belser, K.M. Gustin, M.B. Pearce, T.R.
Maines, H. Zeng, C. Pappas, X. Sun, P.J. Carney, J.M. Villanueva, J. Stevens.
Pathogenesis and transmission of avian influenza A (H7N9) virus in ferrets and
mice. Nature, 501 (2013), pp. 556-559. CrossRefView Record in ScopusGoogle Scholar
6. Campitelli et al., 2008. L. Campitelli, A. Di Martino, D. Spagnolo, G.J. Smith, L. Di Trani, M. Facchini, M.A. De Marco, E. Foni, C. Chiapponi, A.M. Martin, H. Chen, Y. Guan, M. Delogu, I. Donatelli. Molecular analysis of avian H7 influenza viruses circulating in Eurasia in 1999-2005: detection of multiple reassortant virus genotypes. J. Gen. Virol., 89 (2008), pp. 48-59. CrossRefView Record in ScopusGoogle Scholar
8. Capua and Alexander, 2004. I. Capua, D.J.
Alexander. Avian influenza: recent developments. Avian Pathol., 33 (2004), pp.
393-404. View Record in ScopusGoogle Scholar
9. Chutinimitkul et al., 2010. S. Chutinimitkul, D. van Riel, V.J. Munster,
J.M. van den Brand, G.F. Rimmelzwaan, T. Kuiken, A.D. Osterhaus, R.A. Fouchier,
E. de Wit. In vitro assessment of
attachment pattern and replication efficiency of H5N1 influenza A viruses with
altered receptor specificity. J. Virol., 84 (2010), pp. 6825-6833. View Record in ScopusGoogle Scholar
10.Dybing et al., 2000. J.K. Dybing, S.
Schultz-Cherry, D.E. Swayne, D.L. Suarez, M.L. Perdue. Distinct pathogenesis of
Hong Kong-origin H5N1 viruses in mice compared to that of other highly
pathogenic H5 avian influenza viruses. J. Virol., 74 (2000), p. 1443. View Record in ScopusGoogle Scholar.
11. Fouchier et al., 2005. R.A.M. Fouchier, V.
Munster, A. Wallensten, T.M. Bestebroer, S. Herfst, D. Smith, G.F. Rimmelzwaan,
B. Olsen, A.D. Osterhaus. Characterization of a novel influenza A virus
hemagglutinin subtype (H16) obtained from black-headed gulls. J. Virol., 79
(2005), pp. 2814-2822. View Record in ScopusGoogle Scholar
12. Fouchier et al., 2004. R.A.M. Fouchier, P.M. Schneeberger, F.W.
Rozendaal, J.M. Broekman, S.A.G. Kemink, V. Munster, T. Kuiken, G.F.
Rimmelzwaan, M. Schutten, G.J.J.V. Doornum.
Avian influenza A virus (H7N7) associated with human conjunctivitis and
a fatal case of acute respiratory distress syndrome. P Natl. Acad. Sci. USA,
101 (2004), pp. 1356-1361. View Record in ScopusGoogle Scholar.
13. Gao et al., 2013. R. Gao, B. Cao, Y. Hu, Z. Feng, D. Wang, W.
Hu, J. Chen, Z. Jie, H. Qiu, K. Xu, X. Xu, H. Lu, W. Zhu, Z. Gao, N. Xiang, Y.
Shen, Z. He, Y. Gu, Z. Zhang, Y. Yang, X. Zhao, L. Zhou, X. Li, S. Zou, Y.
Zhang, X. Li, L. Yang, J. Guo, J. Dong, Q. Li, L. Dong, Y. Zhu, T. Bai, S.
Wang, P. Hao, W. Yang, Y. Zhang, J. Han, H. Yu, D. Li, G.F. Gao, G. Wu, Y.
Wang, Z. Yuan, Y. Shu. Human infection
with a novel avian-origin influenza A (H7N9) virus. N. Engl. J. Med., 368 (2013), pp. 1888-18897. CrossRefView Record in ScopusGoogle Scholar’
14. Gao et al., 2018. R. Gao, M. Gu, K. Liu, Q. Li, J. Li, L. Shi,
X. Li, X. Wang, J. Hu, X. Liu. T160A
mutation-induced deglycosylation at site 158 in hemagglutinin is a critical
determinant of the dual receptor binding properties of clade 2.3.4.4 H5NX
subtype avian influenza viruses. Vet.
Microbiol., 217 (2018), pp. 158-166. ArticleDownload PDFView Record in ScopusGoogle Scholar.
15. Gao et al., 2009. Y. Gao, Y. Zhang, K. Shinya, G. Deng, Y.
Jiang, Z. Li, Y. Guan, G. Tian, Y. Li, J. Shi, L. Liu, X. Zeng, Z. Bu, X. Xia,
Y. Kawaoka, H. Chen. Identification of
amino acids in HA and PB2 critical for the transmission of H5N1 avian influenza
viruses in a mammalian host. PLoS
Pathog., 5 (2009), p. e1000709. CrossRefView Record in ScopusGoogle Scholar
16.Horimoto and Kawaoka, 2001. T. Horimoto, Y. Kawaoka. Pandemic threat posed by avian influenza A
viruses. Clin. Microbiol. Rev., 14
(2001), pp. 129-149. View Record in ScopusGoogle Scholar
17. Jiao et al., 2008. P. Jiao, G. Tian, Y. Li, G. Deng, Y. Jiang,
C. Liu, W. Liu, Z. Bu, Y. Kawaoka, H. Chen.
A single-amino-acid substitution in the NS1 protein changes the
pathogenicity of H5N1 avian influenza viruses in mice. J. Virol., 82 (2008), pp. 1146-1154. View Record in ScopusGoogle Scholar
18.Jong et al., 2013. R.M.D. Jong, N. Stockhofe-Zurwieden, E.S.
Verheij, E.A.D. Boer-Luijtze, L.A. Cornelissen.
Rapid emergence of a virulent PB2 E627K variant during adaptation of
highly pathogenic avian influenza H7N7 virus to mice. Virol. J., 10 (2013), p. 276. Google Scholar
19.Kang et al., 2014. H.M. Kang, H.Y. Park, K.J. Lee, J.G. Choi,
E.K. Lee, B.M. Song, H.S. Lee, Y.J. Lee.
Characterization of H7 influenza A virus in wild and domestic birds in
Korea. PloS One, 9 (2014), p. e91887. CrossRefView Record in ScopusGoogle Scholar
20.Kawaoka, 1991. Y. Kawaoka. Equine H7N7 influenza A viruses are highly
pathogenic in mice without adaptation: potential use as an animal model. J. Virol., 65 (1991), pp. 3891-3894. CrossRefView Record in ScopusGoogle Scholar
21.Koopmans et al., 2004. M. Koopmans, B. Wilbrink, M. Conyn, G.
Natrop, H.v. d. Nat, H. Vennema, A. Meijer, J.V. Steenbergen, R. Fouchier, A.
Osterhaus, A. Bosman. Transmission of
H7N7 avian influenza A virus to human beings during a large outbreak in
commercial poultry farms in the Netherland.
Lancet, 363 (2004), pp. 587-593. ArticleDownload PDFView Record in ScopusGoogle Scholar
22.Kumar et al., 2015. S.R. Kumar, M.
Prabakaran, K.V. Ashok Raj, F. He, J. Kwang.
Amino acid substitutions improve the immunogenicity of H7N7 HA protein
and protect mice against lethal H7N7 viral challenge. PLoS One, 10 (2015), p. e0128940. CrossRefView Record in ScopusGoogle Scholar
23.Lam et al., 2013. T.T. Lam, J. Wang, Y. Shen, B. Zhou, L. Duan,
C.L. Cheung, C. Ma, S.J. Lycett, C.Y. Leung, X. Chen, L. Li, W. Hong, Y. Chai,
L. Zhou, H. Liang, Z. Ou, Y. Liu, A. Farooqui, D.J. Kelvin, L.L. Poon, D.K.
Smith, O.G. Pybus, G.M. Leung, Y. Shu, R.G. Webster, R.J. Webby, J.S. Peiris,
A. Rambaut, H. Zhu, Y. Guan. The genesis
and source of the H7N9 influenza viruses causing human infections in China. Nature,
502 (2013), pp. 241-244. CrossRefView Record in ScopusGoogle Scholar
24.Lewis et al., 2013. N.S. Lewis, J. Zurab, C.A. Russell, M. Ann,
L. Pascal, J.H. Verhagen, V. Oanh, O. Tinatin, D. Marina, D.J. Smith. Avian influenza virus surveillance in wild
birds in Georgia: 2009-2011. PLoS One, 8
(2013), p. e58534. CrossRefView Record in ScopusGoogle Scholar.
25. Li et al., 2017. W. Li, H.H.Y. Lee,
R.F. Li, H.M. Zhu, G. Yi, J.S.M. Peiris, Z.F. Yang, C.K.P. Mok. The PB2 mutation with lysine at 627 enhances
the pathogenicity of avian influenza (H7N9) virus which belongs to a
non-zoonotic lineage. Sci. Rep., 7
(2017), p. 2352. View Record in ScopusGoogle Scholar
26.Liu et al., 2018. H. Liu, C. Xiong, J. Chen, G. Chen, J. Zhang,
Y. Li, Y. Xiong, R. Wang, Y. Cao, Q. Chen, D. Liu, H. Wang, J. Chen. Two genetically diverse H7N7 avian influenza
viruses isolated from migratory birds in central China. Emerg. Microbes Infect, 7 (2018), p. 62. ArticleDownload PDFCrossRefView Record in ScopusGoogle Scholar
27.Maines et al., 2011. T.R. Maines, L.M. Chen, J.A. Belser, N. Van
Hoeven, E. Smith, R.O. Donis, T.M. Tumpey, J.M. Katz. Multiple genes contribute to the virulent
phenotype observed in ferrets of an H5N1 influenza virus isolated from Thailand
in 2004. Virology, 413 (2011), pp.
226-2230. View Record in ScopusGoogle Scholar.
28.Naeve and Webster, 1983. C.W. Naeve,
R.G. Webster. Sequence of the
hemagglutinin gene from influenza virus A/Seal/Mass/1/80. Virology, 129 (1983), pp. 298-308. ArticleDownload PDFView Record in ScopusGoogle Scholar.
29.Price et al., 2000. G.E. Price, A.
Gaszewska-Mastarlarz, D. Moskophidis. The
role of alpha/beta and gamma interferons in development of immunity to
influenza A virus in mice. J. Virol., 74
(2000), pp. 3996-4003. View Record in ScopusGoogle Scholar.
30.Rabadan et al., 2008. R. Rabadan, A.J.
Levine, M. Krasnitz. Non-random reassortment in human influenza A viruses. Influenza Other Resp, 2 (2008), pp. 9-22. CrossRefView Record in ScopusGoogle Scholar
31.Seegs et al., 2018. A.H. Seekings, M.J. Slomka, C. Russell, W.A.
Howard, B. Choudhury, A. Nunez, B.Z. Londt, W. Cox, V. Ceeraz, P. Thoren, R.M.
Irvine, R.J. Manvell, J. Banks, I.H. Brown.
Direct evidence of H7N7 avian influenza virus mutation from low to high
virulence on a single poultry premises during an outbreak in free range
chickens in the UK, 2008. Infect Genet. Evol., 64 (2018), pp. 13-31. ArticleDownload PDFView Record in ScopusGoogle Scholar
32.Shinya et al., 2004. K. Shinya, S. Hamm, M. Hatta, H. Ito, T. Ito,
Y. Kawaoka. PB2 amino acid at position
627 affects replicative efficiency, but not cell tropism, of Hong Kong H5N1 influenza
A viruses in mice. Virology, 320 (2004),
pp. 258-266. ArticleDownload PDFView Record in ScopusGoogle Scholar.
33.Smietanka et al., 2011. K. Smietanka, A. Pikula, Z. Minta, W.
Meissner. Evidence of persistence and
multiple genetic modifications of H7N7 low-pathogenic avian influenza virus in
wild mallards in Poland provided by phylogenetic studies. Avian Pathol., 40 (2011), pp. 131-138. CrossRefView Record in ScopusGoogle Scholar.
34.Song et al., 2015. M.S. Song, B.M. Marathe, G. Kumar, S.S. Wong,
A. Rubrum, M. Zanin, Y.K. Choi, R.G. Webster, E.A. Govorkova, R.J. Webby. Unique determinants of neuraminidase
inhibitor resistance among N3, N7, and N9 avian influenza viruses. J. Virol., 89 (2015), pp. 10891-10900. View Record in ScopusGoogle Scholar
35.Stevens et al., 2008. J. Stevens, O. Blixt, L.M. Chen, R.O. Donis,
J.C. Paulson, I.A. Wilson. Recent avian
H5N1 viruses exhibit increased propensity for acquiring human receptor
specificity. J. Mol. Biol., 381 (2008),
pp. 1382-1394. ArticleDownload PDFView Record in ScopusGoogle Scholar.
36.Swayne, 2012. D.E. Swayne.
Impact of vaccines and vaccination on global control of avian influenza. Avian Dis., 56 (2012), pp. 818-828. CrossRefView Record in ScopusGoogle Scholar.
37.Szretter et al., 2007. K.J. Szretter, S. Gangappa, X. Lu, C. Smith,
W.-J. Shieh, S.R. Zaki, S. Sambhara, T.M. Tumpey, J.M. Katz. Role of host cytokine
responses in the pathogenesis of avian H5N1 influenza viruses in mice. J.
Virol., 81 (2007), pp. 2736-2744. View Record in ScopusGoogle Scholar.
38.Vines et al., 1998. A. Vines, K. Wells,
M. Matrosovich, M.R. Castrucci, T. Ito, Y. Kawaoka. The role of influenza A
virus hemagglutinin residues 226 and 228 in receptor specificity and host range
restriction. J. Virol., 72 (1998), pp. 7626-7631. CrossRefView Record in ScopusGoogle Scholar.
39.Wei et al., 2017. X. Wei, M. Chen, J.
Cui. Bayesian evolutionary analysis for
emerging infectious disease: an exemplified application for H7N9 avian
influenza viruses.Sci. China Life Sci., 60 (2017), pp. 1392-1395. View Record in ScopusGoogle Scholar
40.WHO, 2002. WHO. WHO manual on animal influenza diagnosis and
surveillance (2002). Accessed May 2002. http://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/68026/WHO_CDS_CSR_NCS_2002.5.pdf?sequence=1&isAllowed=y.
Google Scholar.
41.Xu et al., 2011. J. Xu, M.C.
Christman, R.O. Donis, G. Lu. Evolutionary dynamics of influenza A
nucleoprotein (NP) lineages revealed by large-scale sequence analyses. Infect
Genet. Evol., 11 (2011), pp. 2125-2132. ArticleDownload PDFView Record in ScopusGoogle Scholar.
42.Yoon et al., 1992. S.-W. Yoon, R.J.
Webby, R.G. Webster. Evolution and ecology of influenza A viruses. Curr. Top Microbiol. Immunol., 56 (1992), pp.
359-375. Google Scholar
43.Zeng et al., 2013. M. Zeng, S. Lu, X.
Wu, L. Shao, Y. Hui, W. Jiali, L. Tao, Z. Haixia, W. Xiaohong, Y. Feifei. Avian
influenza A(H7N9) virus infections, Shanghai, China. Emerg. Infect Dis., 19
(2013), pp. 1179-1181. Google Scholar
44.Zhao et al., 2014. B. Zhao, X. Zhang, W.
Zhu, T. Zheng, X. Yu, Y. Gao, D. Wu, E. Pei, Z. Yuan, L. Yang. Novel avian
influenza A(H7N9) virus in tree sparrow, Shanghai, China, 2013. Emerg. Infect Dis., 20 (2014), pp. 850-853. CrossRefGoogle Scholar.
45.Zhou et al., 2014. P. Zhou, M. Hong,
M.M. Merrill, H. He, L. Sun, G. Zhang. Serological report of influenza a (H7N9)
infections among pigs in Southern China. BMC Vet. Res., 10 (2014), p. 203. View Record in ScopusGoogle Scholar.
46.Zhou et al., 2013. B. Zhou, M.B. Pearce,
L. Yan, W. Jieru, R.J. Mason, T.M. Tumpey, D.E. Wentworth. Asparagine
substitution at PB2 residue 701 enhances the replication, pathogenicity, and
transmission of the 2009 pandemic H1N1 influenza A virus. PLoS One, 8 (2013),
p. e0067616. Google Scholar
Sumber:
Wangjun Tang, Xuyong
Li, Ling Tang, Tianhau Wang, Guimei He.
2021. Characterization of the low-pathogenic H7N7 avian influenza virus
in Shanghai, China. Poultry
Science. Volume
100, Issue 2, February 2021, Pages 565-574
No comments:
Post a Comment