Ko-infeksi SARS-CoV-2 dan Chlamydia pneumoniae: Tinjauan Literatur

 

ABSTRAK

 

Ko-patogen bakteri sering diidentifikasi pada infeksi saluran pernapasan akibat virus dan merupakan penyebab penting morbiditas dan mortalitas. Prevalensi infeksi Chlamydia pneumoniae pada pasien yang terinfeksi SARS-CoV-2 belum cukup banyak dipelajari. Tujuan tinjauan ini adalah untuk mendeskripsikan prevalensi C. pneumoniae pada pasien dengan penyakit coronavirus 2019 (COVID-19). Pencarian literatur dalam bahasa Inggris dilakukan di basis data MEDLINE dan Google Scholar untuk publikasi yang diterbitkan antara Januari 2020 dan Agustus 2021. Studi yang mengevaluasi pasien dengan COVID-19 terkonfirmasi dan melaporkan deteksi simultan C. pneumoniae disertakan dalam analisis. Sebanyak sebelas artikel dimasukkan dalam tinjauan sistematis ini (5 studi potong lintang dan 6 studi retrospektif).

 

Total 18.450 pasien dari sebelas studi ini dianalisis. Deteksi infeksi C. pneumoniae yang terkonfirmasi secara laboratorium bervariasi antara 1,78% hingga 71,4% dari total jumlah ko-infeksi. Median usia pasien berkisar antara 35 hingga 71 tahun, dengan 65% pasien adalah laki-laki. Sebagian besar studi melaporkan satu atau lebih komorbiditas yang sudah ada sebelumnya, dan mayoritas pasien menunjukkan gejala demam, batuk, dan dispnea. Limfopenia dan eosinopenia ditemukan pada pasien COVID-19 yang mengalami ko-infeksi. Hasil utama pada CT scan dada menunjukkan bayangan densitas kaca buram, konsolidasi, dan pneumonia bilateral. Sebagian besar pasien menerima antibiotik empiris. Ko-infeksi bakteri tidak dikaitkan dengan peningkatan angka masuk ICU dan mortalitas.

 

Meskipun pemberian antimikroba empiris spektrum luas sering dilakukan pada pasien dengan infeksi saluran pernapasan yang terkait dengan SARS-CoV-2, data yang mendukung hubungan dengan ko-infeksi bakteri pernapasan masih sangat terbatas. Bukti prospektif diperlukan secara mendesak untuk mendukung pengembangan kebijakan antimikroba dan intervensi pengelolaan yang sesuai, khususnya untuk pandemi COVID-19.

 

PENDAHULUAN

 

Penyakit coronavirus 2019 (COVID-19) adalah penyakit infeksi yang disebabkan oleh severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), yang pertama kali dilaporkan di China pada Desember 2019 dan kini menjadi pandemi yang sedang berlangsung (33). Meskipun jumlah kasus COVID-19 terkonfirmasi secara global telah melebihi 4,4 juta, beberapa studi mencatat bahwa koinfeksi dan superinfeksi dengan patogen pernapasan lainnya relatif umum (39). Namun, karakteristik klinis koinfeksi dan dampaknya terhadap hasil pasien masih belum jelas.

 

Mayoritas pasien dengan gejala infeksi SARS-CoV-2 mengembangkan sindrom pneumonia atipikal dengan demam, batuk, dan sesak napas. Koinfeksi bakteri dan virus cenderung tersembunyi, sehingga sulit untuk membuat diagnosis diferensial hanya berdasarkan gejala klinis (57). Koinfeksi dan/atau superinfeksi sering terjadi pada infeksi virus pernapasan (37,42). Sebelumnya telah didokumentasikan bahwa angka mortalitas yang terkait dengan infeksi virus pernapasan dapat dipengaruhi oleh berbagai faktor, termasuk koinfeksi bakteri (4,26,28,38,46).

 

Pneumonia adalah infeksi parenkim paru-paru yang disebabkan oleh berbagai patogen seperti virus, bakteri, jamur, dan parasit. Chlamydia pneumoniae diketahui sebagai penyebab pneumonia yang didapat di komunitas (community-acquired pneumonia atau CAP) yang menyebar antar manusia melalui droplet pernapasan tanpa reservoir hewan yang diketahui (18). Prevalensi C. pneumoniae sangat bervariasi dalam studi sebelumnya tentang pasien dengan CAP. Penting untuk mengetahui prevalensinya karena patogen atipikal ini tidak merespons β-laktam dan dapat menyebabkan komplikasi serius pada beberapa pasien. Oleh karena itu, kami melakukan tinjauan untuk menggambarkan literatur terkini mengenai koinfeksi atau infeksi sekunder antara SARS-CoV-2 dan patogen atipikal ini.

 

Koinfeksi pada C. pneumoniae, SARS, dan Middle East Respiratory Syndrome (MERS)

 

Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS) pertama kali dilaporkan di Cina Selatan pada tahun 2002 (63,64). Penyakit ini menarik perhatian internasional setelah individu yang terpapar pasien sakit di sebuah hotel di Hong Kong melakukan perjalanan dan menginfeksi orang lain pada tahun 2003 (58). Di Toronto, individu lain terinfeksi, memicu wabah SARS pertama di Toronto (45). Agen penyebab SARS sejak itu diidentifikasi sebagai virus corona baru (SARS-associated coronavirus atau SARS-CoV) (14,44). Namun, sebuah studi SARS menggunakan uji serologis gagal mendeteksi koinfeksi patogen pernapasan atipikal di Hong Kong (10). Meskipun demikian, laporan awal dari Cina sebelum SARS-CoV mendokumentasikan partikel mirip Chlamydia selain virus corona melalui mikroskop elektron spesimen pernapasan yang diperoleh dari autopsi pasien SARS (24).

 

Selain itu, pada wabah SARS di Toronto, bukti serologis di antara pasien SARS menunjukkan adanya koinfeksi dengan C. pneumoniae (30%) dan Mycoplasma pneumoniae (9%) (62). Koinfeksi antara Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV) dan C. pneumoniae juga telah dilaporkan (3). Dalam sebuah studi retrospektif multicenter di Arab Saudi yang melibatkan 349 pasien kritis dengan MERS, penulis mengidentifikasi koinfeksi bakteri atipikal pada 5 dari 349 pasien (1%) saat masuk. Organisme atipikal yang teridentifikasi adalah Mycoplasma spp. (3/5), Legionella sp. (1/5), dan Chlamydia sp. (1/5). Namun, hanya 6 dari 17 pasien yang diperiksa untuk organisme atipikal, yang mungkin mencerminkan preferensi dokter dalam melakukan skrining berdasarkan presentasi klinis (3).

 

Literatur tentang CAP melaporkan insiden infeksi patogen ganda antara 3% hingga 40%, terutama dengan patogen yang menyebabkan pneumonia atipikal (62). Temuan ini menimbulkan pertanyaan apakah koinfeksi dengan Chlamydia pada pasien yang terinfeksi SARS-CoV-2 berperan dalam tingkat keparahan penyakit dan mortalitas. Namun, terdapat keterbatasan studi yang melaporkan fenomena klinis ini.

 

METODE

 

Tinjauan Literatur

Pada 13 Agustus 2021, kami melakukan pencarian di Medline dan Google Scholar untuk artikel yang mendeskripsikan karakteristik klinis pasien yang terinfeksi SARS-CoV-2, menggunakan istilah pencarian “Chlamydia pneumoniae and COVID-19” atau “2019-nCoV and Chlamydia” atau “COVID-19 coinfection” atau “COVID-19,” “coronavirus and bacterial infection,” “SARS-CoV-2 co-infection,” atau “SARS-CoV-2 and bacterial co-infection” atau “SARS-CoV-2 and Chlamydia pneumoniae.” Kami juga mencari istilah yang sama dalam bahasa Spanyol. Artikel yang ditulis dalam bahasa Inggris atau Spanyol (bahasa utama peneliti) dimasukkan. Kami juga meninjau daftar referensi dari artikel ulasan yang teridentifikasi dan artikel lainnya yang relevan. Semua studi yang menggunakan kultur, reaksi berantai polimerase (PCR), atau serologi untuk mengidentifikasi C. pneumoniae disertakan.

 

Kami terutama bertujuan untuk menganalisis proporsi pasien dengan COVID-19 terkonfirmasi yang secara simultan mengalami koinfeksi dengan C. pneumoniae dan patogen lainnya, serta mendeskripsikan patogen yang terlibat. Analisis terpisah dilakukan untuk studi yang melaporkan koinfeksi bakteri dan virus yang terkonfirmasi laboratorium. Koinfeksi yang terkonfirmasi laboratorium adalah yang teridentifikasi dalam darah, melalui metode deteksi antigen, atau PCR patogen pernapasan.

 

ABSTRAKSI DATA

 

Semua peneliti meninjau setiap abstrak untuk mengidentifikasi artikel yang perlu ditinjau secara penuh. Artikel yang dipilih untuk tinjauan penuh diperiksa oleh semua peneliti. Untuk setiap artikel yang disertakan, karakteristik studi dan data deteksi diekstraksi oleh penulis. Untuk data deteksi, kasus yang pasti dimasukkan dan kasus yang mungkin dikecualikan. Untuk setiap laporan, kami mendokumentasikan jenis surveilans yang digunakan, jumlah kasus yang dilaporkan, dan total populasi yang diteliti.

 

HASIL

Pengenalan infeksi SARS-CoV-2 penting karena memungkinkan pelaksanaan langkah-langkah pengendalian infeksi yang sesuai. Namun, klinisi sebaiknya tidak mengabaikan kemungkinan koinfeksi SARS-CoV-2. Oleh karena itu, studi ini bertujuan untuk lebih memahami prevalensi koinfeksi Chlamydia di antara pasien COVID-19.

 

Tabel 1 merangkum bukti terkini mengenai koinfeksi Chlamydia pada pasien yang dirawat di rumah sakit akibat COVID-19. Sebelas studi melaporkan prevalensi koinfeksi atau infeksi sekunder SARS-CoV-2 dan C. pneumoniae, lima di antaranya adalah studi potong lintang.

 

Tabel 1: Ringkasan studi terkait insiden infeksi koinfeksi dan sekunder C. pneumoniae pada pasien COVID-19.

Referensi	Kota, negara	Jenis studi	Jenis pasien. Usiaa	Jumlah pasien yang diteliti	Jumlah pasien COVID-19 terkonfirmasi	Tingkat keseluruhan koinfeksi	Jumlah pasien dengan koinfeksi C. pneumoniae (%)	Metode diagnostik koinfeksi	Pengobatan	Hasil pasien COVID-19	Hasil pasien COVID-19 dengan koinfeksi (patogen saluran napas yang teridentifikasi)
Richardson et al., 202048	New York, AS	Rangkaian kasus pasien COVID-19 yang dirawat di 12 rumah sakit di New York City, antara 1 Maret 2020 hingga 4 April 2020	Dewasa63 tahun (52–75)	5700	5700	42/1996 (2.1%)	2/42 (4.76)	RT-PCR (Panel patogen saluran napas)	NR	553 meninggal.	NR
Wang et al., 202054	Wuhan, Tiongkok	Retrospektif. Pasien dirawat antara 16 Januari hingga 29 Januari 2020.	Dewasa42 tahun (35–62)	69	69	9/57 (15.7%)	2/9 (22.2) Chlamydia sp.	Serologi (IgG)	Sebagian besar moksifloksasin66 (98.5%)	5 meninggal.	NR
Du et al., 202015	Wuhan, Tiongkok	Retrospektif. 85 pasien COVID-19 yang meninggal antara 9 Januari 2020 dan 15 Februari 2020.	Dewasa. 65 tahun (14–86)	85	33	NR	12/35 (34.1)	Serologi	Sebagian besar moksifloksasin (47.1%) dan meropenem (44.7%)	Semua pasien meninggal.	NA
Oliva et al., 202041	Roma, Italia	Retrospektif. Semua pasien yang dirawat di Azienda Ospedaliero-Universitaria Policlinico Umberto I di Roma antara 1 Maret hingga 30 April 2020	Dewasa68 tahun (45–79)	182	182	7/182 (3.8%)	5/7 (71.4)	Serologi	Azitromisin	1 meninggal	1 meninggal
Sharov 202052	Moskow, Rusia	Sampel pasien COVID-19 dikumpulkan di 12 kota/provinsi Rusia antara 2 Maret hingga 5 Mei 2020.	Anak dan DewasaNR(12–94)	1204	1204	636/1204 (52.8%)	38/636 (5.97)	Serologi (IgM) dan RT-PCR multipleks	NR	89 meninggal.	17 meninggal (patogen bakteri dan virus).57 meninggal (patogen bakteri).
Zhu et al., 202066	Jiangsu, Tiongkok	Retrospektif. Pasien dirawat antara 22 Januari hingga 2 Februari 2020.	Anak dan Dewasa51 tahun (2–99)	257	257	243/257 (94.2%)	6/243 (2.5)	RT-PCR	Azitromisin	Semua sembuh	NA
Ma et al., 202134	Wuhan, Tiongkok	Semua pasien didiagnosis COVID-19, klinik di Rumah Sakit Union Wuhan antara 19 Januari 2020 hingga 26 Februari 2020.	Dewasa35 tahun (27–63)	250	250	39/250 (15.6%)	13/39 (33.3)4/39 (10.2) M. pneumoniae + C. pneumoniae	Serologi (IgM) dan imunokimia luminesen	Azitromisin	3 meninggal	1 meninggal (patogen bakteri)
Fang et al., 202116	Guangdong, Tiongkok	42 pasien dengan COVID-19 terdaftar antara 26 Januari 2020 hingga 25 Februari 2020.	Dewasa.51 tahun (38–63)	42	42	19/42 (45.2%)	10/19 (52.6)	Serologi (IgA). Teknologi mikroarray protein	NR	NR	NR
Schirmer et al., 202151	AS	Pasien dari 50 negara bagian serta Distrik Columbia dan Puerto Riko antara 29 September 2019 hingga 31 Mei 2020.	Dewasa	174746	10222	56/3757 (1.5%)	1/56 (1.78)	Panel patogen saluran napas multipleks	NR	512 meninggal	10 meninggal. (patogen virus).
De Franchesco et al., 202112	Italia	Retrospektif. Pasien dirawat antara 6 Maret 2020 hingga 12 Mei 2020 di tiga rumah sakit.	Dewasa70 tahun	721	443	242/443 (54.6%)	179/242 (73.9)63/242 (26) M. pneumoniae + C. pneumoniae	Serologi (IgA/IgM/IgG)Imunoenzim dan imunokimia luminesen	Azitromisin	102 meninggal	58 meninggal. (patogen bakteri).
Alosaimi et al., 20212	Arab Saudi	Retrospektif. Pasien dirawat di satu rumah sakit di Arab Saudi.	Dewasa52 tahun	48	48	34/48 (71%)	13/48 (27)4/48 (8.3) Influenza H1N1 + C. pneumoniae	RT-PCR multipleks	NR	9 meninggal	6 meninggal. (patogen bakteri dan virus).

a Usia median dan rentang.

 

Dua dari studi yang disebutkan di atas dilakukan di China (16,34), sementara dua lainnya dilakukan di Amerika Serikat (48), dan satu di Rusia (52). Enam dari studi tersebut bersifat retrospektif, tiga di antaranya dilakukan di China (15,54,66), dua di Italia (12,41), dan satu di Arab Saudi (2).

 

Kasus COVID-19 yang dikonfirmasi laboratorium diidentifikasi dalam studi-studi ini, dan populasi studi berkisar antara 42 hingga 10.222 kasus. Dalam studi yang melibatkan 182 pasien di Italia, 3,8% (n=7) merupakan ko-infeksi atau infeksi sekunder, dan antibodi untuk C. pneumoniae terdeteksi pada 5 dari 7 pasien tersebut (41). Sebaliknya, Schirmer et al. (51) menunjukkan bahwa 1 (1,78%) dari 56 pasien dengan ko-infeksi memiliki C. pneumoniae dalam studi yang melibatkan 10.222 pasien COVID-19 di AS (1/10.222 = 0,01%) (51). Di antara 9 studi lainnya, prevalensi ko-infeksi COVID-19 dengan C. pneumoniae atau infeksi sekunder berkisar antara 2,5% hingga 52,6%. Delapan studi melaporkan terjadinya ko-infeksi bakteri, dan Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila, Streptococcus pneumoniae, Moraxella catarrhalis, Haemophilus influenzae, Escherichia coli, Acinetobacter baumannii, Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, Bordetella pertussis, dan Klebsiella pneumoniae teridentifikasi sebagai ko-patogen (2,15,34,41,48,52,54,66). Delapan studi melaporkan ko-infeksi virus; virus influenza A dan B, virus syncytial pernapasan, dan adenovirus adalah ko-patogen yang paling umum, serta rhinovirus/enterovirus, coronavirus, virus Epstein–Barr, virus herpes simplex, bocavirus manusia, adenovirus, parainfluenza, metapneumovirus, dan coronavirus non-COVID-19, juga dilaporkan sebagai ko-patogen (2,15,16,34,48,51,54,66). Dalam tiga studi juga dilaporkan ko-infeksi jamur (Candida, Aspergillus, Mucor, dan Cryptococcus) (15,54,66).

 

Data mengenai ko-infeksi dan/atau infeksi pernapasan sekunder dalam penyakit parah yang disebabkan oleh virus SARS-CoV-2 masih terbatas karena penyebaran penyakit yang masih berlangsung di seluruh dunia. Karakteristik epidemiologis dan klinis pasien COVID-19 serta ko-infeksi tercantum dalam Tabel 2. Dari sebelas studi yang melaporkan ko-infeksi dengan C. pneumoniae, sembilan di antaranya termasuk dalam tinjauan ini, karena data demografis, komorbiditas, pengobatan, dan hasil pasien tidak dilaporkan dalam dua studi lainnya. SARS-CoV-2 sebagai patogen tunggal dan populasi ko-infeksi COVID-19 tidak menunjukkan perbedaan signifikan.

 

Tabel 2. Fitur klinis, epidemiologis, laboratorium, dan radiologis pada pasien dengan ko-infeksi bakteri dan SARS-CoV-2.

Penulis	Usia, rata-rata (tahun)	Jenis kelamin, jumlah/total (%)	Temuan laboratorium	Gambar	Komorbiditas	Pts. dengan ventilasi mekanik (%)	Pts. dirawat di ICU (%)
Wang et al., 2020 (54)	42	Laki-laki 32/69 (46)	Limfopenia, eosinopenia, peningkatan laktat dehidrogenase, protein C-reaktif, dan laju endap darah eritrosit.	Manifestasi paling umum adalah peningkatan densitas kaca buram di sepanjang pita luar kedua paru, dan konsolidasi.	Hipertensi, penyakit kardiovaskular, dan diabetes.	NR	NR
Du et al., 2020 (15)	65	Laki-laki 62/85 (72.9)	Peningkatan kadar prokalsitonin, eosinopenia, limfositopenia.	Pneumonia bilateral, pola mottling multipel, dan opasitas kaca buram.	Hipertensi, diabetes, dan penyakit jantung koroner.	18 (21.2)	NR
Oliva et al., 2020 (41)	67	Laki-laki 3/5 (60)	NR	Infiltrasi perifer bilateral, kaca buram dan konsolidasi subpleural.	Gagal jantung kongestif, asma bronkial, gagal ginjal kronis, hipertensi, diabetes.	0	1 (14.2)
Zhu et al., 2020 (66)	52	Laki-laki 138 (53.7)	NR	NR	NR	NR	3 (1.16)
Ma et al., 2021 (34)	35	Laki-laki 9/21 (42.8)	Kadar IL-2, IL-4, dan TNF-α yang lebih tinggi, penurunan T-cell dan NK-cell.	NR	Hipertensi, penyakit jantung koroner, diabetes.	NR	NR
Fang et al., 2021 (16)	51	Laki-laki 27/42 (64.2)	NR	NR	Hipertensi, penyakit paru obstruktif kronik, diabetes.	NR	NR
Schirmer et al., 2021 (51)	68	Laki-laki 55/56 (98)	NR	NR	Obesitas	NR	10 (26)
De Franchesco et al., 2021 (12)	71	Laki-laki 173/242 (71.4)	Leukositosis, limfopenia	Paru bilateral terlibat.	Hipertensi, penyakit kardiovaskular, diabetes, dan hiperlipidemia.	14 (6.8)	NR
Alosaimi et al., 2021 (2)	52	Laki-laki 37/48 (77)	D-dimer, laktat dehidrogenase, dan troponin lebih tinggi.	NR	Diabetes, penyakit kardiovaskular, penyakit ginjal kronis, pneumonia lobar, kanker, gagal ginjal akut, dan artritis rheumatoid.	NR	14 (29)

ICU: unit perawatan intensif; MV: ventilasi mekanik. NR: tidak dilaporkan.

 

Usia median pasien COVID-19 yang terinfeksi koinfeksi berkisar antara 35 hingga 71 tahun dan sebagian besar dari mereka adalah laki-laki (2,12,15,16,41,51,66). Satu studi yang menganalisis etnisitas pasien COVID-19 melaporkan kemungkinan yang lebih tinggi untuk terinfeksi koinfeksi COVID-19 pada individu kulit putih, hitam, atau Afrika-Amerika dan lebih dari 80% pasien COVID-19 dengan koinfeksi berasal dari daerah perkotaan (51).

 

Sebagian besar studi melaporkan satu atau lebih komorbiditas yang sudah ada sebelumnya, sebagian besar hipertensi, penyakit kardiovaskular, diabetes, dan hiperlipidemia (2,12,15,16,34,41,54). Sejalan dengan apa yang dilaporkan dalam literatur, mayoritas pasien menunjukkan gejala demam, batuk, dan dispnea (12,15,34,41,54).

 

Pasien dengan SARS-CoV-2 dan Chlamydia memiliki kadar limfosit yang lebih rendah (12,15,54) dan De Franchesco et al. (2021) melaporkan jumlah leukosit yang lebih tinggi (Tabel 2). Eosinopenia juga ditemukan pada pasien dengan koinfeksi COVID-19 (15,54). Kadar ALT serum yang meningkat ditemukan pada pasien dengan SARS-CoV-2 dan C. pneumoniae (12,15). Selain itu, Du et al. (2020) melaporkan peningkatan kadar kreatin kinase dan laktat dehidrogenase pada pasien. Berbagai derajat gangguan fungsi ginjal dengan peningkatan kadar nitrogen urea darah atau kreatinin serum, protein C-reaktif (54) dan kadar prokalcitonin di atas rentang normal juga dilaporkan (12,15). Selain itu, Alosaimi et al. (2) menemukan bahwa troponin T sangat terkait dengan keparahan penyakit; oleh karena itu, troponin T dapat digunakan sebagai prediktor untuk keparahan penyakit.

 

Manifestasi CT scan dada yang paling umum adalah peningkatan densitas kaca buram di sepanjang pita luar kedua paru-paru, konsolidasi, dan pneumonia bilateral (12,15,41,54).

 

Penggunaan antibiotik hanya dilaporkan dalam lima studi (12,15,34,41,54); namun, dalam beberapa laporan COVID-19, sebagian besar pasien menerima antibiotik empirik. Di China, untuk pasien COVID-19 yang koinfeksi bakteri tidak dapat dikesampingkan, antibiotik empirik, seperti amoksisilin, azitromisin, atau fluoroquinolon, direkomendasikan untuk kasus ringan. Selain itu, antibiotik spektrum luas yang mencakup semua patogen yang mungkin disarankan untuk kasus berat (27).

 

De Franchesco et al. (12) menunjukkan bahwa proporsi pasien COVID-19 kritis dengan koinfeksi patogen atipikal lebih tinggi dibandingkan dengan pasien yang hanya terinfeksi SARS-CoV-2. Lebih lanjut, kebutuhan dan penggunaan kanula hidung, dukungan oksigen aliran tinggi, dan ventilasi non-invasif lebih tinggi secara signifikan pada pasien dengan koinfeksi dibandingkan dengan pasien yang hanya positif SARS-CoV-2 (12). Selain itu, Fang et al. (16) menemukan bahwa seroprevalensi SARS-CoV-2 dan patogen pernapasan lainnya seperti C. pneumoniae berhubungan dengan keparahan. Sementara itu, studi lainnya melaporkan bahwa kurang dari 10 pasien membutuhkan perawatan ICU (2,41,51,66). Tidak ada perbedaan statistik yang ditemukan antara kematian pada individu yang terinfeksi COVID-19 monoinfeksi dan koinfeksi COVID-19 (51). Demikian pula, Zhu et al. (2020) tidak menemukan hubungan khusus antara koinfeksi dan masuk ICU, serta kejadian kematian. Durasi median rawat inap berkisar antara 7 hingga 28 hari (15,34,41,51).

 

Diskusi Meskipun banyak studi berfokus pada koinfeksi virus dan bakteri, masih sedikit informasi mengenai virus corona manusia. Dalam tinjauan ini, kami menggambarkan semua laporan pasien yang terinfeksi SARS-CoV-2 dan Chlamydia pneumoniae yang dipublikasikan sejauh ini. Mikroorganisme terakhir ini dapat mempengaruhi orang dewasa dan anak-anak, biasanya menyebabkan infeksi ringan dan hanya sesekali bisa menyebabkan kondisi yang mengancam jiwa (18).

 

Persentase koinfeksi dalam jumlah total koinfeksi berkisar antara 1,78 hingga 71,4% untuk C. pneumoniae dalam sebelas studi yang dianalisis, dan perbedaan yang besar ini mungkin terkait dengan teknik diagnostik yang digunakan, karena positivitas meningkat pada studi yang menggunakan serologi (12). Selain itu, alasan yang mendasari perbedaan ini bisa multifaktorial, misalnya, populasi studi yang berbeda, ukuran sampel yang kecil, dan sensitivitas tinggi dari deteksi tes molekuler. Lebih lanjut, diagnosis koinfeksi sebagian besar hanya dilakukan dengan serologi, karena analisis molekuler sampel pernapasan pasien SARS-CoV-2 untuk diagnosis C. pneumoniae memerlukan kondisi biosekuriti khusus. Faktanya, serologi bisa terbatas oleh hasil positif palsu dan keterbatasan lain adalah kurangnya sampel berpasangan untuk mengonfirmasi hasil serologis sebelumnya untuk diagnosis patogen atipikal. Juga, dalam studi yang dianalisis, tidak semua pasien dengan infeksi SARS-CoV-2 diuji untuk C. pneumoniae; oleh karena itu, kejadian nyata koinfeksi tidak dapat dipastikan. Pengujian rutin untuk patogen selain SARS-CoV-2 akan sangat diperlukan.

 

Meskipun tingkat koinfeksi bakteri yang rendah dilaporkan dalam studi molekuler pasien COVID-19, tingkat resep antibiotik yang tinggi dilaporkan. Misalnya, dalam sebuah studi di China, 101 pasien (99%) dari perawatan kritis dan non-kritis menerima terapi antibakteri (7). Tidak ada patogen bakteri yang dilaporkan dalam studi ini. Guan et al. (19) melaporkan bahwa 637 dari 1099 (58%) pasien yang dirawat di perawatan kritis dan non-kritis di China menerima agen antibakteri dan tidak ada patogen bakteri yang dilaporkan dalam studi ini (18). Data serupa diulang dalam beberapa studi (25,30,40,61). Hasil ini menunjukkan pentingnya penggunaan panel diagnostik molekuler spektrum luas untuk deteksi cepat patogen pernapasan yang paling umum guna meningkatkan evaluasi dan manajemen klinis pasien dengan sindrom pernapasan yang sesuai dengan COVID-19 (6).

 

Intervensi stewardship potensial untuk mendukung pengurangan pemberian antibiotik selama pandemi COVID-19 memerlukan pertimbangan (47). Penanda tradisional yang digunakan untuk mendukung keputusan pemberian antibiotik, seperti tanda vital; tes darah (jumlah sel darah putih dan C-reactive protein); dan pencitraan cenderung abnormal pada infeksi SARS-CoV-2 (1,65). Hal ini menjadikan pengambilan keputusan terkait kebutuhan untuk perlindungan antibakteri empiris menjadi tantangan. Selain itu, dengan adanya ketakutan mengenai kontak pasien yang lama dan pembentukan aerosol, jumlah pasien yang menjalani investigasi mikrobiologis rutin mungkin berkurang.

 

Dalam hal pemberian antibiotik untuk infeksi saluran pernapasan akibat ko-infeksi bakteri, beberapa pasien yang menunjukkan infeksi SARS-CoV-2 memiliki gambaran klinis yang tidak berbeda jauh dari pneumonia bakterial atipikal (31). Infeksi SARS-CoV-2 juga mungkin sulit dibedakan dari pneumonia yang didapat di rumah sakit dan pneumonia yang terkait dengan ventilator pada pasien rawat inap (54,65,66). Lebih lanjut, pasien menunjukkan demam dengan gejala pernapasan, seperti batuk kering, yang disertai dengan perubahan rontgen dada bilateral (54,65,66). Mengingat penggunaan agen spektrum luas dan makrolida yang disarankan (20,49,59), penting untuk mencegah konsekuensi yang tidak diinginkan dari terapi antibiotik termasuk toksisitas, diare yang terkait dengan antibiotik, dan penyebaran resistensi antibiotik melalui peningkatan penggunaan agen antimikroba dalam sistem perawatan kesehatan (23). Akhirnya, menurut rekomendasi National Institutes of Health, tidak ada data yang cukup untuk merekomendasikan penggunaan terapi antibiotik spektrum luas empiris tanpa indikasi lain pada pasien dengan COVID-19 yang menderita penyakit parah atau kritis (40).

 

Beberapa studi tidak menemukan adanya C. pneumoniae (5,9,11,17,22,29,55,56,60). Sebuah studi klinis yang menilai fitur COVID-19 pada lebih dari 20.000 pasien rawat inap di Inggris (13) tidak menyertakan referensi mengenai infeksi sekunder meskipun item ini termasuk dalam kuesioner ISARIC World Health Organization yang digunakan oleh para peneliti. Hal ini mungkin mencerminkan kenyataan bahwa ko-infeksi pada umumnya tidak dianggap relevan selama epidemi infeksi besar di mana fokus ditempatkan pada patogen tunggal yang menyebabkan wabah dan identifikasi komorbiditas untuk mengidentifikasi kelompok pasien yang berisiko. Analisis ini, yang berasal dari kasus-kasus awal pandemi SARS-CoV-2, menunjukkan bahwa ko-infeksi bakteri mungkin kurang prevalen pada pasien COVID-19 dibandingkan dengan pasien influenza. Pada pandemi influenza 2009, 1 dari 4 kasus berat atau fatal influenza A (H1N1) memiliki infeksi bakteri, dengan hubungan yang jelas dengan morbiditas dan mortalitas (26,28,35,43,46). Ada kemungkinan bahwa pasien COVID-19 yang parah bisa terinfeksi bakteri secara bersamaan atau berturut-turut. Tahap median rawat inap pasien COVID-19 adalah 7 hari (13), tetapi bisa mencapai hingga 28 hari atau bahkan lebih lama (34,41), dan risiko pneumonia terkait rumah sakit meningkat secara signifikan dengan panjangnya periode rawat inap. Selain itu, lebih dari 80% pneumonia nosokomial terkait dengan ventilasi mekanik, yang merupakan salah satu terapi yang digunakan pada pasien COVID-19 yang dirawat di ICU (36). Namun, asosiasi terbalik atau perbedaan statistik tidak ditemukan antara ko-infeksi bakteri dan keparahan penyakit (2,34,41,51,66). Asosiasi ini menunjukkan kemungkinan yang lebih rendah untuk masuk ICU dengan ko-infeksi bakteri yang mungkin disebabkan oleh penggunaan antibiotik empiris pada awal onset COVID-19.

 

Studi sebelumnya menemukan bahwa hampir setengah dari pasien dengan infeksi COVID-19 mono-infeksi berusia di atas 50 tahun, dan pria lebih cenderung terinfeksi dibandingkan wanita (59,61,65). Juga, ko-infeksi COVID-19 dan C. pneumoniae lebih sering terjadi pada pasien pria di atas usia 50 tahun (Tabel 2). Komorbiditas yang paling umum pada pasien dengan COVID-19 dan ko-infeksi adalah hipertensi dan diabetes, yang serupa dengan temuan pada pasien COVID-19 mono-infeksi dari studi sebelumnya (25,50,53).

 

Seperti yang telah dilaporkan dalam literatur, mayoritas pasien menunjukkan demam, batuk dan/atau sesak napas, menunjukkan infiltrasi bilateral pada CT paru-paru, dan diobati dengan azitromisin. Tes darah sebagian besar menunjukkan limfopenia, dan peningkatan C-reactive protein, serum lactate dehydrogenase, procalcitonin, kadar D-dimer, dan troponin. Dalam sebuah studi oleh Zhou et al. (65) dari 191 pasien, 54 di antaranya meninggal, penulis menemukan bahwa D-dimer >1 mg/ml dan tingkat procalcitonin yang meningkat >0,5 dapat membantu dalam identifikasi awal pasien yang mungkin memiliki prognosis buruk dan terkait dengan kemungkinan kematian yang lebih tinggi (65). Abnormalitas laboratorium lainnya yang ditemukan pada pasien dengan ko-infeksi bakteri adalah penurunan jumlah limfosit total, yang konsisten dengan kesimpulan penelitian yang ada yang menunjukkan bahwa limfositopenia lebih sering diamati pada pasien yang tidak selamat dari infeksi SARS-CoV-2 (54).

 

Ma et al. (34) juga menemukan tingkat IL-2, IL-4, dan TNF-α yang tinggi serta penurunan jumlah sel T dan sel NK. Chen et al. (8) menemukan peningkatan ekspresi IL-2 dan juga IL-6 dalam serum, yang mengusulkan bahwa ini mungkin dapat memprediksi keparahan pneumonia COVID-19 dan prognosis buruk pasien.

 

Ko-infeksi bakteri dalam konteks pneumonia virus diketahui sebagai penyebab utama kematian (21). Ko-infeksi mungkin terjadi pada pasien COVID-19. Klinik tidak dapat mengesampingkan kemungkinan ko-infeksi dengan patogen pernapasan lainnya saat mendiagnosis infeksi SARS-CoV-2, maupun mengesampingkan COVID-19 dengan mendeteksi patogen pernapasan non-SARS-CoV-2. Namun, temuan-temuan tersebut berdasarkan pada sejumlah kecil studi. Diperlukan studi lebih lanjut dengan sampel besar dan desain yang baik untuk menyelidiki prevalensi ko-infeksi COVID-19, risiko ko-infeksi, distribusi mikrobiologis, dan dampak ko-infeksi terhadap hasil klinis pasien COVID-19. Setelah memperoleh lebih banyak data mengenai ko-infeksi SARS-CoV-2, agen antimikroba empiris dapat direkomendasikan untuk kasus-kasus yang dicurigai COVID-19.

 

Ketiadaan kriteria standar untuk mendefinisikan adanya ko-infeksi tidak memungkinkan kita untuk memperkirakan masalah ko-infeksi di seluruh dunia. Heterogenitas hasil yang sangat besar tidak memungkinkan adanya langkah-langkah sintesis. Demikian pula, frekuensi ko-infeksi sangat bergantung pada negara tempat penelitian dilakukan. Hasil penelitian tersebut tidak dapat diekstrapolasi antar negara yang berbeda. Tidak ada studi yang ditemukan di Amerika Latin; oleh karena itu, lebih banyak informasi diperlukan di tingkat regional.

 

Ko-infeksi dapat secara signifikan menghambat sistem kekebalan tubuh inang, meningkatkan intoleransi terhadap terapi antibakteri, dan merugikan prognosis penyakit (32). Untuk benar-benar mendefinisikan peran patogen ko-infeksi ini dalam patogenesis COVID-19 sangatlah sulit, mengingat fakta bahwa ko-infeksi bakteri umumnya terjadi pada infeksi pernapasan virus lainnya. Jenis ko-infeksi ini sangat sulit untuk dicegah dan dapat memperumit jalannya dan pengobatan infeksi virus yang mendasari.

 

REFERENSI

 

[1]   Y.A. Adebisi, A.J. Alaran, M. Okereke, G.I. Oke, O.A. Amos, O.C. Olaoye, I. Oladunjoye, A.Y. Olanrewaju, N.A. Ukor, D.E. Lucero-Prisno 3rd. COVID-19 and antimicrobial resistance: a review. Infect Dis (Auckl), 14 (2021).

[2]   B. Alosaimi, A. Naeem, M.E. Hamed, H.S. Alkadi, T. Alanazi, S.S. Al Rehily, A.Z. Almutairi, A. Zafar. Influenza co-infection associated with severity and mortality in COVID-19 patients. Virol J, 18 (2021), pp. 127.

[3]   Y.M. Arabi, A.M. Deeb, F. Al-Hameed, Y. Mandourah, G.A. Almekhlafi, A.A. Sindi, A. Al-Omari, S. Shalhoub, A. Mady, B. Alraddadi, A. Almotairi, K. Al Khatib, A. Abdulmomen, I. Qushmaq, O. Solaiman, A.M. Al-Aithan, R. Al-Raddadi, A. Ragab, A. Al Harthy, A. Kharaba, J. Jose, T. Dabbagh, R.A. Fowler, H.H. Balkhy, L. Merson, F.G. Hayden. Saudi Critical Care Trials group. Macrolides in critically ill patients with Middle East Respiratory Syndrome. Int J Infect Dis, 81 (2019), pp. 184-190.

[4]   C. Beadling, M.K. Slifka. How do viral infections predispose patients to bacterial infections?. Curr Opin Infect Dis, 17 (2004), pp. 185-191.

[5]   M.L. Blasco, J. Buesa, J. Colomina, M.J. Forner, M.J. Galindo, J. Navarro, J. Noceda, J. Redón, J. Signes-Costa, D. Navarro. Co-detection of respiratory pathogens in patients hospitalized with Coronavirus viral disease-2019 pneumonia. J Med Virol, 92 (2020), pp. 1799-1801.

[6]   L. Bordi, E. Nicastri, L. Scorzolini, A. Di Caro, M.R. Capobianchi, C. Castilletti, E. Lalle, On Behalf Of Inmi COVID-Study Group and Collaborating Centers. Differential diagnosis of illness in patients under investigation for the novel coronavirus (SARS-CoV-2), Italy, February 2020. Eurosurveillance, 25 (2020).

[7]   J. Cao, W.J. Tu, W. Cheng, L. Yu, Y.K. Liu, X. Hu, Q. Liu. Clinical features and short-term outcomes of 102 patients with corona virus disease 2019 in Wuhan, China. Clin Infect Dis, 71 (2020), pp. 748-755.

[8]   L. Chen, H.G. Liu, W. Liu, J. Liu, K. Liu, J. Shang, Y. Deng, S. Wei. Analysis of clinical features of 29 patients with 2019 novel coronavirus pneumonia. Zhonghua Jie He He Hu Xi Za Zhi, 43 (2020), pp. 203-208.

[9]   Q. Chi, X. Dai, X. Jiang, L. Zhu, J. Du, Y. Chen, J. Zheng, J. Huang. Differential diagnosis for suspected cases of coronavirus disease 2019: a retrospective study. BMC Infect Dis, 20 (2020), pp. 679.

[10] K.W. Choi, T.N. Chau, O. Tsang, E. Tso, M.C. Chiu, W.L. Tong, P.O. Lee, T.K. Ng, W.F. Ng, K.C. Lee, W. Lam, W.C. Yu, J.Y. Lai, S.T. Lai, Princess Margaret Hospital SARS Study Group. Outcomes and prognostic factors in 267 patients with severe acute respiratory syndrome in Hong Kong. Ann Intern Med, 139 (2003), pp. 715-723.

[11] D. Contou, A. Claudinon, O. Pajot, M. Micaëlo, P. Longuet Flandre, M. Dubert, R. Cally, E. Logre, M. Fraissé, H. Mentec, G. Plantefève. Bacterial and viral co-infections in patients with severe SARS-CoV-2 pneumonia admitted to a French ICU. Ann Intensive Care, 10 (2020), pp. 119.

[12] M.A. De Francesco, C. Poiesi, F. Gargiulo, C. Bonfanti, P. Pollara, S. Fiorentini, F. Caccuri, V. Carta, L. Mangeri, S. Pellizzeri, D. Rizzoni, P. Malerba, M. Salvetti, M.L. Muiesan, F. Alberici, F. Scolari, A. Pilotto, A. Padovani, M. Bezzi, R. Chiappini, C. Ricci, M. Castellano, M. Berlendis, G. Savio, G. Montani, M. Ronconi, S. Bove, E. Focà, L. Tomasoni, F. Castelli, A. Rossini, R. Inciardi, M. Metra, A. Caruso. Co-infection of chlamydia pneumoniae and mycoplasma pneumoniae with SARS-CoV-2 is associated with more severe features. J Infect, 82 (2021), pp. e4-e7.

[13] A.B. Docherty, E.M. Harrison, C.A. Green, H.E. Hardwick, R. Pius, L. Norman, K.A. Holden, J.M. Read, F. Dondelinger, G. Carson, L. Merson, J. Lee, D. Plotkin, L. Sigfrid, S. Halpin, C. Jackson, C. Gamble, P.W. Horby, J.S. Nguyen-Van-Tam, A. Ho, C.D. Russell, J. Dunning, P.J. Openshaw, J.K. Baillie, M.G. Semple. ISARIC4C investigators. Features of 20133 UK patients in hospital with COVID-19 using the ISARIC WHO Clinical Characterisation Protocol: prospective observational cohort study. BMJ, 369 (2020), pp. m1985.

[14] C. Drosten, S. Günther, W. Preiser, S. van der Werf, H.R. Brodt, S. Becker, H. Rabenau, M. Panning, L. Kolesnikova, R.A. Fouchier, A. Berger, A.M. Burguière, J. Cinatl, M. Eickmann, N. Escriou, K. Grywna, S. Kramme, J.C. Manuguerra, S. Müller, V. Rickerts, M. Stürmer, S. Vieth, H.D. Klenk, A.D. Osterhaus, H. Schmitz, H.W. Doerr. Identification of a novel coronavirus in patients with severe acute respiratory syndrome. N Engl J Med, 348 (2003), pp. 1967-1976.

[15] Y. Du, L. Tu, P. Zhu, M. Mu, R. Wang, P. Yang, X. Wang, C. Hu, R. Ping, P. Hu, T. Li, F. Cao, C. Chang, Q. Hu, Y. Jin, G. Xu. Clinical features of 85 fatal cases of COVID-19 from Wuhan. A retrospective observational study. Am J Respir Crit Care Med, 201 (2020), pp. 1372-1379.

[16] Z.F. Fang, B.Q. Sun, A.R. Zhu, L.C. Lin, J.C. Zhao, S. He, S.K. Huang, N.S. Zhong, Z.G. Liu.Multiplexed analysis of circulating IgA antibodies for SARS-CoV-2 and common respiratory pathogens in COVID-19 patients. J Med Virol, 93 (2021), pp. 3257-3260.

[17] P. Favier, F. Piñeiro, E. Serio, N. D’amico, M. De Izarbe, F. Pinilla, C. Muñoz, A. Arteaga, L. Kumar, I. Primost, I. Gallino, J. Pérez, C. Raffo, J. Carrillo, L. Hermida, C. Luna, M.J. Padilla, G. Montiel, P. Ripoll, A. Kovac, M. Andreani, V. Gorbaran, O. Rodríguez, L. Guelfand, L. Abusamra, A. Sisto, M. Prieto, G. Vilar, C. Lara, A. Motter, L. Nusblat, S. Moncalero, M.J. Rolón, M.E. Cadario. Prevalence of atypical pathogens in SARS-CoV-2 coinfection in Argentina: finding what we were not looking for. Comunicación presentada en el 31st European Congress of Clinical Microbiology & Infectious Diseases, Vienna, Austria.

[18] J. Gautam, C. Krawiec. Chlamydia pneumonia, 2020. StatPearls [Internet], StatPearls Publishing, (2021).

[19] W.J. Guan, Z.Y. Ni, Y. Hu, W.H. Liang, C.Q. Ou, J.X. He, L. Liu, H. Shan, C.L. Lei, D.S.C. Hui, B. Du, L.J. Li, G. Zeng, K.Y. Yuen, R.C. Chen, C.L. Tang, T. Wang, P.Y. Chen, J. Xiang, S.Y. Li, J.L. Wang, Z.J. Liang, Y.X. Peng, L. Wei, Y. Liu, Y.H. Hu, P. Peng, J.M. Wang, J.Y. Liu, Z. Chen, G. Li, Z.J. Zheng, S.Q. Qiu, J. Luo, C.J. Ye, S.Y. Zhu, N.S. Zhong. China Medical Treatment Expert Group for COVID-19. Clinical characteristics of Coronavirus disease 2019 in China. N Engl J Med, 382 (2020), pp. 1708-1720.

[20] P. Gautret, J.C. Lagier, P. Parola, V.T. Hoang, L. Meddeb, M. Mailhe, B. Doudier, J. Courjon, V. Giordanengo, V.E. Vieira, H. Tissot Dupont, S. Honoré, P. Colson, E. Chabrière, B. La Scola, J.M. Rolain, P. Brouqui, D. Raoult. Hydroxychloroquine and azithromycin as a treatment of COVID-19: results of an open-label non-randomized clinical trial. Int J Antimicrob Agents, 56 (2020), pp. 105949.

[21] L. Guo, D. Wei, X. Zhang, Y. Wu, Q. Li, M. Zhou, J. Qu. Clinical features predicting mortality risk in patients with viral pneumonia: the MuLBSTA score. Front Microbiol, 10 (2019), pp. 2752.

[22] A. Hazra, M. Collison, J. Pisano, M. Kumar, C. Oehler, J.P. Ridgway. Coinfections with SARS-CoV-2 and other respiratory pathogens. Infect Control Hosp Epidemiol, 41 (2020), pp. 1228-1229. http://dx.doi.org/10.1017/ice.2020.322 | Medline

[23] A.H. Holmes, L.S. Moore, A. Sundsfjord, M. Steinbakk, S. Regmi, A. Karkey, P.J. Guerin, L.J. Piddock. Understanding the mechanisms and drivers of antimicrobial resistance. Lancet, 387 (2016), pp. 176-187.

[24] T. Hong, J.W. Wang, Y.L. Sun, S.M. Duan, L.B. Chen, J.G. Qu, A.P. Ni, G.D. Liang, L.L. Ren, R.Q. Yang, L. Guo, W.M. Zhou, J. Chen, D.X. Li, W.B. Xu, H. Xu, Y.J. Guo, S.L. Dai, S.L. Bi, X.P. Dong, L. Ruan. Chlamydia-like and coronavirus-like agents found in dead cases of atypical pneumonia by electron microscopy. Zhonghua Yi Xue Za Zhi, 83 (2003), pp. 632-636

[25] C. Huang, Y. Wang, X. Li, L. Ren, J. Zhao, Y. Hu, L. Zhang, G. Fan, J. Xu, X. Gu, Z. Cheng, T. Yu, J. Xia, Y. Wei, W. Wu, X. Xie, W. Yin, H. Li, M. Liu, Y. Xiao, H. Gao, L. Guo, J. Xie, G. Wang, R. Jiang, Z. Gao, Q. Jin, J. Wang, B. Cao. Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. Lancet, 395 (2020), pp. 497-506.

[26] L. Jia, J. Xie, J. Zhao, D. Cao, Y. Liang, X. Hou, L. Wang, Z. Li. Mechanisms of severe mortality-associated bacterial co-infections following influenza virus infection. Front Cell Infect Microbiol, 7 (2017), pp. 338.

[27] Y.H. Jin, L. Cai, Z.S. Cheng, H. Cheng, T. Deng, Y.P. Fan, C. Fang, D. Huang, L.Q. Huang, Q. Huang, Y. Han, B. Hu, F. Hu, B.H. Li, Y.R. Li, K. Liang, L.K. Lin, L.S. Luo, J. Ma, L.L. Ma, Z.Y. Peng, Y.B. Pan, Z.Y. Pan, X.Q. Ren, H.M. Sun, Y. Wang, Y.Y. Wang, H. Weng, C.J. Wei, D.F. Wu, J. Xia, Y. Xiong, H.B. Xu, X.M. Yao, Y.F. Yuan, T.S. Ye, X.C. Zhang, Y.W. Zhang, Y.G. Zhang, H.M. Zhang, Y. Zhao, M.J. Zhao, H. Zi, X.T. Zeng, Y.Y. Wang, X.H. Wang. for the Zhongnan Hospital of Wuhan University Novel Coronavirus Management and Research Team, Evidence-Based Medicine Chapter of China International Exchange and Promotive Association for Medical and Health Care (CPAM). A rapid advice guideline for the diagnosis and treatment of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) infected pneumonia (standard version). Mil Med Res, 7 (2020), pp. 4

[28] N. Katsurada, M. Suzuki, M. Aoshima, M. Yaegashi, T. Ishifuji, N. Asoh, N. Hamashige, M. Abe, K. Ariyoshi, K. Morimoto, Adult Pneumonia Study Group-Japan. The impact of virus infections on pneumonia mortality is complex in adults: a prospective multicentre observational study. BMC Infect Dis, 17 (2017), pp. 755.

[29] D. Kim, J. Quinn, B. Pinsky, N.H. Shah, I. Brown. Rates of co-infection between SARS-CoV-2 and other respiratory pathogens. JAMA, 323 (2020), pp. 2085-2086.

[30] B.J. Langford, M. So, S. Raybardhan, V. Leung, J.R. Soucy, D. Westwood, N. Daneman, D.R. MacFadden. Antibiotic prescribing in patients with COVID-19: rapid review and meta-analysis. Clin Microbiol Infect, 27 (2021), pp. 520-531.

[31] L. Lansbury, B. Lim, V. Baskaran, W.S. Lim. Co-infections in people with COVID-19: a systematic review and meta-analysis. J Infect, 81 (2020), pp. 266-275

[32] X.X. Li, X.N. Zhou. Co-infection of tuberculosis and parasitic diseases in humans: a systematic review. Parasit Vectors, 6 (2013), pp. 79

[33] H. Lu, C.W. Stratton, Y.W. Tang. Outbreak of pneumonia of unknown etiology in Wuhan, China: the mystery and the miracle. J Med Virol, 92 (2020), pp. 401-402

[34] L. Ma, W. Wang, J.M. Le Grange, X. Wang, S. Du, C. Li, J. Wei, J.N. Zhang. Coinfection of SARS-CoV-2 and other respiratory pathogens. Infect Drug Resist, 13 (2020), pp. 3045-3353.

[35] C.R. MacIntyre, A.A. Chughtai, M. Barnes, I. Ridda, H. Seale, R. Toms, A. Heywood. The role of pneumonia and secondary bacterial infection in fatal and serious outcomes of pandemic influenza a(H1N1)pdm09. BMC Infect Dis, 18 (2018), pp. 637

[36] M. Maes, E. Higginson, J. Pereira-Dias, M.D. Curran, S. Parmar, F. Khokhar, D. Cuchet-Lourenço, J. Lux, S. Sharma-Hajela, B. Ravenhill, I. Hamed, L. Heales, R. Mahroof, A. Soderholm, S. Forrest, S. Sridhar, N.M. Brown, S. Baker, V. Navapurkar, G. Dougan, J. Bartholdson Scott, A. Conway Morris. Ventilator-associated pneumonia in critically ill patients with COVID-19. Crit Care, 25 (2021), pp. 25

[37] A.J. McArdle, A. Turkova, A.J. Cunnington. When do coinfections matter?. Curr Opin Infect Dis, 31 (2018), pp. 209 http://dx.doi.org/10.1097/QCO.0000000000000447 | Medline

[38] D.W. Metzger, K. Sun. Immune dysfunction and bacterial coinfections following influenza. J Immunol (Baltimore, MD: 1950), 191 (2013), pp. 2047-2052

[39] J.S. Musuuza, L. Watson, V. Parmasad, N. Putman-Buehler, L. Christensen, N. Safdar. Prevalence and outcomes of co-infection and superinfection with SARS-CoV-2 and other pathogens: a systematic review and meta-analysis. PLoS One, 16 (2021), pp. e0251170

[40] National Institutes of Health (NIH). https://www.covid19treatmentguidelines. nih.gov/critical-care/ [accessed 13.08.21]

[41] A. Oliva, G. Siccardi, A. Migliarini, F. Cancelli, M. Carnevalini, M. D’Andria, I. Attilia, V.C. Danese, V. Cecchetti, R. Romiti, G. Ceccarelli, C.M. Mastroianni, P. Palange, M. Venditti. Co-infection of SARS-CoV-2 with Chlamydia or Mycoplasma pneumoniae: a case series and review of the literature. Infection, 48 (2020), pp. 871-877

[42] C. Paget, F. Trottein. Mechanisms of bacterial superinfection post-influenza: a role for unconventional T cells. Front Immunol, 10 (2019), pp. 336

[43] G. Palacios, M. Hornig, D. Cisterna, N. Savji, A.V. Bussetti, V. Kapoor, J. Hui, R. Tokarz, T. Briese, E. Baumeister, W.I. Lipkin. Streptococcus pneumoniae coinfection is correlated with the severity of H1N1 pandemic influenza. PLoS One, 4 (2009), pp. e8540

[44] J.S. Peiris, S.T. Lai, L.L. Poon, Y. Guan, L.Y. Yam, W. Lim, J. Nicholls, W.K. Yee, W.W. Yan, M.T. Cheung, V.C. Cheng, K.H. Chan, D.N. Tsang, R.W. Yung, T.K. Ng, K.Y. Yuen, SARS study group. Coronavirus as a possible cause of severe acute respiratory syndrome. Lancet, 361 (2003), pp. 1319-1325.

[45] S.M. Poutanen, D.E. Low, B. Henry, S. Finkelstein, D. Rose, K. Green, R. Tellier, R. Draker, D. Adachi, M. Ayers, A.K. Chan, D.M. Skowronski, I. Salit, A.E. Simor, A.S. Slutsky, P.W. Doyle, M. Krajden, M. Petric, R.C. Brunham, A.J. McGeer. National Microbiology Laboratory, Canada; Canadian Severe Acute Respiratory Syndrome Study Team. Identification of severe acute respiratory syndrome in Canada. N Engl J Med, 348 (2003), pp. 1995-2005.

[46] J. Quah, B. Jiang, P.C. Tan, C. Siau, T.Y. Tan. Impact of microbial Aetiology on mortality in severe community-acquired pneumonia. BMC Infect Dis, 18 (2018), pp. 451.

[47] T.M. Rawson, L.S.P. Moore, E. Castro-Sanchez, E. Charani, F. Davies, G. Satta, M.J. Ellington, A.H. Holmes. COVID-19 and the potential long-term impact on antimicrobial resistance. J Antimicrob Chemother, 75 (2020), pp. 1681-1684.

[48] S. Richardson, J.S. Hirsch, M. Narasimhan, J.M. Crawford, T. McGinn, Davidson KW, the Northwell COVID-19 Research Consortium, D.P. Barnaby, L.B. Becker, J.D. Chelico, S.L. Cohen, J. Cookingham, K. Coppa, M.A. Diefenbach, A.J. Dominello, J. Duer-Hefele, L. Falzon, J. Gitlin, N. Hajizadeh, T.G. Harvin, D.A. Hirschwerk, E.J. Kim, Z.M. Kozel, L.M. Marrast, J.N. Mogavero, G.A. Osorio, M. Qiu, T.P. Zanos. Presenting characteristics, comorbidities, and outcomes among 5700 patients hospitalized with COVID-19 in the New York City area. JAMA, 323 (2020), pp. 2052-2059.

[49] Rizzi Malattie Infettive M, Francesco Castelli Malattie Infetive B, Nicola Latronico Anestesia Rianimazione B, et al. and Gruppo collaborativo – Terapia COVID-19 Lombardia. Vademecum per la cura delle persone con malattia da COVI-19 Versione 2.0. 13 marzo 2020. 2 SIMIT Società Italiana di Malattie Infettive e Tropicali SEZIONE REGIONE LOMBARDIA Gruppo collaborativo-Terapia COVID-19 Lombardia Coordinamento redazionale Emanuele Focà Malattie Infettive, Brescia; 2020.

[50] A. Sanyaolu, C. Okorie, A. Marinkovic, R. Patidar, K. Younis, P. Desai, Z. Hosein, I. Padda, J. Mangat, M. Altaf. Comorbidity and its impact on patients with COVID-19. SN Compr Clin Med, 25 (2020), pp. 1-8

[51] P. Schirmer, C. Lucero-Obusan, A. Sharma, P. Sohoni, G. Oda, M. Holodniy. Respiratory co-infections with COVID-19 in the Veterans Health Administration, 2020. Diagn Microbiol Infect Dis, 100 (2021), pp. 115312.

[52] K.S. Sharov. SARS-CoV-2-related pneumonia cases in pneumonia picture in Russia in March–May 2020: secondary bacterial pneumonia and viral co-infections. J Glob Health, 10 (2020), pp. 020504.

[53] C. Wang, P.W. Horby, F.G. Hayden, G.F. Gao. A novel coronavirus outbreak of global health concern. Lancet, 395 (2020), pp. 470-473.

[54] Z. Wang, B. Yang, Q. Li, L. Wen, R. Zhang. Clinical features of 69 cases with Coronavirus disease 2019 in Wuhan, China. Clin Infect Dis, 71 (2020), pp. 769-777.

[55] D. Wang, B. Hu, C. Hu, F. Zhu, X. Liu, J. Zhang, B. Wang, H. Xiang, Z. Cheng, Y. Xiong, Y. Zhao, Y. Li, X. Wang, Z. Peng. Clinical characteristics of 138 hospitalized patients with 2019 Novel Coronavirus-infected pneumonia in Wuhan, China. JAMA, 323 (2020), pp. 1061-1069.

[56] M. Wang, Q. Wu, W. Xu, B. Qiao, J. Wang, H. Zheng, S. Jiang, J. Mei, Z. Wu, Y. Deng, F. Zhou, W. Wu, Y. Zhang, Z. Lv, J. Huang, X. Guo, L. Feng, Z. Xia, D. Li, Z. Xu, T. Liu, P. Zhang, Y. Tong, Y. Li. Clinical diagnosis of 8274 samples with 2019-novel coronavirus in Wuhan. medRxiv, (2020).

[57] World Health Organization. Clinical management of COVID-19, interim guidance. (27 May 2020).

[58] World Health Organization. Global surveillance for severe acute respiratory syndrome (SARS). Wkly Epidemiol Rec, 78 (2003), pp. 100-119.

[59] C. Wu, X. Chen, Y. Cai, J. Xia, X. Zhou, S. Xu, H. Huang, L. Zhang, X. Zhou, C. Du, Y. Zhang, J. Song, S. Wang, Y. Chao, Z. Yang, J. Xu, X. Zhou, D. Chen, W. Xiong, L. Xu, F. Zhou, J. Jiang, C. Bai, J. Zheng, Y. Song. Risk factors associated with acute respiratory distress syndrome and death in patients with Coronavirus disease 2019 pneumonia in Wuhan, China. JAMA Intern Med, 180 (2020), pp. 934-943.

[60] Q. Xing, G. Li, Y. Xing, T. Chen, W. Li, W. Ni, K. Deng, R. Gao, C. Chen, Y. Gao, Q. Li, G. Yu, J. Tong, W. Li, G. Hao, Y. Sun, A. Zhang, Q. Wu, Z. Li, S. Pan. Precautions are needed for COVID-19 patients with coinfection of common respiratory pathogens. medRxiv. (2020).

[61] X. Yang, Y. Yu, J. Xu, H. Shu, J. Xia, H. Liu, Y. Wu, L. Zhang, Z. Yu, M. Fang, T. Yu, Y. Wang, S. Pan, X. Zou, S. Yuan, Y. Shang. Clinical course and outcomes of critically ill patients with SARS-CoV-2 pneumonia in Wuhan, China: a single-centered, retrospective, observational study. Lancet Respir Med, 8 (2020), pp. 475-481

[62] G. Zahariadis, T.A. Gooley, P. Ryall, C. Hutchinson, M.I. Latchford, M.A. Fearon, F.B. Jamieson, S. Richardson, T. Kuschak, B. Mederski. Risk of ruling out severe acute respiratory syndrome by ruling in another diagnosis: variable incidence of atypical bacteria coinfection based on diagnostic assays. Can Respir J, 13 (2006), pp. 17-22.

[63] Z. Zhao, F. Zhang, M. Xu, K. Huang, W. Zhong, W. Cai, Z. Yin, S. Huang, Z. Deng, M. Wei, J. Xiong, P.M. Hawkey. Description and clinical treatment of an early outbreak of severe acute respiratory syndrome (SARS) in Guangzhou, PR China. J Med Microbiol, 52 (2003), pp. 715-720.

[64] N.S. Zhong, B.J. Zheng, Y.M. Li, Poon, Z.H. Xie, K.H. Chan, P.H. Li, S.Y. Tan, Q. Chang, J.P. Xie, X.Q. Liu, J. Xu, D.X. Li, K.Y. Yuen, Peiris, Y. Guan. Epidemiology and cause of severe acute respiratory syndrome (SARS) in Guangdong, People's Republic of China, in February, 2003. Lancet, 362 (2003), pp. 1353-1358.

[65] F. Zhou, T. Yu, R. Du, G. Fan, Y. Liu, Z. Liu, J. Xiang, Y. Wang, B. Song, X. Gu, L. Guan, Y. Wei, H. Li, X. Wu, J. Xu, S. Tu, Y. Zhang, H. Chen, B. Cao. Clinical course and risk factors for mortality of adult inpatients with COVID-19 in Wuhan, China: a retrospective cohort study. Lancet, 395 (2020), pp. 1054-1062.

[66] X. Zhu, Y. Ge, T. Wu, K. Zhao, Y. Chen, B. Wu, F. Zhu, B. Zhu, L. Cui. Co-infection with respiratory pathogens among COVID-2019 cases. Virus Res, 285 (2020), pp. 198005.

 

SUMBER:

María Celia Frutos, Javier Origlia, María Lucia Gallo Vaulet, María Elena Venuta, Miriam Gabriela García, Rita Armitano, Lucía Cipolla, María Julia Madariaga, Cecilia Cuffini, María Estela Cadario. SARS-CoV-2 and Chlamydia pneumoniae co-infection: A review of the literature. Rev Argent Microbiol. 2022. Jul-Sep;54(3):247-257.