Rencana Kontinjensi COVID-19 Pada Kantor Bisnis Peternakan.

Konteks dan Fungsi

Kantor Bisnis Peternakan (KBP) atau Usaha Peternakan dengan mempertimbangkan tanggung jawab sosial yang terkait dengan menjamin pasokan pangan sebagai sumber protein hewan dari berbagai daerah di mana peternakan beroperasi, harus menetapkan Rencana Kontinjensi yang bertujuan untuk mencegah dan mengurangi risiko penyebaran virus penyebab penyakit COVID-19, untuk ditambahkan pada Business Continuity Plans (BCP) yang seharusnya sudah ada di setiap Kantor Bisnis Peternakan, khususnya Pandemi Preparedness Plan (PPP), dengan tujuan utama untuk memastikan lingkungan kerja yang aman bagi karyawan dan untuk melayani pelanggan aman dan nyaman, dan untuk ketahanan operasi perusahaan Bisnis Peternakan.

Rencana ini menentukan adopsi beberapa langkah dan inisiatif yang sejalan dengan rekomendasi umum dari Organisasi Kesehatan Dunia (WHO), Kementerian Kesehatan dan Badan Nasional Penanggulangan Bencana (BNPB), serta langkah-langkah tambahan lainnya yang dianggap tepat untuk memastikan kesinambungan berbagai bisnis dan berbagai fasilitasnya.  Langkah-langkah penting lebih lanjut dipertimbangkan untuk menjaga kewajiban yang timbul dari penetapan keadaan alarm negara dan penetapan keadaan darurat negara, dengan mempertimbangkan perkembangan keadaan di semua wilayah di Indonesia, serta prosedur tambahan yang mungkin diberlakukan di geografi lain.  Saat ini, perlu persiapan mengantisipasi gangguan dalam penyediaan produk dan / atau dalam distribusi produk oleh Kantor Bisnis Peternakan.

Langkah-langkah ini dievaluasi setiap hari dan ditinjau setiap kali dibenarkan oleh Tim Pemantau Pandemi (TPP) yang secara permanen memantau evolusi epidemi, yang dibentuk sesuai dengan PPP dan dengan aturan tata kelola internal dalam hal manajemen krisis (SRMK - Struktur Respons Manajemen Krisis) dan yang telah mendapatkan saran ahli dalam masalah kesehatan.  Dalam konteks ini Tim Manajemen Krisis pusat dan Tim Komunikasi Krisis diaktifkan. Tim Manajemen Krisis lokal juga diaktifkan untuk melaporkan kepada masing-masing Kepala Cabang Perusahaan.  Dokumen ini akan diperbarui sesuai dengan penilaian risiko yang dilakukan oleh kelompok pemantauan tersebut.

Dalam dokumen ini, yang dimaksudkan untuk memberi informasi kepada berbagai pemangku kepentingan yang terkait dengan Kelompok Kantor Bisnis Peternakan, selanjutnya akan dijelaskan secara ringkas langkah-langkah utama dan inisiatif yang berlaku di fasilitas Kantor Bisnis Peternakan di semua wilayahnya dan di berbagai unit bisnis.

Akses ke Kantor dan Peternakan

Semua kunjungan ke kantor atau lingkungan peternakan akan dicegah.  Dalam hal sangat diperlukan atau sangat penting, mereka harus mengisi kuesioner kesehatan dan menggunakan gel sanitasi tangan sebelum memasuki tempat kantor atau peternakan. Petugas sekuriti kantor atau peternakan akan melakukan penyaringan pengunjung sebelum akreditasi biasa.

Penyaringan ini akan dilengkapi dengan mengukur suhu menggunakan termometer tanpa kontak, tanpa ada tanggapan atau elemen yang diperoleh direkam. Penyaringan ini atau penolakan untuk dilakukan penapisan seperti itu dapat mengakibatkan pengunjung tidak diizinkan memasuki tempat tersebut.

Peningkatan kebersihan dan kesehatan di tempat kerja

Semua karyawan dan pengguna fasilitas secara umum harus mempromosikan penguatan kebersihan tangan dan etika pernapasan.

Semua pekerja yang memasuki tempat kantor atau peternakan atau pabrik harus menggunakan gel sanitasi tangan pada setiap saat mau masuk.

Ketersediaan dukungan dengan gel sanitasi alkohol di tempat, terutama di tempat-tempat di mana mencuci tangan tidak dimungkinkan, misalnya, ruang tunggu, lobi, kantin, ruang penjagaan, dan lainnya.

Penguatan tim pembersih untuk memastikan pembersihan permukaan yang sering disentuh, misalnya toilet, pegangan, pegangan tangan, furnitur ruang rapat, keyboard, dan layar.

Karyawan yang fungsinya tidak memungkinkan penerapan peraturan kantor pusat dan yang masuk dalam kelompok risiko karena mereka berusia lanjut atau menderita penyakit kronis (seperti penyakit jantung, diabetes, atau penyakit pernapasan) atau sedang hamil harus berkonsultasi dengan rumah sakit atau klinik kesehatan untuk menjamin penilaian kasus per kasus dari situasi mereka.

Dukungan psikologis kepada karyawan, termasuk mereka yang bekerja di rumah kantor, disediakan bagi mereka yang memintanya ke klinik kesehatan.

Dinas Luar Kantor

Semua perjalanan bisnis karyawan Kantor Bisnis Peternakan antara wilayah yang berbeda ditangguhkan dan harus diganti dengan teleconference.  

Perjalanan antara lokasi Kantor Bisnis Peternakan di wilayah yang sama akan dikenakan batasan yang ditetapkan oleh manajemen lokal kantor cabang.

Manajemen Kantor Bisnis Peternakan melarang karyawannya untuk menggunakan transportasi massal untuk bepergian ke kantor atau tempat kerja apa pun.

Sosialisasi Peraturan

Sampai pemberitahuan lebih lanjut, semua acara / pertemuan / kegiatan pelatihan dan yang serupa harus dihindari. Ketika penting untuk bertemu, radius minimal 2 meter antara peserta dan ventilasi alami ruangan harus dijamin mencukupi untukorang semua yang berada di dalamnya.

Ubah bentuk kontak antara karyawan dan antara mereka dengan pelanggan dan penyedia layanan mereka. Sama sekali tidak ada jabat tangan atau sentuhan dalam bentuk apa pun.

Untuk karyawan yang bekerja di lingkungan kantor, jika tidak mungkin untuk menjamin jarak minimum 2 meter antara meja kerja (dengan pengecualian meja kerja dengan pemisah) karyawan harus mencari ruang kerja lain yang tersedia di lokasi atau menilai kemungkinan bekerja di bawah kendali kantor pusat (telework).

Setiap pekerja dengan gejala COVID-19 (seperti, batuk atau suhu tinggi) diharuskan melaporkan gejalanya ke klinik kesehatan terdekat dan harus pergi ke ruang isolasi.  Maka seseorang harus menghubungi saluran telon kesehatan -(dengan nomor telpon yang telah ditentukan)- dan ikuti instruksi langkah yang harus dilakukan orang yang bersangkutan.

Pengaturan di Kantor Pusat

Peraturan kantor pusat berlaku untuk sebanyak mungkin orang di setiap tim jika penerapannya tidak memengaruhi operasi atau kelangsungan bisnis peternakannya. Peraturan kantor pusat wajib diikuti setiap kali karyawan yang memungkinkan untuk bekerja.

Tidak termasuk kasus di mana itu wajib (peraturan kantor pusat diatur sebelumnya), kecuali ketika mengadopsi opsi yang berbeda daripada menggunakan sistem skala berputar dua mingguan, yaitu, dua minggu penuh, dengan rotasi berlangsung setelah akhir pekan.

Semua karyawan yang fungsinya memungkinkan penerapan peraturan kantor pusat, yang termasuk dalam kelompok risiko karena mereka berusia lanjut atau menderita penyakit kronis (seperti penyakit jantung, diabetes atau penyakit pernapasan) atau sedang hamil, dan yang telah diberi tanda oleh area kesehatan, harus tetap di kantor terdekat sampai pemberitahuan lebih lanjut.

Dokumen jadwal yang menunjukkan ketersediaan karyawan, misal kesibukan, harus diperbarui secara permanen.

Setiap karyawan harus mengakses portal karyawan dan mendaftarkan ke status kantor pusat mereka.

Karyawan yang bekerja dari rumah (WFH)

Karyawan harus bertindak secara bertanggung jawab dan mengambil semua langkah yang wajar untuk meminimalkan risiko tertular virus, sesuai dengan pedoman Kementerian Kesehatan dan WHO, dan mematuhi instruksi berikut:

Hindari acara, pertemuan sosial, dan sejenisnya yang tidak perlu, serta ruang publik dengan konsentrasi orang;

Mengadopsi perilaku sosial yang bertanggung jawab dengan menghilangkan kontak fisik dan menerapkan jarak sosial termasuk meminimalkan waktu yang dihabiskan di luar rumah. Saat berada di luar rumah, aturan jarak 2 m harus diterapkan sedapat mungkin;

Cuci tangan sesering mungkin dan cobalah untuk tidak menyentuh wajah Anda dengan tangan Anda, yaitu mulut dan mata;

Mengemban tanggung jawab sipil dan sosial untuk memastikan bahwa karyawan tidak berada dalam kontak yang tidak perlu dengan orang-orang yang sakit, memiliki gejala atau telah melakukan perjalanan baru-baru ini;

Jika karyawan melakukan kontak dengan operator atau tersangka yang mungkin karyawan lakukan, Karyawan tersebut harus segera mengisolasi diri dan memberi tahu klinik kesehatan setempat.

Karyawan yang tinggal di rumah

Karyawan harus menemukan cara untuk melakukan pekerjaannya secara efisien. Ini mungkin berarti kunjungan yang perlu sesekali ke kantor.

Penyedia Layanan

Persyaratan yang berlaku di Kantor Bisnis Peternakan pada COVID-19 ini harus ditransmisikan secara tepat waktu kepada penyedia layanan yang menyediakan layanan di fasilitas Galp dan konfirmasi akan diperlukan bahwa rekomendasi tersebut dipenuhi, dengan pengecualian dari titik kontak Kedokteran Kerja, yang harus dengan disesuaikan dengan aturan yang berlaku di masing-masing perusahaan / entitas.

Area Tempat Makan

Ruang makan ditutup di kantor, dan di bawah peraturan layanan minimum di fasilitas industri.

Ruang Isolasi

Di setiap fasilitas kantor bisnis dan peternakan, ruang isolasi tersedia untuk dapat melakukan respos terhadap situasi di mana ada gejala COVID-19.

Operasi Komersial

Karyawan di stasiun layanan dan toko harus mematuhi instruksi berikut:

Tingkatkan mencuci tangan atau menggunakan sanitiser tangan selama shift mereka sehingga mereka melakukannya setiap 30 menit;

Meningkatkan frekuensi peralatan kebersihan (termasuk pompa, mesin pembayaran, coffee bar, counter, toilet) dan ruang yang digunakan oleh pelanggan;

Memperkuat persediaan barang-barang kebutuhan jalan, kafetaria, dan toilet;

Perkuat ketersediaan dan kemudahan akses gel disinfektan untuk digunakan oleh pelanggan;

Memperkuat komunikasi praktik yang baik kepada pelanggan;

Sarankan kepada pelanggan untuk menggunakan metode pembayaran contactless, misal transfer atau emoney;

Mengevaluasi berdasarkan kasus per kasus dan, tergantung pada kasusnya, menerapkan langkah-langkah untuk mengurangi kontak dengan pelanggan selama penjualan;

Tampilkan pemberitahuan dengan jelas di toko ritel yang mengingatkan pelanggan bahwa untuk melindungi staf dan klien mereka hanya boleh mengunjungi / menggunakan layanan jika mereka tidak memiliki suhu / batuk baru / belum mengunjungi wilayah yang berisiko tinggi (zona merah);

Pada batasnya, pindah ke layanan toko, melalui pass nilai dan dorong penggunaan terminal pembayaran otomatis (jika tersedia).

Rencana kesinambungan bisnis

Orang-orang yang bertanggung jawab atas unit-unit bisnis harus menguji aktivasi skenario tidak tersedianya tim prioritas yang diperkirakan dalam rencana kesinambungan bisnis mereka.

Untuk peternakan dan pabrik pengolah produk hewan, rencana kesinambungan bisnis individu di tempat memastikan kelangsungan operasi dengan tim berkurang, mengurangi dampak dari setiap kasus infeksi.  Semua pekerjaan yang tidak penting di pabrik industri sementara sedang ditunda.  Perusahaan akan meminimalkan orang luar (bukan karyawan tetap) di lokasi ini.

 

Komunikasi

Kapan pun informasi diminta oleh klien / mitra tentang persiapan Kantor Bisnis Peternakan untuk mencegah penyebaran COVID-19, pihak manajemen akan memberikan informasi terbaik yang tersedia serta langkah-langkah yang disediakan dalam rencana kontinjensi ini dan dalam rencana kesinambungan bisnis.  Pihak manajemen harus menyadari bahwa posisinya berubah sangat cepat.  Untuk mengelola ketidakpastian ini sebaik mungkin, Kantor Bisnis Peternakan memiliki Tim Monitoring Pandemik (TMP) dan mengadopsi langkah-langkah pencegahan di fasilitas Kantor Bisnis Peternakan di semua wilayah dan di berbagai unit bisnis.

Prioritas vaksin COVID-19 untuk uji klinis Tahap IIb / III WHO

Persyaratan dan kriteria yang diusulkan agar menjadi pertimbangan untuk evaluasi dan prioritas kandidat vaksin COVID-19 untuk dipertimbangkan dalam pengembangan lebih lanjut oleh WHO. Target audiens termasuk para ilmuwan vaksin, pengembang produk, produsen, regulator, dan agen pendanaan.

Di bawah ini dipaparkan unsur persyaratan dan kriteria yang menjadi pertimbangan dalam penilaian vaksin COVID-19 kasus per kasus pada waktu mendatang, dengan penekanan pada prioritas untuk evaluasi Tahap IIb / III.

Kriteria yang dianggap sangat penting dalam pemeringkatan vaksin dilaporkan dalam huruf tebal dalam tabel. WHO juga akan memberikan panduan penilaian untuk mempromosikan konsistensi dan prediktabilitas evaluasi.

UNSUR PERSYARATAN (BOBOT)	SYARAT MINIMAL YANG DAPAT DITERIMA	KRITERIA
Keamanan Vaksin (25 poin)	Data kejadian yang merugikan untuk mendukung kemajuan ke fase IIb / III Data dari penelitian pada hewan dan manusia bahwa vaksin tidak menimbulkan risiko peningkatan penyakit	Kurangnya risiko peningkatan penyakit yang signifikan didukung oleh data klinis dan / atau praklinis dari model hewan yang relevan / cocok, dan dari temuan serius yang tidak terduga (mis. AE yang tak terduga) yang dapat memerlukan penyelidikan lebih lanjut
		Ketersediaan dan beratnya tindak lanjut keselamatan, mis. kartu buku harian dll
		Ukuran basis data keselamatan memadai untuk mendukung fase IIb / III
		Jenis populasi termasuk, mis. Lansia, wanita hamil dan subjek dengan kondisi kronis
		Studi pertumbuhan dan reproduksi
Potensi-Efikasi Vaksin (25 poin)	Bukti bahwa dosis yang dipilih menginduksi respon imun yang memadai pada manusia sehingga dapat memberikan perlindungan	Besarnya respon imun pada manusia (pada dosis yang dipilih) dibandingkan dengan tingkat perlindungan yang diduga, didukung oleh studi tantangan yang menunjukkan perlindungan vaksin dari penyakit (misalnya, pneumonitis) dalam model hewan yang dikarakterisasi atau dengan data lain (termasuk penanda pengganti yang berasal dari uji klinis atau riwayat alami data penyakit). Respons imun yang diukur idealnya berkaitan dengan mekanisme perlindungan kandidat vaksin, mis. titer antibodi netralisasi dan respons CMI untuk vaksin yang dimaksudkan untuk menginduksi 1
		Kualitas tes respons imun untuk pembacaan imunogenisitas utama 2
		Kualitas data yang mendukung tingkat perlindungan putatif 3
		Bukti yang cukup mendukung pemilihan dosis termasuk dosis / respons pada lansia
		Kecepatan / tingkat respons imun setelah dosis vaksin pertama
		Daya tahan respon imun
Stabilitas vaksin (10 poin)	Data stabilitas cukup untuk memastikan  dosis vaksin yang diuji	Vaksin ini memiliki stabilitas yang memadai melalui studi stabilitas kualitas
Aplikasi vaksin (15 poin)	Rejimen yang terkendali mempertimbangkan pengaturan sumber daya. Persyaratan khusus untuk imunisasi dapat diatasi. Volume dosis parenteral maksimum: 1 mL	Rejimen: Dosis tunggal disukai Penerimaan rute administrasi, Volume dosis (0,5 ml lebih disukai untuk parenteral) Persyaratan khusus yang dapat mengganggu implementasi tidak disukai
Ketersediaan vaksin (25 poin)	Kemampuan diperagakan dengan cepat peningkatan produksi untuk memungkinkan penggunaan dalam uji coba dan untuk penggunaan yang lebih luas	Jumlah rejimen dengan kualitas yang memadai tersedia untuk uji klinis Fase IIb / III
		Perkiraan kapasitas produksi bertahap termasuk kapasitas penyangga dan pengiriman perangkat

¹ Minimum # subjek yang diperlukan untuk masuk ke fase IIb / III akan ditunjukkan dalam panduan penilaian

² Misalnya, untuk vaksin yang menginduksi imunitas humoral (bahkan jika mereka juga menginduksi imunitas seluler): Penggunaan standar internasional dalam studi manusia di mana layak, titer Penetral mengevaluasi baik IC50 dan IC80, dan Sensitivitas dari setiap tes pseudovirion neutron dipahami relatif terhadap virus WT; dan untuk vaksin yang memicu imunitas seluler: Kualifikasi uji yang memadai untuk menginterpretasikan hasil.

³ Misalnya, untuk model hewan, beratnya eksperimen dan tingkat kemunculan model yang digunakan, dan untuk data manusia, tingkat kepercayaan pada penanda pengganti.

Catatan: Penilaian ini tidak dapat digunakan untuk tujuan komersial atau promosi. WHO melepaskan tanggung jawab dan tanggung jawab apa pun atas cedera, kematian, kehilangan, kerusakan, atau prasangka lain apa pun yang muncul sebagai akibat dari atau dalam sehubungan dengan penggunaan penilaian ini.

Untuk setiap kandidat vaksin harus melewati:

• Tes potensi untuk masing-masing vaksin

• Pengembangan proses (mungkin lebih rumit untuk vaksin hidup yang dilemahkan atau vaksin vektor)

• Formulasi (eksipien, bahan pembantu dan bahan pengawet)

• Filtrasi (untuk sterilitas)

• Suhu penyimpanan (stabilitas)

• Jalur administrasi

• Penggunaan dan bentuk vaksin  (monodosis vs multidosis; kering-beku VS cair)

• Proses Validasi

• Konsistensi

Prioritas kandidat vaksin COVID-19 pada kondisi saat ini

Jenis Vaksin	Potensi Keuntungan
Inaktif / adjuvant	B, C, F
Subunit / adjuvant	B, C *
Virus hidup dilemahkan	A, B, C, D, E
Vektor	A *, B, C *, D, E, G
DNA	B, D, E, F, G
RNA	B, D, E, F

Keterangan:

A. 1 dosis

B. Potensi untuk menetralkan Ab tingkat tinggi

C. Strategi yang telah terbukti sebelumnya

D. Cenderung menginduksi respon CMI sitotoksik

E. Risiko teori lebih rendah untuk peningkatan?

F. Kecepatan pengembangan,

G. Kemampuan untuk secara cepat membuat jumlah besar vaksin

H. Durasi kekebalan

I. Stabilitas vaksin (mis. Tidak rentan terhadap mutasi)

J. Biaya / dosis

* Semoga bermanfaat untuk beberapa contoh jenis vaksin ini

# Ini nerupakan gambaran secara teori saja dan tidak dimaksudkan untuk menggambarkan kesimpulan tentang kelebihan atau kekurangan vaksin yang spesifik

Sumber:

WWW.WHO.Int.

Vaccine prioritization for WHO Phase IIb/III clinical trial

Diunduh 19 Mei n2020

Asal-usul Coronavirus Penyebab COVID-19

Sejak laporan pertama COVID-19 di Wuhan, Provinsi Hubei, China, telah banyak didiskusikan tentang asal-usul virus penyebabnya yaitu, SARS-CoV-2.  SARS-CoV-2 merupakan coronavirus ketujuh yang diketahui menginfeksi manusia.  Coronavirus sebelumnya SARS-CoV, MERS-CoV, dan SARS-CoV-2 yang telah menyebabkan penyakit berat, sedangkan HKU1, NL63, OC43 dan 229E menyebabkan penyakit dengan gejala ringan.

CIRI-CIRI PENTING GENOM SARS-CoV-19

Genom adalah keseluruhan informasi genetik yang dimiliki organisme.  Dua ciri genom yang menonjol coronavirus SARS-CoV-2 penyebab COVID-19 yaitu : (1) SARS-CoV-2 bisa berikatan dengan reseptor ACE2 manusia, tempat masuknya virus; dan (2) ‘Protein Spike’ (S) SARS-CoV-2 memiliki ‘Tapak Pemotongan Polibasa Furin’ pada perbatasan S1 dan S2 (dua subunit ‘Protein Spike’) melalui penyisipan 12 nukleotida.

1. Mutasi domain pengikat-reseptor SARS-CoV-2

Domain pengikat-reseptor (RBD) pada ‘Protein Spike’ merupakan bagian yang paling mudah berubah-rubah dari genom coronavirus.  Enam asam amino RBD tersebut terbukti sangat penting untuk mengikat reseptor ACE2 yang berperan dalam menentukan sebaran (jenis) inang untuk coronavirus yang mirip-SARS-CoV.  Berdasar pada urutan asam amino (koordinat) pada SARS-CoV, 6 residu RBD tersebut adalah Y442, L472, N479, D480, T487 dan Y4911, sesuai dengan koordinat pada SARS-CoV-2 L455, F486, Q493, S494, N501 dan Y505.  Lima dari enam residu tersebut berbeda antara SARS-CoV-2 dan SARS-CoV.  Atas dasar studi struktur dan percobaan biokimia, SARS-CoV-2 memiliki RBD yang bisa berikatan dengan afinitas tinggi terhadap ACE2 manusia, musang, kucing dan spesies lain dengan homologi reseptor tinggi.

Dengan analisis di atas menunjukkan bahwa SARS-CoV-2 dapat mengikat ACE2 manusia sangat rekat, namun pada analisis komputasi diperkirakan interaksinya kurang ideal; urutan asam amino RBD SARS-CoV-2 berbeda dengan urutan asam amino RBD pada SARS-CoV yang menjadi pengikat reseptor optimal.  Dengan demikian, pengikatan afinitas tinggi dari Protein Spike SARS-CoV-2 pada ACE2-manusia kemungkinan besar merupakan hasil seleksi alam pada ACE2 manusia; atau pada ACE2-mirip-manusia yang menyebabkan munculnya pengikat reseptor optimal lain.  Hal ini merupakan bukti kuat bahwa SARS-CoV-2 bukan produk dari manipulasi yang disengaja (Kristian G. A. et al, 2020).

2. ‘Tapak Pemotongan Polibasa’ Furin dan ‘Glycan berikatan-O’

Ciri penting kedua SARS-CoV-2 yakni adanya ‘Tapak Pemotongan Polibasa’ dengan urutan RRAR pada bagian persimpangan dua subunit ‘Protein Spike’ S1 dan S2 yang memungkinkan terjadi pemotongan yang efektif oleh furin dan protease lain sehingga bisa berperan dalam menentukan infektivitas virus dan jarak inang.  Selain itu, pada SARS-CoV-2 juga terdapat satu proline tersisip paling depan pada tapak ini; dengan demikian, urutan sisipannya menjadi PRRA.  Pergantian dengan proline ini diperkirakan menghasilkan penambahan ‘Glycan berikatan-O’ ke S673, T678 dan S686, yang mengapit ‘Tapak Pemotongan Polibasa’ dan unik bagi SARS-CoV-2.  ‘Tapak Pemotongan Polibasa’ tidak tampak dalam betacoronavirus yang berhubungan dengan 'garis keturunan B', meskipun betacoronavirus manusia lainnya, termasuk HKU1 ('garis keturunan A'), memiliki tapak-tapak tersebut dan prediksi ‘Glycan berikatan-O’. Mengingat tingkat variasi genetik pada ‘Protein Spike’, ada kemungkinan bahwa virus mirip-SARS-CoV-2 dengan ‘Tapak Pemotongan Polibasa’ sebagian atau penuh akan ditemukan pada spesies lain.

Kepentingan fungsi ‘Tapak Pemotongan Polibasa’ pada SARS-CoV-2 tidak diketahui.  ‘Tapak Pemotongan Polibasa’ penting untuk menentukan dampaknya pada penularan dan patogenesis pada hewan model.  Percobaan pada SARS-CoV telah menunjukkan bahwa penyisipan ‘Tapak pemotongan furin’ pada persimpangan S1 dan S2 meningkatkan fusi sel-sel tanpa mempengaruhi masuknya virus.  Selain itu, pemotongan Spike MERS-CoV memungkinkan mirip-MERS coronavirus dari kelelawar bisa menginfeksi sel manusia.  

Untuk referensi kita bandingkan dengan virus avian influenza (Flu Burung) yang mengalami replikasi virus dan penularan secara cepat pada populasi ayam yang padat sehingga menimbulkan ‘Tapak Pemotongan Polibasa’ pada Protein Hemagglutinin (HA), yang fungsinya mirip pada ‘Protein Spike’ coronavirus.  Akuisisi ‘Tapak Pemotongan Polibasa’ pada HA, dengan penyisipan atau rekombinasi telah mengubah virus avian influenza patogenesitas rendah atau low-pathogenicity avian influenza (LPAI) menjadi virus yang sangat pathogen atau High-pathogenicity avian influenza (HPAI).  Akuisisi ‘Tapak Pemotongan Polibasa’ pada Protein HA juga terbukti setelah melalui pasase virus berulang-kali pada kultur sel atau pada hewan (Ito, et al. 2001).

Fungsi prediksi ‘Glycan berikatan-O’ tidak jelas, namun virus dapat membuat 'domain mirip-mucin' yang melindungi epitop atau residu utama pada ‘Protein Spike’ SARS-CoV-2.  Beberapa virus menggunakan 'domain mirip-mucin' sebagai perisai glycan yang berperan dalam penghindaran kekebalan tubuh (Immune Evasion).  Immune Evasion merupakan strategi yang digunakan oleh mikroorganisme penyebab penyakit untuk menghindari respon imun inang untuk memaksimalkan kemungkinan mikroorganisme tersebut ditularkan ke inang lain.  Meskipun prediksi ‘Glikosilasi berikatan-O’ kuat, namun studi percobaan diperlukan untuk menentukan apakah Tapak ini digunakan pada SARS-CoV-2.  ‘Glikosilasi berikatan-O’ merupakan proses perlekatan molekul gula ke atom oksigen serin (Ser) atau residu treonin (Thr) dalam protein.

TEORI ASAL-MULA SARS-CoV-2

Menurut Kristian G. A. et. al. (2020), mustahil SARS-CoV-2 muncul melalui manipulasi laboratorium berasal dari coronavirus mirip-SARS-CoV.  RBD SARS-CoV-2 bisa optimal mengikat ACE2 manusia dengan solusi efisien yang berbeda daripada yang diperkirakan sebelumnya.  Lebih lanjut, jika manipulasi genetik telah dilakukan, salah satu dari beberapa ‘sistem genetik terbalik’ yang tersedia untuk betacoronavirus mungkin digunakan.  Namun, data genetik menunjukkan bahwa SARS-CoV-2 tidak berasal dari “virus backbone” yang digunakan sebelumnya. Terdapat dua skenario yang dapat menjelaskan asal-mula SARS-CoV-2 yaitu: (1) seleksi alam pada inang hewan sebelum pemindahan zoonosis; dan (2) seleksi alam pada manusia setelah pemindahan zoonosis.

1. Seleksi alam pada inang hewan sebelum pemindahan zoonosis

Karena banyak kasus awal COVID-19 terkait dengan pasar Huanan di Wuhan, ada kemungkinan sumber hewan berada di tempat tersebut.  Mengingat kesamaan dari SARS-CoV-2 dengan coronavirus kelelawar, mirip-SARS-CoV, terdapat kemungkinan bahwa kelelawar berfungsi sebagai inang reservoir bagi nenek moyang virus tersebut.  Meskipun virus RaTG13 dari kelelawar Rhinolophus affinis, secara keseluruhan ~ 96% identik dengan SARS-CoV-2, Spike-nya menyimpang pada RBD, hal ini menunjukkan virus tersebut tidak bisa mengikat secara efisien pada ACE2 manusia.

Pada Trenggiling Jawa (Manis javanica) yang diimpor secara ilegal ke provinsi Guangdong ditemukan coronavirus mirip dengan SARS-CoV-2.  Meskipun seluruh genom virus kelelawar RaTG13 terdekat dengan SARS-CoV-2, namun beberapa coronavirus Trenggiling menunjukkan kemiripan yang kuat dengan SARS-CoV-2 pada RBD, termasuk keenam residu utama RBD.  Hal ini menunjukkan bahwa ‘Protein Spike’ SARS-CoV-2 bisa optimal mengikat ACE2-mirip-manusia adalah hasil dari seleksi alam.

Sejauh ini, baik betacoronavirus kelelawar atau betacoronavirus trenggiling tidak memiliki ‘Tapak Pemotongan Polibasa’.  Meskipun belum ada coronavirus hewan yang diidentifikasi sebagai nenek moyang langsung SARS-CoV-2, namun identifikasi keanekaragaman coronavirus pada kelelawar dan spesies lainnya perlu diupayakan secara masif.  Mutasi, penyisipan, dan penghilangan asam amino dapat terjadi pada persimpangan S1 dan S2 coronavirus, yang menunjukkan bahwa ‘Tapak Pemotongan Polibasa’ dapat timbul karena proses evolusi alami.  Virus prekursor dapat memperoleh ‘Tapak Pemotongan Polibasa’ dan mutasi pada ‘Protein Spike’ yang cocok untuk mengikat ACE2 manusia.  Pada inang hewan diperlukan kepadatan populasi yang tinggi sehingga terjadi seleksi alam secara efisien.  Dan didapat pengkodean gen ACE2-mirip-manusia secara nyata.

2. Seleksi alam pada manusia setelah pemindahan zoonosis

Ada kemungkinan, nenek moyang SARS-CoV-2 melompat ke manusia, memperoleh cirir genom yang dijelaskan di atas melalui adaptasi selama penularan dari manusia ke manusia yang tidak terdeteksi.  Setelah diperoleh, adaptasi ini akan memungkinkan pandemi tercetus dan menghasilkan kluster kasus yang cukup besar yang memicu harus dibangun sistem surveilans untuk mendeteksi kasus-kasus tersbut.

Semua sequence (urutan) genom SARS-CoV-2 sejauh ini memiliki ciri genom yang dijelaskan di atas dan karenanya memiliki nenek moyang bersama.  Keberadaan RBD dalam trenggiling yang sangat mirip dengan SARS-CoV-2 berarti dapat disimpulkan bahwa kemungkinan juga terjadi pada virus yang melompat ke manusia.  Hal ini meninggalkan penyisipan ‘Tapak Pemotongan Polibasa’ terjadi selama penularan dari manusia ke manusia.

Perkiraan waktu kemunculan nenek moyang terbaru SARS-CoV-2 yang dibuat dengan data sequence saat ini mengarahkan kemunculan virus tersebut pada akhir November 2019 hingga awal Desember 2019, sesai dengan kasus paling awal dikonfirmasi.  Oleh karena itu, skenario ini mengasumsikan periode penularan tidak dikenal pada manusia antara kejadian zoonosis awal dan akuisisi ‘Tapak Pemotongan Polibasa’.  Peluang yang cukup bisa muncul jika ada banyak kejadian zoonosis sebelumnya yang menghasilkan rantai pendek penularan dari manusia ke manusia melalui jangka waktu yang lama.  Hal ini berdasar pada situasi MERS-CoV, di mana semua kasus manusia adalah hasil dari lompatan berulang virus dari unta dromedaris, menghasilkan infeksi tunggal atau rantai penularan pendek hingga berakhir, tanpa adaptasi untuk penularan berkelanjutan.

Studi sampel manusia dari Bank Sampel dapat memberikan informasi tentang apakah penyebaran tersembunyi telah terjadi.  Studi serologis retrospektif dari sampel lama yang dikoleksi sebelumnya juga bisa menjadi data yang sangat informatif, dan beberapa studi seperti itu sebelumnya menunjukkan terdapat paparan rendah terhadap coronavirus mirip-SARS-CoV di wilayah tertentu di Tiongkok.  Namun, secara kritis, studi-studi ini tidak dapat membedakan apakah pajanan disebabkan oleh infeksi sebelumnya dengan SARS-CoV, SARS-CoV-2 atau coronavirus mirip-SARS-CoV lainnya.  Studi serologis lanjutan harus dilakukan untuk menentukan sejauh mana paparan manusia sebelumnya terhadap SARS-CoV-2.

3. Seleksi melalui pasase virus

Penelitian dasar telah malakukan pasase SARS-CoV-like coronavirus kelelawar pada kultur sel dan / atau model hewan telah berlangsung selama beberapa tahun dalam laboratorium BSL2 di dunia, dan ada infeksi SARS-CoV pada manusia terjadi dalam laboratorium yang didokumentasikan secara ilmiah.  Maka dari itu kita harus memeriksa kemungkinan lepasnya SARS-CoV-2 dari laboratorium SARS-CoV-2 yang tidak disengaja.

Secara teori, ada kemungkinan bahwa SARS-CoV-2 memperoleh mutasi RBD selama adaptasi dalam kultur sel, seperti yang telah diamati dalam studi SARS-CoV.  Namun, penemuan coronavirus mirip-SARS-CoV dari trenggiling dengan RBD yang hampir identik, memberikan penjelasan yang jauh lebih kuat dan lebih sederhana tentang bagaimana SARS-CoV-2 diperoleh melalui rekombinasi atau mutasi.

Akuisisi dari kedua ‘Tapak Pemotongan Polibasa’ dan prediksi ‘Glycan berikatan-O’ juga menyangkal skenario berbasis kultur.  ‘Tapak Pemotongan Polibasa’ baru hanya bisa diperoleh apabila telah melalui pasase virus yang berlangsung lama seperti yang terjadi pada virus avian influenza LPAI secara in vitro atau in vivo.  Lebih lanjut, generasi hipotetis SARS-CoV-2 melalui pasase virus pada kultur sel atau pasase pada hewan, diperlukan isolasi virus nenek moyang terlebih dahulu dengan kesamaan genetik yang sangat tinggi. Generasi selanjutnya ‘Tapak Pemotongan Polibasa’ membutuhkan pasase virus berulang pada kultur sel atau hewan dengan reseptor ACE2-mirip-manusia, tetapi kajian tahapan tersebut belum pernah dijelaskan sebelumnya.  Akhirnya, generasi prediksi ‘Glycan berikatan-O’ juga tidak mungkin terjadi karena perlu dilakukan pasase pada kultur sel dan keterlibatan sistem kekebalan tubuh.

KESIMPULAN

Pemahaman secara rinci virus hewan melompati batas spesies sehingga menginfeksi manusia akan membantu pencegahan kejadian zoonosis di kemudian hari.  Sebagai contoh, jika SARS-CoV-2 pra-adaptasi dalam spesies hewan lain, maka ada risiko muncul kembali kejadian di kemudian hari.  Sebaliknya, jika proses adaptasi terjadi pada manusia, bahkan jika pemindahan zoonosis berulang terjadi, virus-virus tidak mungkin ”memicu wabah” tanpa serangkaian mutasi yang sama.

Lebih banyak data ilmiah diperoleh akan memperkuat bukti untuk mendukung posisi satu hipotesis berada di atas hipotesis yang lain; mengumpulkan data Sequence virus terkait SARS-CoV yang berasal dari hewan akan menjadi cara paling pasti untuk mengungkapkan asal-mula virus ini.

DAFTAR PUSTAKA

1.            Alexander, D. J. & amp; Brown, I. H. Rev. Sci. Tech. 28, 19–38 (2009).

2.            Almazán, F. et al. Virus Res. 189, 262–270 (2014).

3.            Bagdonaite, I. & Wandall, H. H. Glycobiology 28, 443–467 (2018).

4.            Chan, C.-M. et al. Exp. Biol. Med. 233, 1527–1536 (2008).

5.            Corman, V. M., Muth, D., Niemeyer, D. & Drosten, C. Adv. Virus Res. 100, 163–188 (2018).

6.            Cui, J., Li, F. & Shi, Z.-L. Nat. Rev. Microbiol. 17, 181–192 (2019.

7.            Dong, E., Du, H. & Gardner, L. Lancet Infect. Dis. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(20)30120-1 (2020).

8.            Dudas, G., Carvalho, L. M., Rambaut, A. & Bedford, T. eLife 7, e31257 (2018).

9.            Follis, K. E., York, J. & Nunberg, J. H. Virology 350, 358–369 (2006).

10.       Ge, X.-Y. et al. Nature 503, 535–538 (2013).

11.       Gorbalenya, A. E. et al. bioRxiv https://doi.org/10.1101/2020.02.07.937862. (2020).

12.       Huang, C. et al. Lancet https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30183-5 (2020).

13.       Ito, T. et al. J. Virol. 75, 4439–4443 (2001).

14.       Jiang, S. et al. Lancet https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30419-0 (2020).

15.       Kristian G. A. et al, 2020. Nature Medicine volume 26, pages 450–452 (2020).

16.       Letko,M.,Marzi,A&Munster,V.Nat.Microbiol https://doi.org/10.1038/s41564-020-0688-y (2020).

17.       Lim, P. L. et al. N. Engl. J. Med. 350, 1740–1745 (2004).

18.       Liu, P., Chen, W. & Chen, J.-P. Viruses 11, 979 (2019).

19.       Menachery, V. D. et al. J. Virol. https://doi.org/10.1128/JVI.01774-19 (2019).

20.       Nao, N. et al. MBio 8, e02298-16 (2017).

21.       Rambaut, A. Virological.org http://virological.org/t/356 (2020).

22.       Sheahan, T. et al. J. Virol. 82, 2274–2285 (2008).

23.       Walls, A. C. et al. bioRxiv https://doi.org/10.1101/2020.02.19.956581 (2020).

24.       Wan, Y., Shang, J., Graham, R., Baric, R. S. & Li, F. J. Virol. https://doi.org/10.1128/JVI.00127-20 (2020).

25.       Wang, N. et al. Virol. Sin. 33, 104–107 (2018).

26.       Wong, M. C., et al. bioRxiv https://doi.org/10.1101/2020.02.07.939207 (2020).

27.       Wrapp, D. et al. Science https://doi.org/10.1126/science.abb2507 (2020).

28.       Wu, F. et al. Nature https://doi.org/10.1038/s41586-020-2008-3 (2020).

29.       Yamada, Y. & Liu, D. X. J. Virol. 83, 8744–8758 (2009).

30.       Zhang, T., Wu, Q. & Zhang, Z. bioRxiv https://doi.org/10.1101/2020.02. 19.950253 (2020).

31.        Zhou, P. et al. Nature https://doi.org/10.1038/s41586-020-2012-7 (2020).