Deskripsi spasial-temporal infeksi SARS-CoV-2 di Indonesia selama enam bulan pertama wabah

 

Abstrak

 

Latar Belakang

 

Sejak kasus pertama dilaporkan di Wuhan, China, pada Desember 2019, Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) telah menyebar ke seluruh dunia. Di Indonesia, kasus pertama dilaporkan pada awal Maret 2020, dan jumlah infeksi yang dikonfirmasi terus meningkat hingga saat ini. Upaya penanggulangan virus secara global dan di Indonesia sedang berlangsung. Ini adalah manuskrip pertama yang menggunakan model spasial-temporal untuk menggambarkan penularan SARS-CoV-2 di Indonesia, serta memberikan profil pasien untuk semua kasus COVID-19 yang dikonfirmasi.

 

Metode

 

Pengumpulan data dilakukan dari situs resmi Satgas Nasional Indonesia untuk Percepatan COVID-19 periode 02 Maret 2020-02 Agustus 2020. Data RT-PCR memastikan, pasien positif SARS-CoV-2 masuk kategori menurut demografi, gejala dan penyakit penyerta berdasarkan kategorisasi kasus (dikonfirmasi, sembuh, meninggal). Data yang dikumpulkan memberikan informasi terperinci dan menyeluruh tentang waktu dan lokasi geografis untuk 34 Provinsi di seluruh Indonesia.

 

Hasil

 

Total kumulatif 111.450 kasus yang dikonfirmasi dilaporkan di Indonesia selama masa studi. Dari kasus-kasus yang dikonfirmasi, 67,79% (75.551 / 111.450) dinyatakan sembuh dan 4,83% (5.382 / 111.450) di antaranya meninggal. Pasien sebagian besar adalah laki-laki (50,52%; 56,300 / 111,450) dan dewasa berusia 31-45 tahun (29,73%; 33,132 / 111,450). Gejala gejala batuk dan demam secara keseluruhan, serta penyakit kronis komorbiditas sejalan dengan data yang dipublikasikan sebelumnya dari tempat lain di Asia Tenggara. Data yang dilaporkan di sini, menunjukkan bahwa dari deteksi kasus pertama yang terkonfirmasi dan dalam kurun waktu singkat 40 hari, seluruh provinsi di Indonesia terjangkit COVID-19.

 

Kesimpulan

 

Studi ini adalah yang pertama memberikan karakteristik rinci dari pasien SARS-CoV-2 yang dikonfirmasi di Indonesia, termasuk profil demografis dan riwayat presentasi COVID-19. Ini menggunakan analisis spasial-temporal untuk menyajikan penyebaran epidemi sejak awal wabah di seluruh provinsi di negara tersebut. Peningkatan kasus baru terkonfirmasi telah konsisten selama periode ini di semua provinsi, dengan beberapa menunjukkan peningkatan yang tajam, sebagian karena peningkatan kapasitas diagnostik nasional. Informasi ini memberikan sumber daya siap pakai yang dapat digunakan untuk pemodelan prediksi, dan digunakan terus-menerus oleh Satgas Indonesia saat ini untuk memberi nasihat tentang potensi implementasi atau penghapusan tindakan jarak publik, dan tentang potensi ketersediaan kapasitas perawatan kesehatan dalam upaya mereka untuk mengelola wabah tersebut.

 

PENGANTAR

Sejak kasus pertama dilaporkan dari Wuhan, China, pada Desember 2019, Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) telah menyebar ke seluruh dunia. Menurut Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) pada 23 Agustus 2020, jumlah total kasus terinfeksi yang dikonfirmasi di seluruh dunia mencapai 23.057.288, sedangkan total kematian mencapai 800.906 [1]. India dan Indonesia, dua negara terpadat di Asia Tenggara, telah melaporkan dan terus melaporkan sejumlah besar kasus (masing-masing 3.044.940 dan 151.498, pada 23 Agustus 2020) [1]. Di Indonesia, kasus pertama dilaporkan pada 02 Maret 2020.

 

Upaya untuk menahan virus secara global sedang berlangsung. Namun, mengingat banyaknya ketidakpastian mengenai jumlah infeksi tanpa gejala, serta tingkat penularan patogen, efektivitas upaya ini belum dapat diukur secara memadai. Telah dibuktikan bahwa jumlah reproduksi COVID-19 lebih tinggi dibandingkan dengan wabah virus korona sebelumnya [2], dan sebagai tambahan, sebagian besar kasus yang terinfeksi tampaknya tidak menunjukkan gejala [3]. Oleh karena itu, tidak mengherankan jika jumlah kasus baru terkonfirmasi dan kematian terkait COVID-19, masih terus meningkat di sebagian besar negara, termasuk di Indonesia.

 

Untuk mengurangi jumlah kasus baru, pemerintah mengandalkan langkah-langkah kesehatan masyarakat klasik untuk mengekang laju penyebaran epidemi. Tujuan utama dari langkah-langkah kesehatan masyarakat tersebut (misalnya karantina, jarak sosial, dan penahanan komunitas) telah secara konsisten untuk mencegah penularan dari orang ke orang dengan memisahkan dan / atau menjauhkan orang [4, 5]. Meskipun Indonesia telah menerapkan beberapa langkah pengendalian (termasuk jarak fisik, karantina rumah, pesan publik untuk cuci tangan rutin dan pemakaian masker di depan umum, pembatasan perjalanan lokal, dll), masih terdapat tren peningkatan jumlah kasus baru. dikonfirmasi secara nasional. Menurut WHO, penyebaran virus di Indonesia dapat dikategorikan sebagai 'penularan komunitas' [6], karena ketidakmampuan untuk menghubungkan kasus yang dikonfirmasi melalui rantai penularan untuk sejumlah besar kasus. Dengan demikian, memahami mekanisme dan pola transmisi membentuk pertanyaan kunci [7, 8].

 

Langkah pertama yang mendasar dalam mengembangkan strategi dan pemodelan prediktif untuk COVID-19 di Indonesia adalah menganalisis jumlah kasus yang dikonfirmasi, beserta waktu kemunculannya [9]. Model penalaran spasial-temporal ini secara luas berguna untuk memperoleh informasi tentang mengidentifikasi daerah berisiko tinggi, mendukung upaya pemantauan dan pencegahan [10], dan untuk memprediksi lintasan epidemi [11].

 

Untuk lebih memahami sifat dan penyebaran infeksi COVID-19 di Indonesia, kami menggunakan model penalaran spatio-temporal untuk menganalisis data nasional antara Maret dan Agustus 2020. Data dikumpulkan dari Satgas Nasional Percepatan COVID-19, dari periode 2 Maret 2020 hingga 2 Agustus 2020. Data tersebut memberikan informasi granular surveilans COVID-19 di 34 Provinsi di seluruh Indonesia dan memberikan sumber daya siap pakai yang dapat digunakan untuk pemodelan prediksi di masa mendatang.

 

METODE

 

Area studi

Secara geografis, Indonesia berada di Asia Tenggara, terletak di antara Samudera Hindia dan Samudera Pasifik (lintang: 5 ° 00 'LU, lon: 120 ° 00' BT). Indonesia merupakan negara kepulauan yang terdiri dari 5 pulau besar (Sumatera, Kalimantan, Jawa, Sulawesi, dan Papua) dan ribuan pulau kecil. Indonesia terletak berdekatan dengan garis khatulistiwa, dan merupakan wilayah tropis dengan 2 musim: musim hujan (Oktober-Maret) dan musim kemarau (April-September).

 

Indonesia secara administratif terbagi menjadi 34 provinsi dan 514 kota dan kabupaten, dengan pemerintah daerah independen dan badan parlemen. Indonesia memiliki 10.138 pusat kesehatan umum (PUSKESMAS - fasilitas kesehatan primer) dan 2.902 rumah sakit (fasilitas kesehatan tersier) yang tersebar di provinsi-provinsinya, di mana 132 rumah sakit ditunjuk sebagai pusat rujukan nasional untuk pengobatan COVID-19 [12]. Jumlah penduduk Indonesia mencapai 267.663.435 (2018) dengan perempuan mewakili 50% dari populasi [13], dan usia rata-rata sekitar 30 tahun [14].

 

Pengumpulan data

Data untuk penelitian ini diperoleh dari situs Satuan Tugas Nasional Indonesia untuk Percepatan Penanggulangan COVID-19 (www.covid19.go.id). Data yang diperoleh termasuk rincian kasus yang dikonfirmasi (yaitu demografi, gejala yang muncul dan komorbiditas), dan hasil pengobatan (pemulihan atau kematian) di semua 34 provinsi antara 2 Maret 2020 dan 2 Agustus 2020. Penggunaan data, yang dianonimkan, dikumpulkan, dan di tingkat kependudukan telah diizinkan oleh Kementerian Kesehatan Republik Indonesia berdasarkan Peraturan Nomor 45 (2014), Pasal 3, ayat 1 dan 2.

 

Strategi pengambilan sampel dan pengujian Indonesia bertujuan untuk menyelidiki semua kasus dan kelompok COVID-19. Tujuannya adalah agar minimal 90% kasus yang dicurigai diisolasi dan dilakukan pengambilan spesimen dalam waktu kurang dari 48 jam sejak munculnya gejala, sehingga penularan sekunder sebisa mungkin dihindari. Spesimen harus dikirim ke laboratorium rujukan dan hasilnya harus diterima dalam waktu 72 jam, selama waktu tersebut individu disarankan untuk melakukan isolasi sendiri. Hasil investigasi epidemiologi dan laboratorium harus dilaporkan secara nasional setiap hari kepada Kementerian Kesehatan dan Satgas COVID-19 Nasional melalui saluran pengumpulan data khusus [15].

 

Sampel dikumpulkan melalui usap nasofaring (NP) atau orofaringeal (OP) atau dahak atau serum, menurut protokol Kementerian Kesehatan Indonesia [15]. Sebagian besar penyeka NP dan OP telah dikumpulkan hingga saat ini, untuk pengujian diagnostik yang dilakukan dengan reverse transcriptase PCR (RT-PCR).

 

Analisis data

Data yang terkumpul diklasifikasikan menurut status sembuh / meninggal untuk menggambarkan karakteristik pasien. Regresi logistik univariat dilakukan SPSS, versi 20 (SPSS Inc., Chicago, IL, USA) untuk mengidentifikasi faktor-faktor yang berpotensi terkait dengan kematian COVID-19. Rasio ganjil yang disesuaikan dan interval kepercayaan 95% ditampilkan untuk faktor risiko kematian COVID-19 berdasarkan jenis kelamin, kelompok usia, dan lokasi geografis (termasuk hanya 5 pulau terbesar) [16]. Tes χ2 digunakan untuk menganalisis data yang dikumpulkan tentang dampak jenis kelamin, wilayah, dan kelompok usia, seperti yang dijelaskan sebelumnya [17].

 

Penyajian data deskriptif lebih lanjut diambil di 8 provinsi prioritas, (Jakarta, Jawa Barat, Jawa Timur, Jawa Tengah, Sulawesi Selatan, Sulawesi Utara, Kalimantan Selatan, dan Papua), sesuai dengan karakteristik status sembuh / meninggal, kelompok umur dan jenis kelamin.

 

Untuk analisis spasial, jumlah kasus baru terkonfirmasi di setiap provinsi ditambahkan ke dalam grafik sumbu xy dan jumlah kasus dibedakan menurut warna. Untuk menampilkan jumlah kumulatif kasus, angka tersebut dipetakan dengan menggunakan aplikasi kustomisasi peta yang tersedia (https://mapchart.net/) [18]. Peta panas dibuat sesuai tindak lanjut dengan jangka waktu 22 minggu.

 

HASIL

 

Total kumulatif 111.450 kasus COVID-19 yang dikonfirmasi dilaporkan di Indonesia antara 2 Maret dan 2 Agustus 2020. 67,79% (75.551 / 111.450) dari kasus-kasus yang dikonfirmasi tersebut ditampilkan sebagai pulih dan 4,83% (5.382 / 111.450) di antaranya meninggal. Di antara yang dilaporkan sebagai SARS-CoV-2 RT-PCR positif di Indonesia 50,52% adalah laki-laki (56.300 / 111.450) dan orang dewasa berusia 31 hingga 45 tahun (29,73%; 33.132 / 111.450). Tidak ada signifikansi statistik yang diamati pada rasio jenis kelamin dari kasus yang dikonfirmasi (p = 0,339). Namun, jenis kelamin secara statistik signifikan untuk kategori pulih dan kematian (p <0,001 dalam kedua kasus), di mana proporsi relatif lebih besar dari perempuan dicatat sebagai pulih: kelompok perempuan (68,05%; 35,352 / 51,948) dibandingkan dengan kelompok laki-laki (67,45 %; 37.977 / 56.300). Persentase kematian juga lebih besar pada laki-laki (5,59%; 3,146 / 56,300) dibandingkan perempuan yang dikonfirmasi kasus (4,09%; 2.127 / 51.948; p <0,001). Meskipun orang dewasa berusia 31–45 tahun terbukti lebih rentan tertular dibandingkan kelompok usia lain, lansia (≥ 60 tahun) memiliki proporsi kematian tertinggi (16,46%; 2.041 / 12.396; p <0,001) dan Proporsi pemulihan terendah di kedua jenis kelamin (60,29%; 7,474 / 12,396; p <0,001).

 

Gejala awal yang paling umum dilaporkan terjadi pada populasi terkonfirmasi terinfeksi adalah batuk (2,58%; 2,871 / 111,450), diikuti oleh riwayat demam (1,71%; 1,906 / 111,450) dan demam persisten (1,41%; 1,573 / 111,450). Tidak semua pasien mengalami kesulitan bernapas (1,24%; 1.384 / 111.450). Sejumlah kasus yang dikonfirmasi juga melaporkan riwayat klinis hipertensi (0,63%; 700 / 111,450) dan diabetes melitus (0,43%; 478 / 111,450). Komorbiditas utama yang ditemukan di antara pasien yang terdaftar meninggal termasuk penyakit ginjal (51.81; 43/83), penyakit jantung (38.41%; 106/168), dan pasien immunocompromised (33.33%; 7/14). Namun, kehati-hatian perlu dilakukan ketika menafsirkan data di atas, karena catatan memiliki tingkat penyelesaian variabel untuk kategori gejala awal dan dengan demikian tidak dapat mendukung analisis statistik lebih lanjut. Tingkat data tidak lengkap yang sangat tinggi (dalam beberapa kasus mendekati 90%) dan variabilitas penyelesaian yang tinggi antara kategori komorbiditas yang berbeda telah mencegah analisis komorbiditas lebih lanjut.

 

Lima provinsi dengan jumlah kasus terkonfirmasi COVID-19 tertinggi (sebagai% dari total nasional) adalah Jawa Timur (20,19%; 22,504 / 111,450), DKI Jakarta (19,87%; 22,144 / 111,450), Jawa Tengah (8,73% ; 9,732 / 111,450), Sulawesi Selatan (8,66%; 9,647 / 111,450), dan Jawa Barat (5,96%; 6,637 / 111,450). Kelima provinsi ini menyumbang lebih dari 60% kasus nasional. Sedangkan berdasarkan kejadian kasus yang dilaporkan, 5 provinsi teratas adalah DKI Jakarta (204,16 per 100.000 penduduk), Kalimantan Selatan (153,91 per 100.000 penduduk), Maluku Selatan (119,05 per 100.000 penduduk), Gorontalo (108,75 per 100.000 penduduk). ), dan Sulawesi Selatan (102,33 per 100.000 penduduk). Insiden yang tercatat di Jakarta dibandingkan dengan pulau-pulau utama lainnya jauh lebih tinggi dan signifikan secara statistik di semua kategori kasus (dikonfirmasi, pulih, kematian; p <001 untuk semua).

 

Karakteristik pasien di Jakarta, Jawa Barat, Jawa Timur, Jawa Tengah, Sumatera Utara, Kalimantan Selatan, Sulawesi Selatan, dan Papua untuk kelompok umur, jenis kelamin, dan status sembuh / meninggal, sebagaimana provinsi ini memiliki insiden COVID-19 tertinggi yang dilaporkan.

 

Dua kasus SARS-CoV-2 yang dikonfirmasi oleh RT-PCR pertama diidentifikasi pada 2 Maret 2020 di Jakarta. Kasus terkonfirmasi positif ketiga ditemukan di Jawa Barat pada 3 Maret dan satu kasus lagi di Banten pada 6 Maret 2020. Hasil spasial-temporal menunjukkan bahwa semua provinsi di Indonesia mengalami kasus terkonfirmasi COVID-19 dalam waktu 41 hari. sejak kasus pertama yang dikonfirmasi dilaporkan (2 Maret hingga 10 April 2020). Secara umum, Jakarta secara konsisten melaporkan jumlah kasus baru terkonfirmasi per hari tertinggi (> 100 per hari). Meskipun tanggal timbulnya wabah berbeda di antara provinsi yang berbeda, setelah kasus dikonfirmasi, kasus baru segera menyusul.

 

Peta panas yang menunjukkan perkembangan penularan di 34 provinsi di seluruh Indonesia dalam kurun waktu kurang lebih 6 bulan (5 bulan dan 2 minggu). Selama minggu pertama, kasus yang dikonfirmasi hanya terkonsentrasi di Jawa Barat, Jakarta, dan Banten. Minggu berikutnya, kasus baru yang dikonfirmasi dilaporkan di Kalimantan Timur, dan beberapa hari kemudian penyebaran infeksi baru meningkat pesat baik di bagian barat dan timur Indonesia, menambah 18 provinsi baru dengan kasus yang dilaporkan. Pada minggu keenam, kasus yang dikonfirmasi dicatat di semua provinsi. Dalam 2 minggu terakhir periode penelitian, kasus kumulatif > 100 kasus yang dikonfirmasi telah terjadi di beberapa provinsi, meninggalkan Jakarta sebagai daerah yang paling terinfeksi dengan > 1000 kasus pada akhir minggu terakhir.

 

DISKUSI

Secara keseluruhan, penelitian kami menunjukkan bahwa RT-PCR mengkonfirmasi infeksi SARS-CoV-2 di Indonesia lebih umum pada laki-laki dengan rentang usia antara 31-45 tahun, sebagian besar datang dengan gejala demam dan batuk yang dilaporkan sendiri, dan memiliki gejala klinis sebelumnya. riwayat hipertensi dan / atau diabetes melitus. Peningkatan tertinggi dalam jumlah absolut kasus baru terkonfirmasi terjadi di Jakarta, Jawa Barat, Jawa Tengah, Jawa Timur, dan Sulawesi Selatan; sementara provinsi lain menunjukkan pelaporan kasus baru terkonfirmasi yang relatif sederhana setiap hari. Pada minggu keenam masa tindak lanjut, semua provinsi di Indonesia dipengaruhi oleh kasus COVID-19 yang dikonfirmasi. Pola penularan serupa terlihat di 5 kota besar di Cina, tidak secara geografis berbatasan dengan Wuhan [19].

 

Karakteristik pasien COVID-19 di Indonesia serupa dengan yang dilaporkan di China dan Italia [20-22], dengan batuk dan demam / riwayat demam sebagai gejala yang paling sering [20, 23] dan dalam kelompok usia yang sama [23, 24] ]. Laki-laki lebih umum untuk hasil klinis yang lebih buruk dibandingkan dengan perempuan seperti dalam penelitian lain dari Cina, Italia dan Amerika Serikat [20, 25, 26]. Populasi lansia di atas 60 tahun (19,8%; 326 / 1.647) menunjukkan angka kematian tertinggi, sejalan dengan pengamatan di negara lain [20-22]. Dengan demikian, observasi saat ini di Indonesia sejalan dengan observasi yang dipublikasikan sebelumnya [27] dan menunjukkan profil pasien yang serupa dari bagian lain Asia Tenggara [28-31]. Selain itu, karena Indonesia melaporkan salah satu insiden penyakit ginjal kronis tertinggi di Asia Tenggara, mempengaruhi lebih dari 8% dari lebih dari 65 kelompok populasi, hal ini kemungkinan akan semakin memperparah angka kematian yang diamati pada kelompok populasi tersebut sebagai kondisi kesehatan terkait yang mendasarinya. [32].

 

Definisi kelompok rentan COVID-19 mencakup orang lanjut usia, orang yang sakit dan memiliki penyakit penyerta, tunawisma atau kekurangan rumah, serta orang yang mungkin berjuang secara ekonomi dan psikologis [33]. Anak-anak dan orang dewasa yang lebih muda mewakili proporsi terkecil dari kasus yang dikonfirmasi di Indonesia, sejalan dengan laporan nasional di tempat lain [34, 35]. Karena ini adalah sistem surveilans nasional yang inklusif, tidak ada bias sistemik khusus untuk mengesampingkan kelompok rentan tertentu, anak-anak atau bias dalam pencatatan kasus, selain yang terakhir mungkin asimtomatik atau kurang bergejala dibandingkan kelompok populasi lain. Namun, hipotesis ini masih perlu diverifikasi secara klinis dengan purposive sampling pada kelompok usia tersebut.

 

Peningkatan kasus yang dikonfirmasi juga mencerminkan peningkatan ketersediaan pengujian secara nasional, karena Pemerintah Indonesia mengizinkan baik laboratorium pemerintah maupun non-pemerintah untuk melakukan analisis konfirmasi RT-PCR, meningkatkan kapasitas diagnostik nasional [36-38]. Hingga 29 April 2020, terdapat total 89 laboratorium yang telah ditunjuk untuk memeriksa sampel pasien yang dicurigai, terdiri dari 48 laboratorium rumah sakit, 15 laboratorium universitas, 18 laboratorium Kementerian Kesehatan, dan 3 dari Direktorat Kesehatan Hewan [36].

 

Gubernur Jakarta memberlakukan Jarak Sosial Skala Besar mulai 10 April 2020 (40 hari setelah kasus COVID-19 pertama yang dikonfirmasi dilaporkan). Inisiatif ini diikuti oleh Gubernur Jawa Barat yang menerapkan peraturan yang sama di kota-kota satelit dekat Jakarta. Efektivitas waktu serta penerapan peraturan ini harus dievaluasi di kemudian hari, namun dapat dikatakan bahwa pada akhirnya (dalam waktu 3–4 minggu) hal tersebut menyebabkan tingginya tingkat penularan yang dilaporkan di kota-kota tersebut. Tindakan ini digabungkan dengan tindakan pencegahan dan kebersihan tingkat individu yang sangat disarankan oleh Pemerintah Indonesia [39].

 

Kekuatan penelitian kami adalah bahwa data dikumpulkan secara terpusat oleh Satuan Tugas Nasional Indonesia untuk Percepatan COVID-19. Oleh karena itu dibuat seragam dalam cara pemberitaannya, dan mampu mencakup secara menyeluruh seluruh wilayah nasional Indonesia. Namun, penelitian ini memiliki keterbatasan tertentu. Tingkat data tidak lengkap yang sangat tinggi (dalam beberapa kasus mendekati 90%) dan variabilitas penyelesaian yang tinggi antara kategori komorbiditas yang berbeda telah mencegah analisis komorbiditas lebih lanjut. Tingkat penyelesaian merupakan aspek yang saat ini ditangani oleh pihak berwenang Indonesia. Selain itu, terdapat penundaan dalam pelaporan data, baik karena kurangnya kepercayaan staf dalam penanganan awal laporan atau lebih mungkin karena struktur pengelolaan data yang berlebihan di tingkat administrasi lokal. Selain itu, data tidak selalu lengkap, dan tidak memberikan riwayat kontak sosial pasien, sementara gejala, seperti batuk dan episode demam sebelumnya dilaporkan sendiri, membuat mereka rentan terhadap bias memori. Karena Indonesia adalah pusat transit yang sangat aktif di Asia Tenggara, ada kemungkinan sejumlah kasus COVID-19 yang dikonfirmasi dapat diimpor dari negara lain secara regional, namun jenis data yang dikumpulkan sejauh ini tidak memungkinkan untuk membedakan kejadian penularan lokal vs kasus yang masuknya diimpor dari daerah lain.

 

KESIMPULAN

 

Studi ini adalah yang pertama untuk memberikan karakteristik rinci dari pasien COVID-19 yang dikonfirmasi di laboratorium di Indonesia dan menggunakan analisis spasial-temporal untuk mempresentasikan pola penularan dari awal wabah di Indonesia pada 2 Maret 2020 hingga 2 Agustus 2020. Profil demografis dari pasien yang dikonfirmasi terinfeksi yang dilaporkan dalam manuskrip ini sesuai dengan profil pasien yang dikonfirmasi dari wilayah lain di Asia Tenggara. Seperti di wilayah geografis tetangga lainnya (Vietnam, Thailand dan Malaysia), kasus pertama yang dikonfirmasi secara langsung terkait dengan pelancong dari hotspot infeksi lain. Dalam kasus Indonesia, diperkirakan datang dari para pelancong yang kembali dari daerah yang terkena dampak di Malaysia, seperti yang dilaporkan secara luas di pers [40]. Namun, tanpa informasi genomik atau laboratorium lebih lanjut, hal ini tetap menjadi dugaan yang diinformasikan.

 

Data yang dilaporkan di sini, menunjukkan bahwa semua provinsi di Indonesia terkena COVID-19 dalam waktu yang singkat. Insiden di pulau Jawa tidak mengherankan mengingat kepadatan penduduk dan perpindahan penduduk yang sangat tinggi. Peningkatan kasus baru terkonfirmasi konsisten selama periode ini di semua provinsi, sebagian karena peningkatan kapasitas diagnostik nasional. Informasi ini digunakan terus menerus oleh Satgas Indonesia saat ini dalam upaya mereka untuk menangani wabah.

 

Daftar Pustaka

1.   World Health Organization, Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) Weekly Epidemiological Update (WHO, 2020); Geneva, August 23, 2020. Available from: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/20200824-weekly-epi-update.pdf?sfvrsn=806986d1_4 [Accessed August 23, 2020]

2.   Liu Ying, Albert A Gayle Annelies Wilder-Smith, Joacim Rocklöv, The reproductive number of COVID-19 is higher compared to SARS coronavirus, Journal of Travel Medicine, Volume 27, Issue 2, March 2020, taaa021, doi: 10.1093/jtm/taaa021. pmid:32052846

3.    Li R, Pei S, Chen B, Song Y, Zhang T, et al. Substantial undocumented infection facilitates the rapid dissemination of novel coronavirus (SARS-CoV-2). Science; 01 MAY 2020; 368(6490): 489–493. doi: 10.1126/science.abb3221. pmid:32179701

4.    A Wilder-Smith MD, D O Freedman MD, Isolation, quarantine, social distancing and community containment: pivotal role for old-style public health measures in the novel coronavirus (2019-nCoV) outbreak, Journal of Travel Medicine, Volume 27, Issue 2, March 2020, taaa020, doi: 10.1093/jtm/taaa020. pmid:32052841

5.   Benjamin J Cowling, Allison E Aiello, Public Health Measures to Slow Community Spread of Coronavirus Disease 2019, The Journal of Infectious Diseases, jiaa123, https://doi.org/10.1093/infdis/jiaa123

6.   World Health Organization. Critical preparedness, readiness and response actions for Covid-19: Interim guidance, 22 March 2020. https://www.who.int/publications-detail/critical-preparedness-readiness-and-response-actions-for-covid-19 [Accessed May 9, 2020]

7.   Setiati S, Azwar MK. (2020) COVID-19 and Indonesia. Acta Med Indones-Indones J Intern Med; 52(1): 84–89.

8.   World Health Organization. COVID-19 Strategy Update.14 April 2020. https://www.who.int/publications-detail/strategic-preparedness-and-response-plan-for-the-new-coronavirus [Accessed 9 May 2020]

9.   Tsang TK, Wu P, Lin Y, Lau EHY, Leung GM, Cowling BJ. Effect of changing case definitions for COVID-19 on the epidemic curve and transmission parameters in mainland China: a modelling study. The Lancet Public Helath; 5(5): e289–e296. doi: 10.1016/S2468-2667(20)30089-X. pmid:32330458

10. Konstantinoudis G, Schuhmacher D, Rue H, Spycher BD. Discrete versus continuous domain models for disease mapping. Spat Spatio-temporal Epidemiol. 2020;32:100319 doi: 10.1016/j.sste.2019.100319. pmid:32007284

11. Nanni M, Raffaeta A, Renso C and Turini F., "Deductive and Inductive Reasoning on Spatio-Temporal Data" in Applications of declarative programming and knowledge management, Berlin:Springer Berlin / Heidelberg, vol. 3392, pp. 98–115, 2005 g8bu

12. Government of Indonesia. Indonesian Ministry of Health, 2020. List of COVID-19 Reference Hospitals in Indonesia. file:///C:/Users/kozlakidisz/Downloads/Daftar_RS_rujukan_COVID-19%20(1).pdf [Accessed 9 May, 2020]

13.The World Bank. Population, female (% of total population–Indonesia) https://data.worldbank.org/indicator/SP.POP.TOTL.FE.ZS?locations=ID [Accessed 9 May, 2020]

14. Sri Moertiningsih Adioetomo and Ghazy Mujahid (ed. Horst Posselt). United Nations Population Fund (UNFPA). UNFPA Indonesia Monograph Series No 1. Indonesia on the Threshold of Population Ageing. July 2014, Jakarta, Indonesia. https://indonesia.unfpa.org/sites/default/files/pub-pdf/BUKU_Monograph_No1_Ageing_03_Low-res.pdf [Accessed May 9, 2020]

15. Indonesian Government. Task Force for the Acceleration of Handling of COVID-19. Guidelines for the Prevention and Control of Coronavirus Disease (COVID-19). https://www.sumutprov.go.id/content/userfiles/REV-05_Pedoman_P2_COVID-19_13_Juli_2020_compressed.pdf [Accessed August 23, 2020]

16. Sperandei S. (2014). Understanding logistic regression analysis. Biochemia medica: Biochemia medica, 24(1), 12–18.

17. Al‐Rousan N., & Al‐Najjar H. (2020). Data Analysis of Coronavirus CoVID‐19 Epidemic in South Korea Based on Recovered and Death Cases. Journal of Medical Virology.92(9): 1603–1608. doi: 10.1002/jmv.25850. pmid:32270521

18. Voorrips R. E., MapChart: Software for the Graphical Presentation of Linkage Maps and QTLs, Journal of Heredity, January 2002; 93(1): 77–78 doi: 10.1093/jhered/93.1.77. pmid:12011185

19.  Liu Y. et al., What are the underlying transmission patterns of COVID-19 outbreak? An age-specific social contact characterization, EClinicalMedicine (2020), doi: 10.1016/j.eclinm.2020.100354. pmid:32313879

20.   Guan W, Ni Z, Hu Y, Liang W, Ou C, et al. Clinical characteristics of coronavirus disease 2019 in China. N Eng J Med. 2020; 382: 1708–20.

21.   Zhu J., Ji P., Pang J., Zhong Z., Li H., He C., et al.Clinical characteristics of 3,062 COVID-19 patients: a meta-analysis J Med Virol (2020), doi: 10.1002/jmv.25884. pmid:32293716

22. Grasselli G, Zangrillo A, Zanella A, et al. Baseline Characteristics and Outcomes of 1591 Patients Infected With SARS-CoV-2 Admitted to ICUs of the Lombardy Region, Italy. JAMA. 2020;323(16):1574–1581 doi: 10.1001/jama.2020.5394. pmid:32250385

23. Wenham C, Smith J, Morgan R, et al. COVID-19: the gendered impacts of the outbreak. The Lancet. 2020; 395(10227): 846–848. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30526-2. pmid:32151325

24.Tian S, Hu N, Lou J, Chen K, Kang X, Xiang Z et al. Characteristics of COVID-19 infection in Beijing. Journal of Infection. 2020;80(4):401–406. https://doi.org/10.1016/j.jinf.2020.02.018

25.  Flavia R, Marco A, Xanthi A, Antonino B, Martina DM, Massimo F, et al. Epidemiological characteristics of COVID-19 cases in Italy and estimates of the reproductive numbers one month into the epidemic. medRxiv 2020.04.08.20056861; https://doi.org/10.1101/2020.04.08.20056861

26.  Garg S, Kim L, Whitaker M, et al. Hospitalization Rates and Characteristics of Patients Hospitalized with Laboratory-Confirmed Coronavirus Disease 2019—COVID-NET, 14 States, March 1–30, 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2020;69:458–464. doi: 10.15585/mmwr.mm6915e3. pmid:32298251

27. Mahase E. Covid-19: death rate is 0.66% and increases with age, study estimates BMJ 2020; 369: m1327 doi: 10.1136/bmj.m1327. pmid:32238354

28.  Wang D.W., Hu B., Hu C., Zhu F., Liu X. et al. (2020). Clinical characteristics of 138 hospitalized patients with 2019 novel coronavirus-infected Pneumonia in Wuhan, China. JAMA 323(11), 1061–1069. doi: 10.1001/jama.2020.1585. pmid:32031570

29. Huang C.L., Wang Y.M., Li X.W., Ren L., Zhao J. et al. (2020). Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. Lancet 395 (10223), 497–506. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30183-5. pmid:31986264

30. Nguyen THD, Vu DC. Summary of the COVID-19 outbreak in Vietnam—Lessons and suggestions. Travel Med Infect Dis. 2020 Apr 2:101651. doi: 10.1016/j.tmaid.2020.101651. Epub ahead of print. pmid:32247928

31. Okada P, Buathong R, Phuygun S, Thanadachakul T, Parnmen S, Wongboot W, et al. Early transmission patterns of coronavirus disease 2019 (COVID-19) in travellers from Wuhan to Thailand, January 2020. Euro Surveill. 2020 Feb;25(8):2000097. doi: 10.2807/1560-7917.S.2020.25.8.2000097.

32. Zou X, Chen K, Zou J, Han P, Hao J, Han Z. Single-cell RNA-seq data analysis on the 106 receptor ACE2 expression reveals the potential risk of different human organs vulnerable to 107 2019-nCoV infection. Frontiers of medicine [Internet]. 2020 Mar 12; Available from: 108 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32170560

33.  Redefining vulnerability in the era of COVID-19. Lancet editorial. 2020; 395(10230): 1089. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30757-1. pmid:32247378

34. Kelvin AA, Halperin S. COVID-19 in children: the link in the transmission chain. The Lancet Infect Dis 2020 S1473-3099(20): 30198–5 doi: 10.1016/S1473-3099(20)30236-X. pmid:32220651

35.  Morand A., Fabre A., Minodier P., Boutin A., Vanel N., Bosdure E., et al. COVID-19 virus and children: What do we know? Archives de Pédiatrie. 2020; 27(3): 117–118 doi: 10.1016/j.arcped.2020.03.001. pmid:32253003

36.  Indonesian Government. Task Force for the Acceleration of Handling of COVID-19. ‘A total of 89 active laboratories allowed to check for COVID-19’ Press Bulletin. April 29, 2020. https://covid19.go.id/p/berita/sebanyak-89-laboratorium-aktif-periksa-covid-19 [Accessed May 9 2020]

37.  Government adds 41 laboratories to Covid-19, now totaling 89’. Kompas.com. Online news agency, 29 April 2020. https://nasional.kompas.com/read/2020/04/29/17120861/pemerintah-tambah-41-laboratorium-untuk-covid-19-kini-jadi-89 [Accessed May 9, 2020]

38.Lippi G., & Plebani M. (2020). The critical role of laboratory medicine during coronavirus disease 2019 (COVID-19) and other viral outbreaks, Clinical Chemistry and Laboratory Medicine (CCLM) (published online ahead of print), 20200240

39.Indonesian Ministry of Health. Guidelines for the Prevention and Control of COVID-19. July 2020. https://covid19.go.id/storage/app/media/Protokol/REV-05_Pedoman_P2_COVID-19_13_Juli_2020.pdf. [Accessed September 3, 2020]

40. Indonesian News Agency. Jakarta Globe News. https://jakartaglobe.id/news/indonesia-confirms-first-coronavirus-cases-in-its-territory/ [Accessed May 9, 2020]

 

Sumber:

Dewi Nur Aisyah, Chyntia Aryanti Mayadewi, Haniena Diva, Zisis Kozlakidis, Siswanto, Wiku Adisasmito.  2020. A spatial-temporal description of the SARS-CoV-2 infections in Indonesia during the first six months of outbreak.  Plos One.  Published: December 22, 2020. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0243703