Perkembangan Coronavirus pada Hewan dan Manusia

Coronavirus adalah sekelompok virus yang menyebabkan penyakit pada mamalia dan burung. Pada manusia, coronavirus menyebabkan infeksi saluran pernapasan yang biasanya ringan, seperti flu biasa, meskipun bentuk yang lebih jarang seperti SARS, MERS dan COVID-19 dapat mematikan. Gejala bervariasi pada spesies lain seperti pada ayam coronavirus menyebabkan penyakit saluran pernapasan atas, sedangkan pada sapi dan babi coronavirus menyebabkan diare.  Pada saat ini belum ditemukan vaksin atau obat antivirus untuk mencegah atau mengobati infeksi coronavirus manusia.

KLASIFIKASI VIRUS 

Ordo : Nidovirales

Famili :Coronaviridae

Subfamili: Orthocoronavirinae

Genus:⁽¹⁾

Alphacoronavirus

Betacoronavirus

Gammacoronavirus

Deltacoronavirus

Sinonim :

Coronavirinae ^[2,3,4]

Coronavirus termasuk di dalam subfamili Orthocoronavirinae dalam Famili Coronaviridae, dalam Ordo Nidovirales.^{[5, 6]} Virus tersebut merupakan virus yang beramplop dengan positive-sense single-stranded RNA (genom RNA untai tunggal positive-sense) dan genome nukleokapsid simetri heliks. Ukuran genom dari coronavirus berkisar sekitar 27-34 kilobase, yang dikenal terbesar di antara virus RNA.^[7] Nama coronavirus berasal dari bahasa Latin corona, yang berarti "mahkota" atau "halo", yang mengacu pada penampilan karakteristik partikel virus (virion), yaitu virion memiliki pinggiran yang mirip mahkota atau korona matahari.

PENEMUAN VIRUS

Coronavirus ditemukan pada 1960-an.^.[8] Coronavirus yang pertama kali ditemukan adalah virus infectious bronkhitis pada ayam dan dua virus dari rongga hidung pasien manusia penderita flu biasa yang kemudian dinamai human coronavirus 229E dan human coronavirus OC43.^[9]  Virus-virus lain dari Famili ini telah diidentifikasi, termasuk SARS-CoV pada 2003, HCoV NL63 pada 2004, HKU1 pada tahun 2005, MERS-CoV pada tahun 2012, dan SARS-CoV-2 (sebelumnya dikenal sebagai 2019-nCoV) pada tahun 2019; sebagian besar dari virus tersebut penyebab infeksi saluran pernapasan yang serius.

PENAMAAN DAN MORFOLOGI

Nama "coronavirus" berasal dari bahasa Latin corona dan bahasa Yunani κορώνη (korṓnē, "garland, wreath"), yang berarti mahkota atau lingkaran cahaya. Namanya mengacu pada penampilan karakteristik virion (bentuk infektif virus) dilihat dengan mikroskop elektron, yang memiliki pinggiran proyeksi permukaan yang besar dan bulat yang menghasilkan gambar yang mengingatkan pada mahkota atau korona matahari. Morfologi ini terbentuk dari peplomers spike (S) virus, merupakan protein pada permukaan virus yang menentukan tropisme inang. Protein yang berkontribusi pada struktur keseluruhan semua virus corona adalah spike (S), amplop (E), membran (M), dan nukleokapsid (N). Dalam kasus spesifik coronavirus SARS, domain pengikatan reseptor pada S memediasi perlekatan virus ke reseptor selulernya, angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2).^[10]  Beberapa coronavirus (khususnya anggota subkelompok A Betacoronavirus) juga memiliki protein mirip spike pendek yang disebut hemagglutinin esterase (HE).^[5]

REPLIKASI

Setelah masuk ke dalam sel inang, partikel virus tidak dilapisi, dan genomnya memasuki sitoplasma sel. ^[11] Genom RNA coronavirus memiliki 5′ methylated cap dan 3′ polyadenylated tail, yang memungkinkan RNA untuk melekat pada ribosom sel inang untuk translasi.^[12]   Genom Coronavirus juga menyandikan protein yang disebut RNA-dependent RNA polimerase (RdRp), yang memungkinkan genom virus ditranskripsi menjadi salinan RNA baru menggunakan mesin sel inang.  RdRp adalah protein pertama yang dibuat; setelah gen yang mengkode RdRp ditransmisikan, transkripsi dihentikan oleh stop kodon.  Ini dikenal sebagai nested transcript.  Ketika transkrip mRNA hanya mengkodekan satu gen disebut monocistronic.  Protein non-struktural coronavirus memberikan ketepatan ekstra untuk replikasi, karena mereka memberikan fungsi proofreading, yang kekurangan enzim RNA polimerase tergantung RNA saja.^[13] Genom direplikasi dan poliprotein panjang terbentuk, di mana semua protein melekat. Coronavirus memiliki protein non-struktural -protease- yang mampu membelah polyprotein.  Proses ini adalah bentuk ekonomi genetik, yang memungkinkan virus untuk mengkodekan jumlah gen terbanyak dengan menggunakan sejumlah kecil nukleotida. ^[14]

PENULARAN

Penularan coronavirus dari manusia ke manusia terutama diperkirakan terjadi di antara kontak dekat melalui tetesan pernapasan yang dihasilkan oleh bersin dan batuk. ^[15]

TAKSONOMI

Nama ilmiah untuk coronavirus adalah Orthocoronavirinae atau Coronavirinae. [2, 3, 4] Coronavirus milik Famili Coronaviridae.

Genus: Alphacoronavirus;

Spesies: Human coronavirus 229E, Human coronavirus NL63, Miniopterus bat coronavirus 1, Miniopterus bat coronavirus HKU8, Virus diare diare epidemi, bat coronavirus HKU2, bat Scotolilus HKU2, koreptor bat Scotophilus HKU2

Genus Betacoronavirus; Tipe spesies: Murine coronavirus

Spesies: Betacoronavirus 1, Human coronavirus HKU1, Murine coronavirus, Pipistrellus bat coronavirus HKU5, Rousettus bat coronavirus HKU9, Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus, Tylonycteris bat coronavirus HKU4, Middle East respiratory syndrome-related coronavirus, Human coronavirus OC43, Hedgehog coronavirus 1 (EriCoV)

Genus Gammacoronavirus; Tipe spesies: Infectious bronchitis virus

Spesies: Beluga whale coronavirus SW1, Infectious bronchitis virus

Genus Deltacoronavirus; Tipe spesies: Bulbul coronavirus HKU11

Spesies:Bulbul coronavirus HKU11, Porcine coronavirus HKU15.

EVOLUSI

Nenek moyang terbaru  atau most recent common ancestor (MRCA) dari semua coronavirus telah ditempatkan di sekitar 8000 SM.^[16] MRCA dari garis Alphacoronavirus telah ditempatkan pada sekitar 2400 SM, garis Betacoronavirus pada 3300 SM, garis Gammacoronavirus pada 2800 SM, dan garis Deltacoronavirus sekitar 3000 SM.  Tampaknya kelelawar dan burung, sebagai vertebrata terbang berdarah panas merupakan inang yang ideal untuk sumber gen coronavirus (dengan kelelawar untuk Alphacoronavirus dan Betacoronavirus, dan burung untuk Gammacoronavirus dan Deltacoronavirus) untuk memicu evolusi dan penyebaran virus coronavirus.^[17] Bovine coronavirus dan canine respiratory coronavirus menyimpang dari leluhur yang sama pada tahun 1951.^[18]  Bovine coronavirus dan human coronavirus OC43 menyimpang sekitar tahun 1890-an.  Bovine coronavirus menyimpang dari spesies quine coronavirus pada akhir abad ke-18. ^[19]  MRCA human coronavirus OC43 telah ada sejak tahun 1950-an.^[20]  MERS-CoV, meskipun terkait dengan beberapa spesies bat coronavirus, tampaknya telah menyimpang dari beberapa abad yang lalu.^[21]  Human coronavirus NL63 dan Bat coronavirus berbagi MRCA 563-822 tahun yang lalu.^[22]  Bat Coronavirus yang paling terkait erat dan SARS-CoV menyimpang pada tahun 1986.^[23]

Jalur evolusi virus SARS dan hubungan yang tajam dengan kelelawar telah diusulkan.^{[24, 25]}  Para penulis menyarankan bahwa coronavirus telah berdampingan dengan kelelawar dalam jangka waktu yang lama dan nenek moyang SARS-CoV pertama kali menginfeksi spesies genus Hipposideridae, kemudian menyebar ke spesies Rhinolophidae dan kemudian ke musang, dan akhirnya ke manusia.  Alpaca coronavirus dan human coronavirus 229E berbeda sebelum 1960.^[26]

CORONAVIRUS PADA MANUSIA

Coronavirus diyakini menyebabkan proporsi yang signifikan dari semua flu pada orang dewasa dan anak-anak.^[14]  Coronavirus menyebabkan flu dengan gejala utama, seperti demam dan sakit tenggorokan akibat pembengkakan kelenjar gondok, terutama di musim dingin dan awal musim semi.^[27]  Coronavirus dapat menyebabkan pneumonia- pneumonia virus langsung atau pneumonia bakteri sekunder-dan dapat menyebabkan bronkitis- bronkitis virus langsung atau bronkitis bakteri sekunder.^[28]  Coronavirus manusia yang banyak dipublikasikan ditemukan pada tahun 2003, SARS-CoV, yang menyebabkan Severe acute respiratory syndrome (SARS), memiliki patogenesis yang unik karena menyebabkan infeksi saluran pernapasan atas dan bawah.^[28]  Tidak ada vaksin atau obat antivirus untuk mencegah atau mengobati infeksi human coronavirus.^[29] Tujuh jenis human Coronavirus diketahui: (1) Human coronavirus 229E (HCoV-229E); (2) Human coronavirus OC43 (HCoV-OC43); (3) Severe acute respiratory syndrome (SARS-CoV); (4) Human coronavirus NL63 (HCoV-NL63, New Haven coronavirus); (5) Human coronavirus HKU1; (6) Middle East respiratory syndrome-related coronavirus  (MERS-CoV), yang sebelumnya dikenal sebagai novel coronavirus 2012 dan HCoV-EMC; (7) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), sebelumnya dikenal sebagai 2019-nCoV atau "novel coronavirus 2019"

Coronavirus HCoV-229E, -NL63, -OC43, dan -HKU1 terus beredar dalam populasi manusia dan menyebabkan infeksi pernafasan pada orang dewasa dan anak-anak di seluruh dunia. ^[30]

WABAH PENYAKIT TERKAIT CORONAVIRUS

      Wabah tipe coronavirus dengan mortalitas yang relatif tinggi adalah sebagai berikut:

Tahun	Wabah	Tipe Virus	Jumlah Kematian
2003	Wabah Severe acute respiratory syndrome	SARS-CoV	774 [31]
2012	Wabah Middle East respiratory syndrome coronavirus	MERS-CoV	400 lebih [32]
2015	Wabah Middle East respiratory syndrome coronavirus di Korea Selatan	MERS-CoV	36 [33]
2018	Wabah Middle East respiratory syndrome	MERS-CoV	41 [34]
2019-2020	Wabah COVID-19	SARS-CoV 2	Paling kecil 3.086 diedit [35]

Severe acute respiratory syndrome (SARS)

Pada tahun 2003, setelah berjangkitnya sindrom pernafasan akut yang parah (SARS) yang telah dimulai tahun sebelumnya di Asia, dan kasus sekunder di tempat lain di dunia, Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) mengeluarkan siaran pers yang menyatakan bahwa virus corona baru diidentifikasi oleh Jumlah laboratorium adalah agen penyebab SARS. Virus ini secara resmi bernama SARS coronavirus (SARS-CoV). Lebih dari 8.000 orang terinfeksi, sekitar 10% di antaranya meninggal.^[10]

Middle East respiratory syndrome (MERS)

Pada bulan September 2012, jenis baru coronavirus diidentifikasi, awalnya disebut Novel Coronavirus 2012, dan sekarang secara resmi bernama Middle East Respiratory Syndrome (MERS-CoV).^{[36, 37]} Organisasi Kesehatan Dunia mengeluarkan peringatan global segera setelah itu. ^[38] Pembaruan WHO pada 28 September 2012 menyatakan bahwa virus itu tampaknya tidak mudah menular dari orang ke orang.^[39] Namun, pada 12 Mei 2013, kasus penularan dari manusia ke manusia di Prancis dikonfirmasi oleh Kementerian Sosial dan Kesehatan Prancis. ^[40] Selain itu, kasus penularan dari manusia ke manusia dilaporkan oleh Kementerian Kesehatan di Tunisia. Dua kasus dikonfirmasi melibatkan orang-orang yang tampaknya telah menangkap penyakit dari almarhum ayah mereka, yang menjadi sakit setelah kunjungan ke Qatar dan Arab Saudi. Meskipun demikian, tampaknya virus tersebut memiliki masalah penyebaran dari manusia ke manusia, karena kebanyakan orang yang terinfeksi tidak menularkan virus.^[41] Pada 30 Oktober 2013, ada 124 kasus dan 52 kematian di Arab Saudi. ^[42]

Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)

Pada Desember 2019, wabah pneumonia dilaporkan di Wuhan, Cina. ^[47] Pada tanggal 31 Desember 2019, wabah itu ditelusuri ke jenis virus corona baru, ^[48] yang diberi nama sementara 2019-nCoV oleh Organisasi Kesehatan Dunia (WHO), ^{[49, 50, 51]} kemudian berganti nama menjadi SARS- CoV-2 oleh Komite Internasional tentang Taksonomi Virus. Beberapa peneliti telah menyarankan bahwa Pasar Makanan Laut Huanan mungkin bukan sumber asli penularan virus ke manusia. ^{[52, 53]}

Pada tanggal 27 Februari 2020, telah ada setidaknya 3.086 kematian yang dikonfirmasi dan lebih dari 89.769 kasus dikonfirmasi dalam wabah koronavirus pneumonia.^{[54, 55]} Strain Wuhan telah diidentifikasi sebagai strain baru Betacoronavirus dari grup 2B dengan ~ 70% kesamaan genetik dengan SARS-CoV.^[56] Virus ini memiliki kemiripan 96% dengan koronavirus kelelawar, sehingga diduga banyak berasal dari kelelawar juga. ^{[52, 57]}

Setelah Pusat Medis Erasmus Belanda mengurutkan virus, virus diberi nama baru, Human Coronavirus-Erasmus Medical Center (HCoV-EMC). Nama terakhir untuk virus ini adalah Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV). Pada Mei 2014, satu-satunya dua kasus infeksi MERS-CoV di Amerika Serikat yang dicatat, keduanya terjadi pada petugas layanan kesehatan yang bekerja di Arab Saudi dan kemudian melakukan perjalanan ke A.S. Satu dirawat di Indiana dan satu di Florida. Kedua individu ini dirawat di rumah sakit sementara dan kemudian dipulangkan.^[43]

Penyakit Coronavirus 2019 (COVID-19) pada Desember 2019, wabah pneumonia dilaporkan di Wuhan, Cina.^[46]  Pada tanggal 31 Desember 2019, wabah ini ditelusuri ke jenis virus corona baru,^[47] yang diberi nama sementara 2019-nCoV oleh Organisasi Kesehatan Dunia (WHO), ^{[48, 49, 50]} kemudian diganti nama menjadi SARS-CoV-2 oleh Komite Internasional tentang Taksonomi Virus.  Beberapa peneliti telah menyarankan bahwa Pasar Makanan Laut Huanan mungkin bukan sumber asli penularan virus ke manusia.^{[51, 52]}  Pada 27 Februari 2020, telah ada 2.810 kematian yang dikonfirmasi dan lebih dari 82.500 kasus yang dikonfirmasi dalam wabah Coronavirus pneumonia.^{[53, 54]}  Strain Wuhan telah diidentifikasi sebagai strain baru Betacoronavirus dari grup 2B dengan ~ 70% kesamaan genetik dengan SARS-CoV.^[55]  Virus ini memiliki kemiripan 96% dengan koronavirus kelelawar, sehingga diduga berasal dari kelelawar.^{[51, 56]}

Tabel 1. Karakteristik Pasien yang telah terinfeksi oleh

  SARS-CoV-2, MERS-CoV, dan SARS-CoV^[57]

	SARS-CoV-2[a]	MERS-CoV	SARS-CoV
Demografi
Tanggal Deteksi	Desember 2019	Juni 2012	November 2002
Tempat Deteksi	Wuhan, China	Jeddah, Saudi Arabia	Guangdong, China
Rata-rata Umur	49	56	39.9
Range Umur	21–76	14–94	1–91
Rasio laki perempuan	2.7:1	3.3:1	1:1.25
Kasus terkonfirmasi	80,423[b]	2494	8096
Case fatality rate	2,708[b] (3.4%)	858 (37%)	744 (10%)
Pekerja Perawat	16[c]	9.8%	23.1%
Gejala klinis
Demam	40 (98%)	98%	99–100%
Batuk kering	31 (76%)	47%	29–75%
Sesak napas	22 (55%)	72%	40–42%
Diare	1 (3%)	26%	20–25%
Tenggorakan kering	0	21%	13–25%
BantuanVentilatory	9.8%	80%	14–20%
Notes 1.       Gejala klinis berdasarkan pada 41 pasient pertama 2.        a b Data pada 25 February 2020. 3.       Data pada 21 Januari 2020; data lain s/d 21 Januari 2020.  Dipublikasikan pada  24 Januari 2020. ·         v.t.e

CORONAVIRUS PADA HEWAN LAIN

Coronavirus telah diakui sebagai penyebab kondisi patologis dalam kedokteran hewan sejak awal 1970-an.  Kecuali untuk Infeksi bronkitis unggas, penyakit-penyakit utama yang terkait utamanya adalah lokasi usus.^[58]

Penyebab Penyakit

Coronavirus terutama menginfeksi saluran pernapasan bagian atas dan saluran pencernaan mamalia dan burung. Mereka juga menyebabkan berbagai penyakit pada hewan ternak dan peliharaan peliharaan, beberapa di antaranya bisa serius dan merupakan ancaman bagi industri pertanian. Pada ayam, Infectious Bronchitis Virus (IBV), coronavirus, menargetkan tidak hanya saluran pernapasan tetapi juga saluran urogenital. Virus ini dapat menyebar ke berbagai organ di seluruh ayam. ^[59] Coronavirus yang signifikan secara ekonomi pada hewan ternak termasuk porcine coronavirus (transmissible gastroenteritis coronavirus, TGE) dan bovine coronavirus, yang keduanya mengakibatkan diare pada hewan muda. Feline coronavirus: dua bentuk, feline enteric coronavirus adalah patogen dengan signifikansi klinis kecil, tetapi mutasi spontan dari virus ini dapat mengakibatkan feline infectious peritonitis (FIP), penyakit yang berhubungan dengan kematian tinggi. 

Demikian pula, ada dua jenis coronavirus yang menginfeksi musang: Ferret enteric coronavirus menyebabkan sindrom gastrointestinal yang dikenal sebagai epizootic catarrhal enteritis (ECE), dan versi virus sistemik yang lebih mematikan (seperti FIP pada kucing) yang dikenal sebagai ferret systemic coronavirus (FSC ).^[60] Ada dua jenis canine coronavirus (CCoV), satu yang menyebabkan penyakit gastrointestinal ringan dan satu yang ditemukan menyebabkan penyakit pernapasan. Mouse hepatitis virus (MHV) adalah virus korona yang menyebabkan penyakit murine epidemi dengan mortalitas tinggi, terutama di antara koloni tikus laboratorium. ^[61] Sialodacryoadenitis virus (SDAV) adalah virus corona yang sangat menular dari tikus laboratorium, yang dapat ditularkan antara individu melalui kontak langsung dan tidak langsung dengan aerosol. Infeksi akut memiliki morbiditas dan tropisme yang tinggi untuk kelenjar liur, lachrymal, dan harderian. ^[62] Bat coronavirus virus terkait HKU2 yang disebut Swine acute diarrhea syndrome-coronavirus (SADS-CoV) menyebabkan diare pada babi. ^[63]

Sebelum penemuan SARS-CoV, Mouse hepatitis virus (MHV) telah menjadi coronavirus yang paling banyak dipelajari baik in vivo dan in vitro maupun di tingkat molekuler. Beberapa strain MHV menyebabkan ensefalitis demielinasi progresif pada tikus yang telah digunakan sebagai model murine untuk multiple sclerosis. Upaya penelitian yang signifikan telah difokuskan pada menjelaskan patogenesis virus dari coronavirus hewan ini, terutama oleh ahli virus yang tertarik pada penyakit hewan dan zoonosis. ^[64]

CORONAVIRUS PADA HEWAN TERNAK ATAU PELIHARAAN

1.        Infectious bronchitis virus (IBV) menyebabkan Infectious bronchitis pada unggas.

2.        Porcine coronavirus ((transmissible gastroenteritis coronavirus babi), TGEV). ^{[65, 66]}

3.        Bovine coronavirus (BCV), menyebabkan enteritis parah pada betis muda.

4.        Feline coronavirus (FCoV) menyebabkan enteritis ringan pada kucing dan juga peritonitis infeksi Feline yang parah (varian lain dari virus yang sama).

5.        Dua jenis Canine coronavirus (CCoV) (satu menyebabkan enteritis, yang lainnya ditemukan pada penyakit pernapasan).

6.        Turkey coronavirus (TCV) menyebabkan enteritis pada kalkun.

7.        Ferret enteric coronavirus menyebabkan enteritis catarrhal epizootik pada musang.

8.        Ferret systemic coronavirus menyebabkan FIP-like systemic syndrome pada musang. ^[67]

9.        Pantropic canine coronavirus.

10.    Rabbit enteric coronavirus menyebabkan penyakit gastrointestinal akut dan diare pada kelinci muda Eropa. Angka kematian tinggi. ^[68]

11.    Virus diare epidemi porcine (PED atau PEDV), telah tersebar di seluruh dunia. ^[69]

CIS-ACTING GENOME

Sama dengan genom semua virus RNA lainnya, genom coronavirus mengandung cis-acting elemen RNA yang memastikan replikasi spesifik RNA virus oleh RNA polimerase dependen RNA yang dikodekan oleh virus. Unsur-unsur cis yang tertanam yang dikhususkan untuk replikasi coronavirus merupakan sebagian kecil dari total genom, tetapi ini dianggap sebagai cerminan dari fakta bahwa coronavirus memiliki genom terbesar dari semua virus RNA.  Batas-batas elemen cis-akting yang penting untuk replikasi didefinisikan dengan cukup baik, dan gambaran yang semakin terselesaikan dengan baik dari struktur sekunder RNA di wilayah ini muncul.  Namun, kita hanya berada pada tahap awal pemahaman bagaimana struktur dan sekuens cis-aksi ini berinteraksi dengan komponen sel replikasi dan sel inang virus, dan masih banyak yang harus dilakukan sebelum kita memahami peran mekanisme yang tepat dari unsur-unsur tersebut dalam sintesis RNA.^[70][5]

PERAKITAN PARTIKEL VIRUS

Perakitan partikel virus korona yang menular membutuhkan pemilihan RNA genomik virus dari kumpulan sel yang mengandung RNA non-viral dan viral berlebih secara berlebihan. Di antara tujuh hingga sepuluh mRNA virus spesifik yang disintesis dalam sel yang terinfeksi virus, hanya RNA genom lengkap yang dikemas secara efisien menjadi partikel-partikel coronavirus. Penelitian telah mengungkapkan unsur-unsur cis-acting dan faktor-faktor virus trans-acting yang terlibat dalam enkapsulasi dan kemasan genom coronavirus. Memahami mekanisme molekuler pemilihan dan pengemasan genom sangat penting untuk pengembangan strategi antivirus dan vektor ekspresi virus berdasarkan genom coronavirus. ^{[70, 5]}

DAFTAR PUSTAKA

1.        "Virus Taxonomy: 2018b Release". International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). March 2019. Archived from the original on 4 March 2018. Retrieved 24 January 2020.

2.        Jump up to:^a b "2017.012-015S" (xlsx). International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). October 2018. Archived from the original on 14 May 2019. Retrieved 24 January 2020.

3.        Jump up to:^a b "ICTV Taxonomy history: Orthocoronavirinae". International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). Retrieved 24 January2020.

4.        Jump up to:^a b Fan Y, Zhao K, Shi ZL, Zhou P (March 2019). "Bat Coronaviruses in China". Viruses. 11 (3): 210. doi:10.3390/v11030210. PMC 6466186. PMID 30832341.

5.        Jump up to:^a b c d de Groot RJ, Baker SC, Baric R, Enjuanes L, Gorbalenya AE, Holmes KV, Perlman S, Poon L, Rottier PJ, Talbot PJ, Woo PC, Ziebuhr J (2011). "Family Coronaviridae". In King AM, Lefkowitz E, Adams MJ, Carstens EB, International Committee on Taxonomy of Viruses, International Union of Microbiological Societies. Virology Division (eds.). Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. Oxford: Elsevier. pp. 806–828. ISBN 978-0-12-384684-6.

6.        International Committee on Taxonomy of Viruses (24 August 2010). "ICTV Master Species List 2009 – v10" (xls).

7.        Sexton NR, Smith EC, Blanc H, Vignuzzi M, Peersen OB, Denison MR (August 2016). "Homology-Based Identification of a Mutation in the Coronavirus RNA-Dependent RNA Polymerase That Confers Resistance to Multiple Mutagens". Journal of Virology. 90 (16): 7415–7428. doi:10.1128/JVI.00080-16. PMC 4984655. PMID 27279608. CoVs also have the largest known RNA virus genomes, ranging from 27 to 34 kb (31, 32), and increased fidelity in CoVs is likely required for the maintenance of these large genomes (14).

8.        "Coronavirus: Common Symptoms, Preventive Measures, & How to Diagnose It". Caringly Yours. 28 January 2020. Retrieved 28 January 2020.

9.        Geller C, Varbanov M, Duval RE (November 2012). "Human coronaviruses: insights into environmental resistance and its influence on the development of new antiseptic strategies". Viruses. 4 (11): 3044–68. doi:10.3390/v4113044. PMC 3509683. PMID 23202515.

10.    Jump up to:^a b Li F, Li W, Farzan M, Harrison SC (September 2005). "Structure of SARS coronavirus spike receptor-binding domain complexed with receptor". Science. 309 (5742): 1864–8. Bibcode:2005Sci...309.1864L. doi:10.1126/science.1116480. PMID 16166518.

11.    Fehr AR, Perlman S (2015), Maier HJ, Bickerton E, Britton P (eds.), "Coronaviruses: An Overview of Their Replication and Pathogenesis; Section 4.1 Attachment and Entry", Coronaviruses: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology, Springer, 1282, pp. 1–23, doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1, ISBN 978-1-4939-2438-7, PMC 4369385, PMID 25720466

12.    Fehr AR, Perlman S (2015), Maier HJ, Bickerton E, Britton P (eds.), "Coronaviruses: An Overview of Their Replication and Pathogenesis; Section 2 Genomic Organization", Coronaviruses: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology, Springer, pp. 1–23, doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1, ISBN 978-1-4939-2438-7, PMC 4369385, PMID 25720466

13.    Sexton NR, Smith EC, Blanc H, Vignuzzi M, Peersen OB, Denison MR (August 2016). "Homology-Based Identification of a Mutation in the Coronavirus RNA-Dependent RNA Polymerase That Confers Resistance to Multiple Mutagens". Journal of Virology. 90 (16): 7415–7428. doi:10.1128/JVI.00080-16. PMC 4984655. PMID 27279608. Finally, these results, combined with those from previous work (33, 44), suggest that CoVs encode at least three proteins involved in fidelity (nsp12-RdRp, nsp14-ExoN, and nsp10), supporting the assembly of a multiprotein replicase-fidelity complex, as described previously (38).

14.    Jump up to:^a b Fehr AR, Perlman S (2015). "Coronaviruses: an overview of their replication and pathogenesis". Methods in Molecular Biology. 1282: 1–23. doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1. ISBN 978-1-4939-2437-0. PMC 4369385. PMID 25720466.

15.    "Transmission of Novel Coronavirus (2019-nCoV) | CDC". www.cdc.gov. 31 January 2020. Retrieved 1 February 2020.

16.    Wertheim JO, Chu DK, Peiris JS, Kosakovsky Pond SL, Poon LL (June 2013). "A case for the ancient origin of coronaviruses". Journal of Virology. 87 (12): 7039–45. doi:10.1128/JVI.03273-12. PMC 3676139. PMID 23596293.

17.    Woo PC, Lau SK, Lam CS, Lau CC, Tsang AK, Lau JH, et al. (April 2012). "Discovery of seven novel Mammalian and avian coronaviruses in the genus deltacoronavirus supports bat coronaviruses as the gene source of alphacoronavirus and betacoronavirus and avian coronaviruses as the gene source of gammacoronavirus and deltacoronavirus". Journal of Virology. 86 (7): 3995–4008. doi:10.1128/JVI.06540-11. PMC 3302495. PMID 22278237.

18.    Bidokhti MR, Tråvén M, Krishna NK, Munir M, Belák S, Alenius S, Cortey M (September 2013). "Evolutionary dynamics of bovine coronaviruses: natural selection pattern of the spike gene implies adaptive evolution of the strains". The Journal of General Virology. 94 (Pt 9): 2036–49. doi:10.1099/vir.0.054940-0. PMID 23804565.

19.    Vijgen L, Keyaerts E, Moës E, Thoelen I, Wollants E, Lemey P, et al. (February 2005). "Complete genomic sequence of human coronavirus OC43: molecular clock analysis suggests a relatively recent zoonotic coronavirus transmission event". Journal of Virology. 79 (3): 1595–604. doi:10.1128/jvi.79.3.1595-1604.2005. PMC 544107. PMID 15650185.

20.    Lau SK, Lee P, Tsang AK, Yip CC, Tse H, Lee RA, et al. (November 2011). "Molecular epidemiology of human coronavirus OC43 reveals evolution of different genotypes over time and recent emergence of a novel genotype due to natural recombination". Journal of Virology. 85 (21): 11325–37. doi:10.1128/JVI.05512-11. PMC 3194943. PMID 21849456.

21.    Lau SK, Li KS, Tsang AK, Lam CS, Ahmed S, Chen H, et al. (August 2013). "Genetic characterization of Betacoronavirus lineage C viruses in bats reveals marked sequence divergence in the spike protein of pipistrellus bat coronavirus HKU5 in Japanese pipistrelle: implications for the origin of the novel Middle East respiratory syndrome coronavirus". Journal of Virology. 87 (15): 8638–50. doi:10.1128/JVI.01055-13. PMC 3719811. PMID 23720729.

22.    Huynh J, Li S, Yount B, Smith A, Sturges L, Olsen JC, et al. (December 2012). "Evidence supporting a zoonotic origin of human coronavirus strain NL63". Journal of Virology. 86 (23): 12816–25. doi:10.1128/JVI.00906-12. PMC 3497669. PMID 22993147.

23.    Vijaykrishna D, Smith GJ, Zhang JX, Peiris JS, Chen H, Guan Y (April 2007). "Evolutionary insights into the ecology of coronaviruses". Journal of Virology. 81 (8): 4012–20. doi:10.1128/jvi.02605-06. PMC 1866124. PMID 17267506.

24.    Gouilh, Meriadeg Ar; Puechmaille, Sébastien J.; Gonzalez, Jean-Paul; Teeling, Emma; Kittayapong, Pattamaporn; Manuguerra, Jean-Claude (1 October 2011). "SARS-Coronavirus ancestor's foot-prints in South-East Asian bat colonies and the refuge theory". Infection, Genetics and Evolution. 11 (7): 1690–1702. doi:10.1016/j.meegid.2011.06.021. ISSN 1567-1348. https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1567134811002346?via%3Dihub

25.    Cui J, Han N, Streicker D, Li G, Tang X, Shi Z, et al. (October 2007). "Evolutionary relationships between bat coronaviruses and their hosts". Emerging Infectious Diseases. 13 (10): 1526–32. doi:10.3201/eid1310.070448. PMC 2851503. PMID 18258002.

26.    Crossley BM, Mock RE, Callison SA, Hietala SK (December 2012). "Identification and characterization of a novel alpaca respiratory coronavirus most closely related to the human coronavirus 229E". Viruses. 4 (12): 3689–700. doi:10.3390/v4123689. PMC 3528286. PMID 23235471.

27.    Liu P, Shi L, Zhang W, He J, Liu C, Zhao C, et al. (November 2017). "Prevalence and genetic diversity analysis of human coronaviruses among cross-border children". Virology Journal. 14 (1): 230. doi:10.1186/s12985-017-0896-0. PMC 5700739. PMID 29166910.

28.    Jump up to:^a b Forgie S, Marrie TJ (February 2009). "Healthcare-associated atypical pneumonia". Seminars in Respiratory and Critical Care Medicine. 30 (1): 67–85. doi:10.1055/s-0028-1119811. PMID 19199189.

29.    Habibzadeh P, Stoneman EK (February 2020). "The Novel Coronavirus: A Bird's Eye View". The International Journal of Occupational and Environmental Medicine. 11 (2): 65–71. doi:10.15171/ijoem.2020.1921. PMID 32020915.

30.    Corman VM, Muth D, Niemeyer D, Drosten C (2018). "Hosts and Sources of Endemic Human Coronaviruses". Advances in Virus Research. 100: 163–188. doi:10.1016/bs.aivir.2018.01.001. ISBN 978-0-12-815201-0. PMID 29551135.

31.    Smith RD (December 2006). "Responding to global infectious disease outbreaks: lessons from SARS on the role of risk perception, communication and management". Social Science & Medicine. 63 (12): 3113–23. doi:10.1016/j.socscimed.2006.08.004. PMID 16978751.

32.    "Case‐control study to assess potential risk factors related to human illness caused by the Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV)" (PDF). World Health Organization. 28 March 2014. Retrieved 24 April 2014.

33.    "Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV) – Republic of Korea". World Health Organization. Retrieved 1 December 2016.

34.    Pandemic Epidemic Diseases news: Infectious disease outbreaks reported in the Eastern Mediterranean region in 2018Between 12 January through 31 May 2018, the National IHR Focal Point of The Kingdom of Saudi Arabia reported 75 laboratory confirmed cases of Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS_CoV), including twenty-three (23) deaths. Date www.emro.who.int, accessed 29 January 2020

35.    "Tracking coronavirus: Map, data and timeline". BNO News. 10 February 2020. Archived from the original on 28 January 2020. Retrieved 10 February 2020.

36.    Doucleef M (26 September 2012). "Scientists Go Deep On Genes Of SARS-Like Virus". Associated Press. Archived from the original on 27 September 2012. Retrieved 27 September 2012.

37.    Falco M (24 September 2012). "New SARS-like virus poses medical mystery". CNN Health. Archived from the original on 1 November 2013. Retrieved 16 March 2013.

38.    "New SARS-like virus found in Middle East". Al-Jazeera. 24 September 2012. Archived from the original on 9 March 2013. Retrieved 16 March 2013.

39.    Kelland K (28 September 2012). "New virus not spreading easily between people: WHO". Reuters. Archived from the original on 24 November 2012. Retrieved 16 March 2013.

40.    Nouveau coronavirus – Point de situation : Un nouveau cas d’infection confirmé Archived 8 June 2013 at the Wayback Machine (Novel coronavirus – Status report: A new case of confirmed infection) 12 May 2013, social-sante.gouv.fr

41.    CDC (2 August 2019). "MERS Transmission". Centers for Disease Control and Prevention. Archived from the original on 7 December 2019. Retrieved 10 December 2019.

42.    "Novel coronavirus infection – update". World Health Association. 22 May 2013. Archived from the original on 7 June 2013. Retrieved 23 May 2013.

43.    CDC (2 August 2019). "MERS in the U.S." Centers for Disease Control and Prevention. Archived from the original on 15 December 2019. Retrieved 10 December 2019.

44.    Sang-Hun C (8 June 2015). "MERS Virus's Path: One Man, Many South Korean Hospitals". The New York Times. Archived from the original on 15 July 2017. Retrieved 1 March2017.

45.    "Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV)". WHO. Archived from the original on 18 October 2019. Retrieved 10 December 2019.

46.    Wang, Chen; Horby, Peter W.; Hayden, Frederick G.; Gao, George F. (24 January 2020). "A novel coronavirus outbreak of global health concern". The Lancet. doi:10.1016/S0140-6736(20)30185-9.

47.    The Editorial Board (29 January 2020). "Is the World Ready for the Coronavirus? - Distrust in science and institutions could be a major problem if the outbreak worsens". The New York Times. Retrieved 30 January 2020.

48.    "WHO Statement Regarding Cluster of Pneumonia Cases in Wuhan, China". www.who.int. 9 January 2020. Archived from the original on 14 January 2020. Retrieved 10 January 2020.

49.    "Laboratory testing of human suspected cases of novel coronavirus (nCoV) infection. Interim guidance, 10 January 2020" (PDF). Archived (PDF) from the original on 20 January 2020. Retrieved 14 January 2020.

50.    "Novel Coronavirus 2019, Wuhan, China | CDC". www.cdc.gov. 23 January 2020. Archived from the original on 20 January 2020. Retrieved 23 January 2020.

51.    "2019 Novel Coronavirus infection (Wuhan, China): Outbreak update". Canada.ca. 21 January 2020.

52.    Jump up to:^a b Cohen J (26 January 2020). "Wuhan seafood market may not be source of novel virus spreading globally". ScienceMagAmerican Association for the Advancement of Science. (AAAS). Archived from the original on 27 January 2020. Retrieved 29 January 2020.

53.    Eschner K (28 January 2020). "We're still not sure where the COVID-19 really came from". Popular Science. Archived from the original on 29 January 2020. Retrieved 30 January 2020.

54.    "Operations Dashboard for ArcGIS". gisanddata.maps.arcgis.com. The Center for Systems Science and Engineering (CSSE) is a research collective housed within the Department of Civil and Systems Engineering (CaSE) at Johns Hopkins University (JHU). 28 January 2020. Archived from the original on 28 January 2020. Retrieved 3 February 2020.

55.    "Coronavirus Toll Update: Cases & Deaths by Country of Wuhan, China Virus - Worldometer". www.worldometers.info. Archived from the original on 2 February 2020. Retrieved 2 February 2020.

56.    "ClinicalKey". www.clinicalkey.com. Archived from the original on 25 April 2013. Retrieved 23 January 2020.

57.    Eschner K (28 January 2020). "We're still not sure where the COVID-19 really came from". Popular Science. Archived from the original on 29 January 2020. Retrieved 30 January 2020.

58.    Murphy, FA; Gibbs, EPJ; Horzinek, MC; Studdart MJ (1999). Veterinary Virology. Boston: Academic Press. pp. 495–508. ISBN 978-0-12-511340-3.

59.    Bande F, Arshad SS, Bejo MH, Moeini H, Omar AR (2015). "Progress and challenges toward the development of vaccines against avian infectious bronchitis". Journal of Immunology Research. 2015: 424860. doi:10.1155/2015/424860. PMC 4411447. PMID 25954763.

60.    Murray J (16 April 2014). "What's New With Ferret FIP-like Disease?" (xls). Archived from the original on 24 April 2014. Retrieved 24 April 2014.

61.    Weiss SR, Navas-Martin S (December 2005). "Coronavirus pathogenesis and the emerging pathogen severe acute respiratory syndrome coronavirus". Microbiology and Molecular Biology Reviews. 69 (4): 635–64. doi:10.1128/MMBR.69.4.635-664.2005. PMC 1306801. PMID 16339739.

62.    "Rat Coronavirus - an overview | ScienceDirect Topics". www.sciencedirect.com.

63.    Zhou P, Fan H, Lan T, Yang XL, Shi WF, Zhang W, et al. (April 2018). "Fatal swine acute diarrhoea syndrome caused by an HKU2-related coronavirus of bat origin". Nature. 556 (7700): 255–258. Bibcode:2018Natur.556..255Z. doi:10.1038/s41586-018-0010-9. PMID 29618817.

64.    Tirotta E, Carbajal KS, Schaumburg CS, Whitman L, Lane TE (July 2010). "Cell replacement therapies to promote remyelination in a viral model of demyelination". Journal of Neuroimmunology. 224 (1–2):101–7. doi:10.1016/j.jneuroim.2010.05.013. PMC 2919340. PMID 20627412.

65.    Cruz JL, Sola I, Becares M, Alberca B, Plana J, Enjuanes L, Zuñiga S (June 2011). "Coronavirus gene 7 counteracts host defenses and modulates virus virulence". PLoS Pathogens. 7(6): e1002090. doi:10.1371/journal.ppat.1002090. PMC 3111541. PMID 21695242.

66.    Cruz JL, Becares M, Sola I, Oliveros JC, Enjuanes L, Zúñiga S (September 2013). "Alphacoronavirus protein 7 modulates host innate immune response". Journal of Virology. 87 (17): 9754–67. doi:10.1128/JVI.01032-13. PMC 3754097. PMID 23824792.

67.    "Merck Veterinary Manual". Merck Veterinary Manual. Archived from the original on 13 December 2019. Retrieved 24 January 2020.

68.    "Enteric Coronavirus". Diseases of Research Animals. Archived from the original on 1 July 2019. Retrieved 24 January2020.

69.    Wei X, She G, Wu T, Xue C, Cao Y (February 2020). "PEDV enters cells through clathrin-, caveolae-, and lipid raft-mediated endocytosis and traffics via the endo-/lysosome pathway". Veterinary Research. 51 (1): 10. doi:10.1186/s13567-020-0739-7. PMC 7011528 Check |pmc= value (help). PMID 32041637.

70.    Jump up to:^a b Thiel V (editor). (2007). Coronaviruses: Molecular and Cellular Biology (1st ed.). Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-16-5.