Penyakit Genetik pada Anjing dan Kucing

Ciri khas penyakit genetik adalah kita mampu untuk memprediksinya. Hal ini memungkinkan kita untuk mengontrol penyebaran gen yang rusak melalui pemuliaan yang diinformasikan. Hal ini juga memungkinkan kita untuk campur tangan pada anjing peliharaan dan pembiakan sebelum serangannya; memungkinkan kami untuk mencegah atau mengurangi dampaknya. Saat menangani penyakit genetik, kita perlu memahami kemungkinan variasi fenotipe yang terkena, dan bagaimana mengidentifikasi pembawa yang tidak terpengaruh dan individu yang terkena sub-klinis. Berikut ini adalah kelainan genetik yang paling umum:

 

GANGGUAN GENETIK ANJING

 

Kanker: Insiden kanker yang berhubungan dengan keluarga atau ras sedang diteliti pada beberapa ras. Ini termasuk kelainan umum limfoma, osteosarkoma, hemangiosarkoma, melanoma, dan kanker sel mast. Penelitiannya berfokus pada mutasi bawaan dalam sel penekan tumor (yang bertindak untuk mencegah kanker), atau onkogen (yang mendorong kanker). Pada banyak kanker, pengujian genetik dari sel (dari biopsi atau pengangkatan) dapat memungkinkan indikasi prognostik yang lebih akurat, serta menentukan apakah terapi obat tertentu mungkin lebih tepat daripada yang lain. Panel penanda khusus untuk tumor sel mast kini telah dikembangkan. Penanda genetik untuk membedakan limfosarkoma yang mungkin lebih resisten terhadap remisi berkepanjangan juga sedang diteliti.

 

Osteosarcoma paling umum pada ras Great Danes, Saint Bernards, Doberman Pinchers, dan Labradors. Kanker kulit dan jaringan lunak paling umum ditemukan di Saint Bernards, Bassett Hounds, German Shepherds, Golden Retriever, English Setter, Great Danes, Pointers, dan Flat-Coated Retriever. 

Tumor payudara paling banyak ditemukan pada ras Pointers, Poodle, Pulik, Cocker Spaniels, German Shorthaired Pointers, dan Boston Terrier. Melanoma paling banyak ditemukan di Scottish Terrier, German Shorthaired Pointers, Cocker Spaniels, Pointers, Weirmeraners, Golden Retriever, dan Boxers. 

Histiositosis ganas terjadi pada anjing Flat Coated Retriever dan Bernese Mountain. Kanker perut terjadi dengan frekuensi tinggi pada ras Chow. 

Risiko kanker yang berkurang secara keseluruhan ditemukan pada Dachshunds dan Beagle.

 

Atrofi Retinal Progresif (PRA): Ada beberapa PRA turunan yang teridentifikasi pada anjing. Yang paling umum adalah degenerasi kerucut batang progresif resesif autosomal lambat onset. Mutasi yang menyebabkan penyakit ini terjadi jauh sebelum diferensiasi banyak bangsa anjing sehingga tersebar terdapat banyak bangsa anjing. Perusahaan pengujian genetik Optigen (www.optigen.com) menawarkan tes genetik ini, dan kelainan PRA spesifik berkembang biak lainnya. Berikut ini adalah frekuensi uji untuk prcd-PRA (% terpengaruh /% pembawa): Anjing American Eskimo (13% / 57%), Anjing Australian Cattle (18% / 49%), Chesapeake Bay Retriever (4% / 30%), Cocker Spaniel Inggris (11% / 45%), Anjing Gunung Entlebucher (15% / 50%), Labrador Retriever (3% / 20%), Nova Scotia Duck Trolling Retriever (6% / 46%), Pudel - Miniatur ( 3% / 28%), Pudel - Mainan (5% / 29%), dan Anjing Air Portugis (4% / 35%). Ada juga beberapa gangguan autosomal resesif, dominan autosomal, dan kelainan PRA terkait-X yang diidentifikasi dengan tes genetik yang tersedia pada ras anjing.

 

Epilepsi herediter terjadi pada banyak ras, dan mewakili berbagai kelompok kondisi kejang berulang. Tidak ada tes yang tersedia untuk mendiagnosis epilepsi herediter. Saat mendiagnosis epilepsi, gangguan kejang non-keturunan lainnya harus disingkirkan.

 

Timbulnya epilepsi herediter dapat terjadi pada neonatal, remaja, atau dewasa, meskipun kebanyakan anjing mengalami kejang pertama setelah ulang tahun pertama mereka. Meskipun sebagian besar epilepsi herediter menyebabkan episode kejang berulang sepanjang hidup, beberapa hanya dapat menyebabkan satu atau dua kejang, dan tidak pernah terjadi lagi. Epilepsi herediter dapat digeneralisasikan (grand-mal), atau terlokalisasi (petit-mal) yang hanya menyebabkan mata terbelalak, "menggigit-gigit", atau "tremor". Banyak anjing hanya mengalami kejang tunggal pada satu waktu. Anjing lain dapat kejang cluster, atau memiliki status epileptikus.

 

Anjing epilepsi dalam keluarga cenderung memiliki kesamaan pada usia terkena, jenis kejang (tunggal atau berkelompok), perkembangan, dan respons terhadap obat antikonvulsan. Hal tersebut secara bersama-sama dianggap sebagai fenotipe (apa yang Anda amati) dari epilepsi. Telah dipercaya bahwa semua anjing dalam ras dengan fenotipe yang sama memiliki epilepsi karena penyebab genetik yang sama. Pada beberapa ras, anjing yang terkena dampak dengan fenotipe berbeda mungkin mewakili dua penyebab genetik yang berbeda, atau cacat genetik yang sama dengan faktor pengubah lain yang tidak diketahui (genetik atau lingkungan). Dr. Anita Oberbauer dan Dr. Thomas Famula dari University of California di Davis telah menemukan heritabilitas epilepsi sebesar 77% di Belgian Tervuren. Penelitian mereka menunjukkan bahwa sementara mode pewarisan gen tunggal Mendel yang sederhana tidak mungkin; tampaknya ada satu gen kerentanan epilepsi utama yang bekerja pada keturunan ini. Banyaknya anjing kawin silang dengan epilepsi menunjukkan bahwa cara pewarisan yang dominan atau kompleks juga dimungkinkan.

 

Displasia Pinggul: Gangguan malformasi dan kelemahan sendi panggul ini terjadi pada semua ras. Dari semua anjing dengan radiograf yang dikirimkan ke Yayasan Ortopedi untuk Hewan (www.offa.org), 14,59% dinilai sebagai displastik, dan ini mungkin merupakan perkiraan rendah karena pra-skrining. Bangsa anjing dengan frekuensi tertinggi adalah; Bulldog (73,6%), Pug (61,7%), Otterhound (50,6%), Neopolitan Mastiff (48,5%), dan St. Bernard (46,7%). Peternak harus menggunakan keluasan dan kedalaman normalitas silsilah untuk memilih terhadap gangguan ini.

 

Hipotiroidisme: Hipotiroidisme disebabkan oleh tiroiditis autoimun; kelainan autoimun bawaan di mana kelenjar tiroid dihancurkan oleh autoantibodi. Untuk mendiagnosis penyakit ini, Anda harus mengidentifikasi autoantibodi. Profil tiroid adalah potret dari gambar bergerak kesehatan tiroid seekor anjing. Anjing yang terkena akan mulai menghasilkan autoantibodi tiroid biasanya antara usia 1 dan 3 tahun. Kadar hormon tiroid dan akibatnya kadar TSH akan tetap dalam kisaran normal sampai sebagian besar kelenjar tiroid hancur. Begitu kelenjar hancur dan kadar tiroid turun, stimulus antigenik untuk menghasilkan autoantibodi hilang, dan kadar ini kembali normal. Hewan ini mengalami hipotiroidisme tahap akhir - T4 rendah, TSH tinggi, dan tidak ada autoantibodi. Hipotiroidisme sekunder dapat disebabkan oleh penyakit menular, neoplastik, endokrin, atau penyakit lainnya. Karena kurangnya autoantibodi pada tahap akhir, diagnosis tiroiditis autoimun harus dibuat selama penghancuran kekebalan kelenjar tiroid. Profil tiroid termasuk autoantibodi yang berjalan pada usia 2 dan 4 tahun akan mengidentifikasi anjing yang paling terpengaruh. Dari semua tiroid anjing yang diuji oleh laboratorium endokrinologi Universitas Negeri Michigan, 9,84% dinyatakan positif untuk autoantibodi tiroglobulin. Bangsa anjing dengan persentase tertinggi adalah; English Setter (33.5%), Polish Lowland Sheepdog (30.7%), Havanese (25.6%), Old English Sheepdog (22.8%), and Boxer (19.7%). Untuk anjing ras campuran, 11,5% dari 49.126 anjing dinyatakan positif mengidap autoantibodi tiroid.

 

Anomali Jantung Bawaan: Beberapa ras anjing dan kucing memiliki kelainan jantung bawaan. Ini termasuk patent ductus arteriosus (PDA), stenosis aorta, defek septum ventrikel, dan stenosis ventrikel. Masalah dalam mengelola gangguan ini termasuk diagnosa yang tidak terjawab pada hewan yang terkena subklinis, dan tidak memanfaatkan silsilah yang luas dalam konseling breeder. Jika seorang peternak khawatir tentang membawa gen untuk kelainan tersebut, semua hewan terkait harus diskrining dengan ekokardiografi Doppler. Ini termasuk saudara kandung dan pengembangbiakan. Saat mengelola PDA, kita harus mengenali bahwa ekspresi sifat poligenik ini mencakup divertikulum duktus. Telah terbukti bahwa anjing dengan divertikulum duktus memiliki peluang lebih besar untuk menghasilkan keturunan dengan PDA daripada hewan yang terkena PDA.

 

Individu yang terkena subklinis juga dapat diidentifikasi dengan stenosis aorta, dan gangguan jantung bawaan lainnya. Individu yang tidak terpengaruh secara klinis ini dapat didiagnosis dengan USG, dan harus dianggap terpengaruh secara genetik. Skrining harus dilakukan pada semua orangtuanya, saudara kandung, dan saudara kandung penuh dari orangtuanya untuk mengidentifikasi arah dan tingkat risiko dalam silsilah tersebut.

 

Penyakit Kulit Atopik / Alergi: Heritabilitas penyakit atopik di Labrador dan Golden Retriever diperkirakan 47%, yang lebih tinggi dari banyak kelainan bawaan poligenik, termasuk displasia pinggul. Bangsa anjing dengan insiden penyakit kulit atopik tertinggi adalah; West Highland White Terrier, Cairn Terrier, Setter Inggris, Setter Irlandia, dan Dalmatian.

 

Patella Luxation: Gangguan ini lebih sering terjadi pada ras bertubuh kecil. Namun, karena banyak dari anjing kecil ini tidak mengalami artritis yang signifikan dan ketidaknyamanan dari kondisi tersebut, banyak peternak tidak melacak gangguan tersebut atau meneruskan hasil evaluasi patela ke OFA. Database OFA patella melaporkan rata-rata 5,55% anjing yang dikirim dengan keseleo patela. Bangsa anjing dengan insiden tertinggi adalah Pomeranian (47,9%), Chow Chow (29,5%), dan Cocker Spaniel (27,2%).

 

Displasia Siku: Gangguan ini secara klasik didefinisikan sebagai salah satu dari tiga gangguan; proses anconeal yang tidak bersatu, proses koronoid yang retak, atau osteochondritis dessicans pada sendi siku. Penelitian yang lebih baru menunjukkan bahwa displasia siku sebenarnya mungkin merupakan gangguan pertumbuhan radius dan ulna yang tidak terkoordinasi.  Ketika radius tumbuh lebih panjang dari yang diperbolehkan ulna, hal itu menyebabkan ketidaksesuaian sendi siku. Jari-jari mendorong kondilus humerus ke dalam proses anconeal, mencegah osifikasi normalnya ke ulna. Dari semua anjing dengan radiografi yang diserahkan ke Yayasan Ortopedi untuk Hewan, 15,42% dinilai dengan displasia siku. Lebih dari 70% anjing ini menderita displasia siku Tingkat I, yang merupakan diagnosis radiografik yang tidak akan pernah menyebabkan penyakit klinis. Namun, setiap kali anjing dengan displasia siku Tingkat II atau III diidentifikasi, kita biasanya menemukan beberapa kerabat dekat dengan displasia siku Tingkat I.

 

Dilatasi Lambung / Volvulus (Bloat): Kembung terjadi terutama pada ras besar dan raksasa. Dr. Larry Glickman dari Purdue University melakukan survei epidemiologi, dan menemukan bahwa Great Dane memiliki risiko rata-rata seumur hidup tertinggi untuk episode kembung sebesar 42,4%. Trah lain dengan risiko lebih tinggi dari rata-rata termasuk Bloodhound, Irish Wolfhound, Irish Setter, Akita, Poodle standar, Anjing Gembala Jerman, dan Boxer.

 

Anjing dengan risiko paling besar mengalami kembung memiliki satu atau beberapa hal berikut: Rasio kedalaman dan lebar dada yang dapat diukur, kurus versus kelebihan berat badan, makan cepat, memiliki kepribadian yang gugup atau agresif, atau makan satu porsi besar per hari. makanan anjing yang kering.

 

Anjing tidak mewarisi kembung; mereka mewarisi kecenderungan untuk kondisi tersebut. Mungkin alat selektif terbaik melawan pembengkakan adalah rasio kedalaman dada dan lebar dada. Anjing yang memiliki rasio lebih rendah dan teman sekandangnya tidak kembung adalah kandidat terbaik untuk dikembang-biakan. Jika calon anjing pembiakan dibandingkan, dan peternak memilih anjing dengan rasio tinggi, prevalensi kembung akan berkurang. Peternak harus menggunakan seleksi untuk gangguan yang dikendalikan secara poligenik.

 

Penyakit von Willebrand (vWD): Autosomal recessive vWD adalah kelainan perdarahan herediter anjing yang paling umum, dan telah dilaporkan pada lebih dari 50 ras anjing yang berbeda. Pemeriksaan darah untuk faktor vWD menunjukkan bahwa kelainan ini paling banyak ditemukan pada jenis Corgi, Doberman Pinscher, Anjing Gembala Jerman, Pointer German Shorthaired, Golden Retriever, Shetland Sheepdog, dan Standard Poodle. Perusahaan pengujian genetik VetGen (www.vetgen.com) telah mengembangkan tes genetik untuk beberapa ras, yang memungkinkan diagnosis anjing yang terpengaruh, pembawa, dan normal. VetGen mencantumkan frekuensi berikut dari anjing yang terkena dan pembawa dari ras yang diuji (% terpengaruh /% pembawa): Anjing Gunung Bernese (1% / 16%), Doberman (26% / 49%), Manchester Terrier (4% / 37%) , Pembroke Welsh Corgi (6% / 37%), varietas Poodle-all (1% / 9%), Scottish Terrier (1% / 12%), dan Shetland Sheep Dog (1% / 7%). VetGen juga menawarkan tes genetik untuk vWD pada German Pinscher, Kerry Blue Terrier, dan Papillon. Untuk ras yang tidak memiliki tes genetik, tes darah fenotipik untuk faktor vWD harus dijalankan untuk mengidentifikasi anjing yang terkena.

 

Sensitivitas Obat / Sensitivitas Ivermektin: Cacat yang menyebabkan sensitivitas ivermektin pada Collies dan ras lain telah diidentifikasi sebagai mutasi pada MDR1 atau gen resistensi multi obat. Gen yang rusak ini juga dapat menyebabkan neurotoksisitas dari loperamide, vincristine, dan obat lain, melalui perubahan pada sawar darah otak (blood brain barrier). Anjing resesif homozigot dapat mengembangkan tanda-tanda neurologis, melalui perubahan sawar darah otak. Pembawa heterozigot hanya sensitif pada dosis tinggi. Tes genetik tersedia, dan berikut adalah hasil pengujian pada beberapa bangsa anjing (% homozigot /% heterozigot): Collie (32% / 46%), Australian Shepherd (2% / 30%), Old English Sheepdog (1% / 9%), Shetland Sheepdog (2% / 17%), Longhaired Whippet (16% / 52%), English Shepherd (<1% / 14%).

 

GANGGUAN GENETIK KUCING

 

Penyakit Ginjal Polikistik (PKD) adalah kelainan autosom dominan pada kucing Persia dan Himalaya. Banyak dari kucing ini mengalami gagal ginjal, sementara beberapa hanya mengembangkan kista terisolasi yang tidak mengganggu fungsi ginjal normal. Sekarang tersedia tes genetik usap pipi langsung untuk mengidentifikasi anak kucing dan kucing dengan gen yang rusak ini (www.vgl.ucdavis.edu). Pembeli kucing Persia dan Himalaya sebaiknya melihat hasil tes dari UC-Davis, atau harus meminta untuk melakukan usapan pipi sendiri pada calon anak kucing sebelum membeli. Pengujian diagnostik pada kucing dengan DNA positif meliputi pengujian fungsi ginjal dan ultrasonografi perut. 38% dari semua kucing Persia membawa gen yang rusak untuk PKD. Bahkan dalam ras yang berpopulasi dan beragam seperti Persia, pemindahan lebih dari sepertiga dari ras dalam waktu singkat akan memberikan tekanan negatif yang signifikan pada kumpulan gen. Mudah-mudahan peternak tidak akan menggunakan eutanasia yang meluas pada anak kucing saat trah tersebut menjauh dari gangguan ini. Anak kucing positif PKD harus dijual atau ditempatkan dengan pengungkapan penuh tentang gangguan tersebut. PKD juga telah didiagnosis pada keturunan berbulu panjang lainnya yang berasal dari keturunan Persia dan Himalaya.

 

Kardiomiopati Hipertrofik adalah kelainan bawaan yang berkembang menjadi gagal jantung pada ras Maine Coon dan Ragdoll. Mutasi yang berbeda pada gen penyebab yang sama untuk kardiomiopati telah diidentifikasi pada kedua ras, dan tes genetik tersedia dari Washington State University. (http://www.vetmed.wsu.edu/deptsVCGL/). Di Maine Coon, frekuensi gen diperkirakan lebih dari 30%, dengan kucing yang terpengaruh homozigot dan heterozigot. Ras Maine Coon juga memiliki insiden displasia pinggul yang tinggi. Kelainan yang jarang dilaporkan pada trah ini adalah Atrofi Otot Spinal resesif autosom. Kucing yang terkena menunjukkan kelemahan progresif, ataksia, dan atrofi otot.

 

Lethal Craniofacial Defect adalah kelainan resesif autosom yang fatal pada ras Bernese. Penelitian di University of California Davis menunjukkan bahwa gen yang rusak akan dikaitkan dengan struktur wajah "kontemporer" yang luas yang telah dipilih untuk berkembang biak.

 

Amiloidosis ginjal terjadi sebagai kelainan keturunan pada ras Abyssinian. Kucing yang terkena menunjukkan tingkat keparahan proteinuria dan gagal ginjal progresif yang bervariasi. Cara pewarisan belum ditentukan. Defisiensi piruvat kinase autosomal resesif telah diidentifikasi pada trah ini, dan juga pada Somalia.

 

Spastisitas Neuromuskuler terjadi di Devon Rex. Cara pewarisan belum berhasil.

 

Glikogenolisis adalah kelainan resesif autosomal pada Kucing Hutan Norwegia. Tes genetik tersedia dari PennGen (www.vet.upenn.edu/penngen).

 

Polydactyly: Multiple toes adalah sifat dominan autosomal yang umum dengan penetrasi tinggi dan ekspresi variabel (jumlah jari kaki). Semua kucing dengan polidaktili biasanya memiliki induk yang terpengaruh serupa.

 

Tuli dengan mata biru: Gen putih dominan autosomal (W) dapat menyebabkan ketulian pada kucing. Tidak semua kucing putih bermata biru disebabkan oleh gen W, sehingga dapat memiliki pendengaran yang normal. Ada juga kemungkinan penetrasi ketulian yang tidak lengkap dengan gen W. Kucing bermata biru lainnya (Siam dan Burma, dll.) Memiliki mata biru karena gen C, dan memiliki pendengaran yang normal. Ada juga sindrom tuli sensioneural lain yang teridentifikasi pada kucing.

 

Bintik kulit hitam pada kucing oranye, terutama di sekitar selaput lendir mulut, hidung, dan kelopak mata disebabkan oleh mutasi punggung somatik dari gen hitam oranye ke gen hitam selama regenerasi sel. Hal ini terjadi dan frekuensinya meningkat seiring bertambahnya usia, tetapi merupakan kejadian normal dan tidak memerlukan pengobatan.

 

Kucing Calico dan Tortoiseshell semuanya diharapkan betina, karena gen hitam dan oranye adalah alel pada kromosom X. Untuk memiliki kedua warna pada kucing yang sama, Anda membutuhkan dua kromosom X untuk membawa dua alel yang berbeda. Terkadang kucing calico atau tortoiseshell jantan terlihat. Ini paling sering adalah kucing jantan dengan sindrom Klinefelter (XXY), atau individu dengan berbagai bentuk genotipe chimeric dari fusi dua telur yang telah dibuahi di dalam rahim. Kucing belacu atau kulit kura-kura jantan subur dengan kromosom seks XY normal biasanya disebabkan oleh mutasi kembali alel warna dari oranye menjadi hitam dalam subpopulasi selnya selama perkembangan janin.

 

Sumber:

Jerold S. Bell, DVM. Tufts Cummings School of Veterinary Medicine, North Grafton, MA, USA. Common Genetic Disorders of Dogs and Cats. Tufts' Canine and Feline Breeding and Genetics Conference, 2007.  https://www.vin.com/apputil/content/defaultadv1.aspx?pId=11243&id=3861465.

Deskripsi spasial-temporal infeksi SARS-CoV-2 di Indonesia selama enam bulan pertama wabah

 

Abstrak

 

Latar Belakang

 

Sejak kasus pertama dilaporkan di Wuhan, China, pada Desember 2019, Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) telah menyebar ke seluruh dunia. Di Indonesia, kasus pertama dilaporkan pada awal Maret 2020, dan jumlah infeksi yang dikonfirmasi terus meningkat hingga saat ini. Upaya penanggulangan virus secara global dan di Indonesia sedang berlangsung. Ini adalah manuskrip pertama yang menggunakan model spasial-temporal untuk menggambarkan penularan SARS-CoV-2 di Indonesia, serta memberikan profil pasien untuk semua kasus COVID-19 yang dikonfirmasi.

 

Metode

 

Pengumpulan data dilakukan dari situs resmi Satgas Nasional Indonesia untuk Percepatan COVID-19 periode 02 Maret 2020-02 Agustus 2020. Data RT-PCR memastikan, pasien positif SARS-CoV-2 masuk kategori menurut demografi, gejala dan penyakit penyerta berdasarkan kategorisasi kasus (dikonfirmasi, sembuh, meninggal). Data yang dikumpulkan memberikan informasi terperinci dan menyeluruh tentang waktu dan lokasi geografis untuk 34 Provinsi di seluruh Indonesia.

 

Hasil

 

Total kumulatif 111.450 kasus yang dikonfirmasi dilaporkan di Indonesia selama masa studi. Dari kasus-kasus yang dikonfirmasi, 67,79% (75.551 / 111.450) dinyatakan sembuh dan 4,83% (5.382 / 111.450) di antaranya meninggal. Pasien sebagian besar adalah laki-laki (50,52%; 56,300 / 111,450) dan dewasa berusia 31-45 tahun (29,73%; 33,132 / 111,450). Gejala gejala batuk dan demam secara keseluruhan, serta penyakit kronis komorbiditas sejalan dengan data yang dipublikasikan sebelumnya dari tempat lain di Asia Tenggara. Data yang dilaporkan di sini, menunjukkan bahwa dari deteksi kasus pertama yang terkonfirmasi dan dalam kurun waktu singkat 40 hari, seluruh provinsi di Indonesia terjangkit COVID-19.

 

Kesimpulan

 

Studi ini adalah yang pertama memberikan karakteristik rinci dari pasien SARS-CoV-2 yang dikonfirmasi di Indonesia, termasuk profil demografis dan riwayat presentasi COVID-19. Ini menggunakan analisis spasial-temporal untuk menyajikan penyebaran epidemi sejak awal wabah di seluruh provinsi di negara tersebut. Peningkatan kasus baru terkonfirmasi telah konsisten selama periode ini di semua provinsi, dengan beberapa menunjukkan peningkatan yang tajam, sebagian karena peningkatan kapasitas diagnostik nasional. Informasi ini memberikan sumber daya siap pakai yang dapat digunakan untuk pemodelan prediksi, dan digunakan terus-menerus oleh Satgas Indonesia saat ini untuk memberi nasihat tentang potensi implementasi atau penghapusan tindakan jarak publik, dan tentang potensi ketersediaan kapasitas perawatan kesehatan dalam upaya mereka untuk mengelola wabah tersebut.

 

PENGANTAR

Sejak kasus pertama dilaporkan dari Wuhan, China, pada Desember 2019, Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) telah menyebar ke seluruh dunia. Menurut Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) pada 23 Agustus 2020, jumlah total kasus terinfeksi yang dikonfirmasi di seluruh dunia mencapai 23.057.288, sedangkan total kematian mencapai 800.906 [1]. India dan Indonesia, dua negara terpadat di Asia Tenggara, telah melaporkan dan terus melaporkan sejumlah besar kasus (masing-masing 3.044.940 dan 151.498, pada 23 Agustus 2020) [1]. Di Indonesia, kasus pertama dilaporkan pada 02 Maret 2020.

 

Upaya untuk menahan virus secara global sedang berlangsung. Namun, mengingat banyaknya ketidakpastian mengenai jumlah infeksi tanpa gejala, serta tingkat penularan patogen, efektivitas upaya ini belum dapat diukur secara memadai. Telah dibuktikan bahwa jumlah reproduksi COVID-19 lebih tinggi dibandingkan dengan wabah virus korona sebelumnya [2], dan sebagai tambahan, sebagian besar kasus yang terinfeksi tampaknya tidak menunjukkan gejala [3]. Oleh karena itu, tidak mengherankan jika jumlah kasus baru terkonfirmasi dan kematian terkait COVID-19, masih terus meningkat di sebagian besar negara, termasuk di Indonesia.

 

Untuk mengurangi jumlah kasus baru, pemerintah mengandalkan langkah-langkah kesehatan masyarakat klasik untuk mengekang laju penyebaran epidemi. Tujuan utama dari langkah-langkah kesehatan masyarakat tersebut (misalnya karantina, jarak sosial, dan penahanan komunitas) telah secara konsisten untuk mencegah penularan dari orang ke orang dengan memisahkan dan / atau menjauhkan orang [4, 5]. Meskipun Indonesia telah menerapkan beberapa langkah pengendalian (termasuk jarak fisik, karantina rumah, pesan publik untuk cuci tangan rutin dan pemakaian masker di depan umum, pembatasan perjalanan lokal, dll), masih terdapat tren peningkatan jumlah kasus baru. dikonfirmasi secara nasional. Menurut WHO, penyebaran virus di Indonesia dapat dikategorikan sebagai 'penularan komunitas' [6], karena ketidakmampuan untuk menghubungkan kasus yang dikonfirmasi melalui rantai penularan untuk sejumlah besar kasus. Dengan demikian, memahami mekanisme dan pola transmisi membentuk pertanyaan kunci [7, 8].

 

Langkah pertama yang mendasar dalam mengembangkan strategi dan pemodelan prediktif untuk COVID-19 di Indonesia adalah menganalisis jumlah kasus yang dikonfirmasi, beserta waktu kemunculannya [9]. Model penalaran spasial-temporal ini secara luas berguna untuk memperoleh informasi tentang mengidentifikasi daerah berisiko tinggi, mendukung upaya pemantauan dan pencegahan [10], dan untuk memprediksi lintasan epidemi [11].

 

Untuk lebih memahami sifat dan penyebaran infeksi COVID-19 di Indonesia, kami menggunakan model penalaran spatio-temporal untuk menganalisis data nasional antara Maret dan Agustus 2020. Data dikumpulkan dari Satgas Nasional Percepatan COVID-19, dari periode 2 Maret 2020 hingga 2 Agustus 2020. Data tersebut memberikan informasi granular surveilans COVID-19 di 34 Provinsi di seluruh Indonesia dan memberikan sumber daya siap pakai yang dapat digunakan untuk pemodelan prediksi di masa mendatang.

 

METODE

 

Area studi

Secara geografis, Indonesia berada di Asia Tenggara, terletak di antara Samudera Hindia dan Samudera Pasifik (lintang: 5 ° 00 'LU, lon: 120 ° 00' BT). Indonesia merupakan negara kepulauan yang terdiri dari 5 pulau besar (Sumatera, Kalimantan, Jawa, Sulawesi, dan Papua) dan ribuan pulau kecil. Indonesia terletak berdekatan dengan garis khatulistiwa, dan merupakan wilayah tropis dengan 2 musim: musim hujan (Oktober-Maret) dan musim kemarau (April-September).

 

Indonesia secara administratif terbagi menjadi 34 provinsi dan 514 kota dan kabupaten, dengan pemerintah daerah independen dan badan parlemen. Indonesia memiliki 10.138 pusat kesehatan umum (PUSKESMAS - fasilitas kesehatan primer) dan 2.902 rumah sakit (fasilitas kesehatan tersier) yang tersebar di provinsi-provinsinya, di mana 132 rumah sakit ditunjuk sebagai pusat rujukan nasional untuk pengobatan COVID-19 [12]. Jumlah penduduk Indonesia mencapai 267.663.435 (2018) dengan perempuan mewakili 50% dari populasi [13], dan usia rata-rata sekitar 30 tahun [14].

 

Pengumpulan data

Data untuk penelitian ini diperoleh dari situs Satuan Tugas Nasional Indonesia untuk Percepatan Penanggulangan COVID-19 (www.covid19.go.id). Data yang diperoleh termasuk rincian kasus yang dikonfirmasi (yaitu demografi, gejala yang muncul dan komorbiditas), dan hasil pengobatan (pemulihan atau kematian) di semua 34 provinsi antara 2 Maret 2020 dan 2 Agustus 2020. Penggunaan data, yang dianonimkan, dikumpulkan, dan di tingkat kependudukan telah diizinkan oleh Kementerian Kesehatan Republik Indonesia berdasarkan Peraturan Nomor 45 (2014), Pasal 3, ayat 1 dan 2.

 

Strategi pengambilan sampel dan pengujian Indonesia bertujuan untuk menyelidiki semua kasus dan kelompok COVID-19. Tujuannya adalah agar minimal 90% kasus yang dicurigai diisolasi dan dilakukan pengambilan spesimen dalam waktu kurang dari 48 jam sejak munculnya gejala, sehingga penularan sekunder sebisa mungkin dihindari. Spesimen harus dikirim ke laboratorium rujukan dan hasilnya harus diterima dalam waktu 72 jam, selama waktu tersebut individu disarankan untuk melakukan isolasi sendiri. Hasil investigasi epidemiologi dan laboratorium harus dilaporkan secara nasional setiap hari kepada Kementerian Kesehatan dan Satgas COVID-19 Nasional melalui saluran pengumpulan data khusus [15].

 

Sampel dikumpulkan melalui usap nasofaring (NP) atau orofaringeal (OP) atau dahak atau serum, menurut protokol Kementerian Kesehatan Indonesia [15]. Sebagian besar penyeka NP dan OP telah dikumpulkan hingga saat ini, untuk pengujian diagnostik yang dilakukan dengan reverse transcriptase PCR (RT-PCR).

 

Analisis data

Data yang terkumpul diklasifikasikan menurut status sembuh / meninggal untuk menggambarkan karakteristik pasien. Regresi logistik univariat dilakukan SPSS, versi 20 (SPSS Inc., Chicago, IL, USA) untuk mengidentifikasi faktor-faktor yang berpotensi terkait dengan kematian COVID-19. Rasio ganjil yang disesuaikan dan interval kepercayaan 95% ditampilkan untuk faktor risiko kematian COVID-19 berdasarkan jenis kelamin, kelompok usia, dan lokasi geografis (termasuk hanya 5 pulau terbesar) [16]. Tes χ2 digunakan untuk menganalisis data yang dikumpulkan tentang dampak jenis kelamin, wilayah, dan kelompok usia, seperti yang dijelaskan sebelumnya [17].

 

Penyajian data deskriptif lebih lanjut diambil di 8 provinsi prioritas, (Jakarta, Jawa Barat, Jawa Timur, Jawa Tengah, Sulawesi Selatan, Sulawesi Utara, Kalimantan Selatan, dan Papua), sesuai dengan karakteristik status sembuh / meninggal, kelompok umur dan jenis kelamin.

 

Untuk analisis spasial, jumlah kasus baru terkonfirmasi di setiap provinsi ditambahkan ke dalam grafik sumbu xy dan jumlah kasus dibedakan menurut warna. Untuk menampilkan jumlah kumulatif kasus, angka tersebut dipetakan dengan menggunakan aplikasi kustomisasi peta yang tersedia (https://mapchart.net/) [18]. Peta panas dibuat sesuai tindak lanjut dengan jangka waktu 22 minggu.

 

HASIL

 

Total kumulatif 111.450 kasus COVID-19 yang dikonfirmasi dilaporkan di Indonesia antara 2 Maret dan 2 Agustus 2020. 67,79% (75.551 / 111.450) dari kasus-kasus yang dikonfirmasi tersebut ditampilkan sebagai pulih dan 4,83% (5.382 / 111.450) di antaranya meninggal. Di antara yang dilaporkan sebagai SARS-CoV-2 RT-PCR positif di Indonesia 50,52% adalah laki-laki (56.300 / 111.450) dan orang dewasa berusia 31 hingga 45 tahun (29,73%; 33.132 / 111.450). Tidak ada signifikansi statistik yang diamati pada rasio jenis kelamin dari kasus yang dikonfirmasi (p = 0,339). Namun, jenis kelamin secara statistik signifikan untuk kategori pulih dan kematian (p <0,001 dalam kedua kasus), di mana proporsi relatif lebih besar dari perempuan dicatat sebagai pulih: kelompok perempuan (68,05%; 35,352 / 51,948) dibandingkan dengan kelompok laki-laki (67,45 %; 37.977 / 56.300). Persentase kematian juga lebih besar pada laki-laki (5,59%; 3,146 / 56,300) dibandingkan perempuan yang dikonfirmasi kasus (4,09%; 2.127 / 51.948; p <0,001). Meskipun orang dewasa berusia 31–45 tahun terbukti lebih rentan tertular dibandingkan kelompok usia lain, lansia (≥ 60 tahun) memiliki proporsi kematian tertinggi (16,46%; 2.041 / 12.396; p <0,001) dan Proporsi pemulihan terendah di kedua jenis kelamin (60,29%; 7,474 / 12,396; p <0,001).

 

Gejala awal yang paling umum dilaporkan terjadi pada populasi terkonfirmasi terinfeksi adalah batuk (2,58%; 2,871 / 111,450), diikuti oleh riwayat demam (1,71%; 1,906 / 111,450) dan demam persisten (1,41%; 1,573 / 111,450). Tidak semua pasien mengalami kesulitan bernapas (1,24%; 1.384 / 111.450). Sejumlah kasus yang dikonfirmasi juga melaporkan riwayat klinis hipertensi (0,63%; 700 / 111,450) dan diabetes melitus (0,43%; 478 / 111,450). Komorbiditas utama yang ditemukan di antara pasien yang terdaftar meninggal termasuk penyakit ginjal (51.81; 43/83), penyakit jantung (38.41%; 106/168), dan pasien immunocompromised (33.33%; 7/14). Namun, kehati-hatian perlu dilakukan ketika menafsirkan data di atas, karena catatan memiliki tingkat penyelesaian variabel untuk kategori gejala awal dan dengan demikian tidak dapat mendukung analisis statistik lebih lanjut. Tingkat data tidak lengkap yang sangat tinggi (dalam beberapa kasus mendekati 90%) dan variabilitas penyelesaian yang tinggi antara kategori komorbiditas yang berbeda telah mencegah analisis komorbiditas lebih lanjut.

 

Lima provinsi dengan jumlah kasus terkonfirmasi COVID-19 tertinggi (sebagai% dari total nasional) adalah Jawa Timur (20,19%; 22,504 / 111,450), DKI Jakarta (19,87%; 22,144 / 111,450), Jawa Tengah (8,73% ; 9,732 / 111,450), Sulawesi Selatan (8,66%; 9,647 / 111,450), dan Jawa Barat (5,96%; 6,637 / 111,450). Kelima provinsi ini menyumbang lebih dari 60% kasus nasional. Sedangkan berdasarkan kejadian kasus yang dilaporkan, 5 provinsi teratas adalah DKI Jakarta (204,16 per 100.000 penduduk), Kalimantan Selatan (153,91 per 100.000 penduduk), Maluku Selatan (119,05 per 100.000 penduduk), Gorontalo (108,75 per 100.000 penduduk). ), dan Sulawesi Selatan (102,33 per 100.000 penduduk). Insiden yang tercatat di Jakarta dibandingkan dengan pulau-pulau utama lainnya jauh lebih tinggi dan signifikan secara statistik di semua kategori kasus (dikonfirmasi, pulih, kematian; p <001 untuk semua).

 

Karakteristik pasien di Jakarta, Jawa Barat, Jawa Timur, Jawa Tengah, Sumatera Utara, Kalimantan Selatan, Sulawesi Selatan, dan Papua untuk kelompok umur, jenis kelamin, dan status sembuh / meninggal, sebagaimana provinsi ini memiliki insiden COVID-19 tertinggi yang dilaporkan.

 

Dua kasus SARS-CoV-2 yang dikonfirmasi oleh RT-PCR pertama diidentifikasi pada 2 Maret 2020 di Jakarta. Kasus terkonfirmasi positif ketiga ditemukan di Jawa Barat pada 3 Maret dan satu kasus lagi di Banten pada 6 Maret 2020. Hasil spasial-temporal menunjukkan bahwa semua provinsi di Indonesia mengalami kasus terkonfirmasi COVID-19 dalam waktu 41 hari. sejak kasus pertama yang dikonfirmasi dilaporkan (2 Maret hingga 10 April 2020). Secara umum, Jakarta secara konsisten melaporkan jumlah kasus baru terkonfirmasi per hari tertinggi (> 100 per hari). Meskipun tanggal timbulnya wabah berbeda di antara provinsi yang berbeda, setelah kasus dikonfirmasi, kasus baru segera menyusul.

 

Peta panas yang menunjukkan perkembangan penularan di 34 provinsi di seluruh Indonesia dalam kurun waktu kurang lebih 6 bulan (5 bulan dan 2 minggu). Selama minggu pertama, kasus yang dikonfirmasi hanya terkonsentrasi di Jawa Barat, Jakarta, dan Banten. Minggu berikutnya, kasus baru yang dikonfirmasi dilaporkan di Kalimantan Timur, dan beberapa hari kemudian penyebaran infeksi baru meningkat pesat baik di bagian barat dan timur Indonesia, menambah 18 provinsi baru dengan kasus yang dilaporkan. Pada minggu keenam, kasus yang dikonfirmasi dicatat di semua provinsi. Dalam 2 minggu terakhir periode penelitian, kasus kumulatif > 100 kasus yang dikonfirmasi telah terjadi di beberapa provinsi, meninggalkan Jakarta sebagai daerah yang paling terinfeksi dengan > 1000 kasus pada akhir minggu terakhir.

 

DISKUSI

Secara keseluruhan, penelitian kami menunjukkan bahwa RT-PCR mengkonfirmasi infeksi SARS-CoV-2 di Indonesia lebih umum pada laki-laki dengan rentang usia antara 31-45 tahun, sebagian besar datang dengan gejala demam dan batuk yang dilaporkan sendiri, dan memiliki gejala klinis sebelumnya. riwayat hipertensi dan / atau diabetes melitus. Peningkatan tertinggi dalam jumlah absolut kasus baru terkonfirmasi terjadi di Jakarta, Jawa Barat, Jawa Tengah, Jawa Timur, dan Sulawesi Selatan; sementara provinsi lain menunjukkan pelaporan kasus baru terkonfirmasi yang relatif sederhana setiap hari. Pada minggu keenam masa tindak lanjut, semua provinsi di Indonesia dipengaruhi oleh kasus COVID-19 yang dikonfirmasi. Pola penularan serupa terlihat di 5 kota besar di Cina, tidak secara geografis berbatasan dengan Wuhan [19].

 

Karakteristik pasien COVID-19 di Indonesia serupa dengan yang dilaporkan di China dan Italia [20-22], dengan batuk dan demam / riwayat demam sebagai gejala yang paling sering [20, 23] dan dalam kelompok usia yang sama [23, 24] ]. Laki-laki lebih umum untuk hasil klinis yang lebih buruk dibandingkan dengan perempuan seperti dalam penelitian lain dari Cina, Italia dan Amerika Serikat [20, 25, 26]. Populasi lansia di atas 60 tahun (19,8%; 326 / 1.647) menunjukkan angka kematian tertinggi, sejalan dengan pengamatan di negara lain [20-22]. Dengan demikian, observasi saat ini di Indonesia sejalan dengan observasi yang dipublikasikan sebelumnya [27] dan menunjukkan profil pasien yang serupa dari bagian lain Asia Tenggara [28-31]. Selain itu, karena Indonesia melaporkan salah satu insiden penyakit ginjal kronis tertinggi di Asia Tenggara, mempengaruhi lebih dari 8% dari lebih dari 65 kelompok populasi, hal ini kemungkinan akan semakin memperparah angka kematian yang diamati pada kelompok populasi tersebut sebagai kondisi kesehatan terkait yang mendasarinya. [32].

 

Definisi kelompok rentan COVID-19 mencakup orang lanjut usia, orang yang sakit dan memiliki penyakit penyerta, tunawisma atau kekurangan rumah, serta orang yang mungkin berjuang secara ekonomi dan psikologis [33]. Anak-anak dan orang dewasa yang lebih muda mewakili proporsi terkecil dari kasus yang dikonfirmasi di Indonesia, sejalan dengan laporan nasional di tempat lain [34, 35]. Karena ini adalah sistem surveilans nasional yang inklusif, tidak ada bias sistemik khusus untuk mengesampingkan kelompok rentan tertentu, anak-anak atau bias dalam pencatatan kasus, selain yang terakhir mungkin asimtomatik atau kurang bergejala dibandingkan kelompok populasi lain. Namun, hipotesis ini masih perlu diverifikasi secara klinis dengan purposive sampling pada kelompok usia tersebut.

 

Peningkatan kasus yang dikonfirmasi juga mencerminkan peningkatan ketersediaan pengujian secara nasional, karena Pemerintah Indonesia mengizinkan baik laboratorium pemerintah maupun non-pemerintah untuk melakukan analisis konfirmasi RT-PCR, meningkatkan kapasitas diagnostik nasional [36-38]. Hingga 29 April 2020, terdapat total 89 laboratorium yang telah ditunjuk untuk memeriksa sampel pasien yang dicurigai, terdiri dari 48 laboratorium rumah sakit, 15 laboratorium universitas, 18 laboratorium Kementerian Kesehatan, dan 3 dari Direktorat Kesehatan Hewan [36].

 

Gubernur Jakarta memberlakukan Jarak Sosial Skala Besar mulai 10 April 2020 (40 hari setelah kasus COVID-19 pertama yang dikonfirmasi dilaporkan). Inisiatif ini diikuti oleh Gubernur Jawa Barat yang menerapkan peraturan yang sama di kota-kota satelit dekat Jakarta. Efektivitas waktu serta penerapan peraturan ini harus dievaluasi di kemudian hari, namun dapat dikatakan bahwa pada akhirnya (dalam waktu 3–4 minggu) hal tersebut menyebabkan tingginya tingkat penularan yang dilaporkan di kota-kota tersebut. Tindakan ini digabungkan dengan tindakan pencegahan dan kebersihan tingkat individu yang sangat disarankan oleh Pemerintah Indonesia [39].

 

Kekuatan penelitian kami adalah bahwa data dikumpulkan secara terpusat oleh Satuan Tugas Nasional Indonesia untuk Percepatan COVID-19. Oleh karena itu dibuat seragam dalam cara pemberitaannya, dan mampu mencakup secara menyeluruh seluruh wilayah nasional Indonesia. Namun, penelitian ini memiliki keterbatasan tertentu. Tingkat data tidak lengkap yang sangat tinggi (dalam beberapa kasus mendekati 90%) dan variabilitas penyelesaian yang tinggi antara kategori komorbiditas yang berbeda telah mencegah analisis komorbiditas lebih lanjut. Tingkat penyelesaian merupakan aspek yang saat ini ditangani oleh pihak berwenang Indonesia. Selain itu, terdapat penundaan dalam pelaporan data, baik karena kurangnya kepercayaan staf dalam penanganan awal laporan atau lebih mungkin karena struktur pengelolaan data yang berlebihan di tingkat administrasi lokal. Selain itu, data tidak selalu lengkap, dan tidak memberikan riwayat kontak sosial pasien, sementara gejala, seperti batuk dan episode demam sebelumnya dilaporkan sendiri, membuat mereka rentan terhadap bias memori. Karena Indonesia adalah pusat transit yang sangat aktif di Asia Tenggara, ada kemungkinan sejumlah kasus COVID-19 yang dikonfirmasi dapat diimpor dari negara lain secara regional, namun jenis data yang dikumpulkan sejauh ini tidak memungkinkan untuk membedakan kejadian penularan lokal vs kasus yang masuknya diimpor dari daerah lain.

 

KESIMPULAN

 

Studi ini adalah yang pertama untuk memberikan karakteristik rinci dari pasien COVID-19 yang dikonfirmasi di laboratorium di Indonesia dan menggunakan analisis spasial-temporal untuk mempresentasikan pola penularan dari awal wabah di Indonesia pada 2 Maret 2020 hingga 2 Agustus 2020. Profil demografis dari pasien yang dikonfirmasi terinfeksi yang dilaporkan dalam manuskrip ini sesuai dengan profil pasien yang dikonfirmasi dari wilayah lain di Asia Tenggara. Seperti di wilayah geografis tetangga lainnya (Vietnam, Thailand dan Malaysia), kasus pertama yang dikonfirmasi secara langsung terkait dengan pelancong dari hotspot infeksi lain. Dalam kasus Indonesia, diperkirakan datang dari para pelancong yang kembali dari daerah yang terkena dampak di Malaysia, seperti yang dilaporkan secara luas di pers [40]. Namun, tanpa informasi genomik atau laboratorium lebih lanjut, hal ini tetap menjadi dugaan yang diinformasikan.

 

Data yang dilaporkan di sini, menunjukkan bahwa semua provinsi di Indonesia terkena COVID-19 dalam waktu yang singkat. Insiden di pulau Jawa tidak mengherankan mengingat kepadatan penduduk dan perpindahan penduduk yang sangat tinggi. Peningkatan kasus baru terkonfirmasi konsisten selama periode ini di semua provinsi, sebagian karena peningkatan kapasitas diagnostik nasional. Informasi ini digunakan terus menerus oleh Satgas Indonesia saat ini dalam upaya mereka untuk menangani wabah.

 

Daftar Pustaka

1.   World Health Organization, Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) Weekly Epidemiological Update (WHO, 2020); Geneva, August 23, 2020. Available from: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/situation-reports/20200824-weekly-epi-update.pdf?sfvrsn=806986d1_4 [Accessed August 23, 2020]

2.   Liu Ying, Albert A Gayle Annelies Wilder-Smith, Joacim Rocklöv, The reproductive number of COVID-19 is higher compared to SARS coronavirus, Journal of Travel Medicine, Volume 27, Issue 2, March 2020, taaa021, doi: 10.1093/jtm/taaa021. pmid:32052846

3.    Li R, Pei S, Chen B, Song Y, Zhang T, et al. Substantial undocumented infection facilitates the rapid dissemination of novel coronavirus (SARS-CoV-2). Science; 01 MAY 2020; 368(6490): 489–493. doi: 10.1126/science.abb3221. pmid:32179701

4.    A Wilder-Smith MD, D O Freedman MD, Isolation, quarantine, social distancing and community containment: pivotal role for old-style public health measures in the novel coronavirus (2019-nCoV) outbreak, Journal of Travel Medicine, Volume 27, Issue 2, March 2020, taaa020, doi: 10.1093/jtm/taaa020. pmid:32052841

5.   Benjamin J Cowling, Allison E Aiello, Public Health Measures to Slow Community Spread of Coronavirus Disease 2019, The Journal of Infectious Diseases, jiaa123, https://doi.org/10.1093/infdis/jiaa123

6.   World Health Organization. Critical preparedness, readiness and response actions for Covid-19: Interim guidance, 22 March 2020. https://www.who.int/publications-detail/critical-preparedness-readiness-and-response-actions-for-covid-19 [Accessed May 9, 2020]

7.   Setiati S, Azwar MK. (2020) COVID-19 and Indonesia. Acta Med Indones-Indones J Intern Med; 52(1): 84–89.

8.   World Health Organization. COVID-19 Strategy Update.14 April 2020. https://www.who.int/publications-detail/strategic-preparedness-and-response-plan-for-the-new-coronavirus [Accessed 9 May 2020]

9.   Tsang TK, Wu P, Lin Y, Lau EHY, Leung GM, Cowling BJ. Effect of changing case definitions for COVID-19 on the epidemic curve and transmission parameters in mainland China: a modelling study. The Lancet Public Helath; 5(5): e289–e296. doi: 10.1016/S2468-2667(20)30089-X. pmid:32330458

10. Konstantinoudis G, Schuhmacher D, Rue H, Spycher BD. Discrete versus continuous domain models for disease mapping. Spat Spatio-temporal Epidemiol. 2020;32:100319 doi: 10.1016/j.sste.2019.100319. pmid:32007284

11. Nanni M, Raffaeta A, Renso C and Turini F., "Deductive and Inductive Reasoning on Spatio-Temporal Data" in Applications of declarative programming and knowledge management, Berlin:Springer Berlin / Heidelberg, vol. 3392, pp. 98–115, 2005 g8bu

12. Government of Indonesia. Indonesian Ministry of Health, 2020. List of COVID-19 Reference Hospitals in Indonesia. file:///C:/Users/kozlakidisz/Downloads/Daftar_RS_rujukan_COVID-19%20(1).pdf [Accessed 9 May, 2020]

13.The World Bank. Population, female (% of total population–Indonesia) https://data.worldbank.org/indicator/SP.POP.TOTL.FE.ZS?locations=ID [Accessed 9 May, 2020]

14. Sri Moertiningsih Adioetomo and Ghazy Mujahid (ed. Horst Posselt). United Nations Population Fund (UNFPA). UNFPA Indonesia Monograph Series No 1. Indonesia on the Threshold of Population Ageing. July 2014, Jakarta, Indonesia. https://indonesia.unfpa.org/sites/default/files/pub-pdf/BUKU_Monograph_No1_Ageing_03_Low-res.pdf [Accessed May 9, 2020]

15. Indonesian Government. Task Force for the Acceleration of Handling of COVID-19. Guidelines for the Prevention and Control of Coronavirus Disease (COVID-19). https://www.sumutprov.go.id/content/userfiles/REV-05_Pedoman_P2_COVID-19_13_Juli_2020_compressed.pdf [Accessed August 23, 2020]

16. Sperandei S. (2014). Understanding logistic regression analysis. Biochemia medica: Biochemia medica, 24(1), 12–18.

17. Al‐Rousan N., & Al‐Najjar H. (2020). Data Analysis of Coronavirus CoVID‐19 Epidemic in South Korea Based on Recovered and Death Cases. Journal of Medical Virology.92(9): 1603–1608. doi: 10.1002/jmv.25850. pmid:32270521

18. Voorrips R. E., MapChart: Software for the Graphical Presentation of Linkage Maps and QTLs, Journal of Heredity, January 2002; 93(1): 77–78 doi: 10.1093/jhered/93.1.77. pmid:12011185

19.  Liu Y. et al., What are the underlying transmission patterns of COVID-19 outbreak? An age-specific social contact characterization, EClinicalMedicine (2020), doi: 10.1016/j.eclinm.2020.100354. pmid:32313879

20.   Guan W, Ni Z, Hu Y, Liang W, Ou C, et al. Clinical characteristics of coronavirus disease 2019 in China. N Eng J Med. 2020; 382: 1708–20.

21.   Zhu J., Ji P., Pang J., Zhong Z., Li H., He C., et al.Clinical characteristics of 3,062 COVID-19 patients: a meta-analysis J Med Virol (2020), doi: 10.1002/jmv.25884. pmid:32293716

22. Grasselli G, Zangrillo A, Zanella A, et al. Baseline Characteristics and Outcomes of 1591 Patients Infected With SARS-CoV-2 Admitted to ICUs of the Lombardy Region, Italy. JAMA. 2020;323(16):1574–1581 doi: 10.1001/jama.2020.5394. pmid:32250385

23. Wenham C, Smith J, Morgan R, et al. COVID-19: the gendered impacts of the outbreak. The Lancet. 2020; 395(10227): 846–848. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30526-2. pmid:32151325

24.Tian S, Hu N, Lou J, Chen K, Kang X, Xiang Z et al. Characteristics of COVID-19 infection in Beijing. Journal of Infection. 2020;80(4):401–406. https://doi.org/10.1016/j.jinf.2020.02.018

25.  Flavia R, Marco A, Xanthi A, Antonino B, Martina DM, Massimo F, et al. Epidemiological characteristics of COVID-19 cases in Italy and estimates of the reproductive numbers one month into the epidemic. medRxiv 2020.04.08.20056861; https://doi.org/10.1101/2020.04.08.20056861

26.  Garg S, Kim L, Whitaker M, et al. Hospitalization Rates and Characteristics of Patients Hospitalized with Laboratory-Confirmed Coronavirus Disease 2019—COVID-NET, 14 States, March 1–30, 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2020;69:458–464. doi: 10.15585/mmwr.mm6915e3. pmid:32298251

27. Mahase E. Covid-19: death rate is 0.66% and increases with age, study estimates BMJ 2020; 369: m1327 doi: 10.1136/bmj.m1327. pmid:32238354

28.  Wang D.W., Hu B., Hu C., Zhu F., Liu X. et al. (2020). Clinical characteristics of 138 hospitalized patients with 2019 novel coronavirus-infected Pneumonia in Wuhan, China. JAMA 323(11), 1061–1069. doi: 10.1001/jama.2020.1585. pmid:32031570

29. Huang C.L., Wang Y.M., Li X.W., Ren L., Zhao J. et al. (2020). Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China. Lancet 395 (10223), 497–506. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30183-5. pmid:31986264

30. Nguyen THD, Vu DC. Summary of the COVID-19 outbreak in Vietnam—Lessons and suggestions. Travel Med Infect Dis. 2020 Apr 2:101651. doi: 10.1016/j.tmaid.2020.101651. Epub ahead of print. pmid:32247928

31. Okada P, Buathong R, Phuygun S, Thanadachakul T, Parnmen S, Wongboot W, et al. Early transmission patterns of coronavirus disease 2019 (COVID-19) in travellers from Wuhan to Thailand, January 2020. Euro Surveill. 2020 Feb;25(8):2000097. doi: 10.2807/1560-7917.S.2020.25.8.2000097.

32. Zou X, Chen K, Zou J, Han P, Hao J, Han Z. Single-cell RNA-seq data analysis on the 106 receptor ACE2 expression reveals the potential risk of different human organs vulnerable to 107 2019-nCoV infection. Frontiers of medicine [Internet]. 2020 Mar 12; Available from: 108 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32170560

33.  Redefining vulnerability in the era of COVID-19. Lancet editorial. 2020; 395(10230): 1089. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30757-1. pmid:32247378

34. Kelvin AA, Halperin S. COVID-19 in children: the link in the transmission chain. The Lancet Infect Dis 2020 S1473-3099(20): 30198–5 doi: 10.1016/S1473-3099(20)30236-X. pmid:32220651

35.  Morand A., Fabre A., Minodier P., Boutin A., Vanel N., Bosdure E., et al. COVID-19 virus and children: What do we know? Archives de Pédiatrie. 2020; 27(3): 117–118 doi: 10.1016/j.arcped.2020.03.001. pmid:32253003

36.  Indonesian Government. Task Force for the Acceleration of Handling of COVID-19. ‘A total of 89 active laboratories allowed to check for COVID-19’ Press Bulletin. April 29, 2020. https://covid19.go.id/p/berita/sebanyak-89-laboratorium-aktif-periksa-covid-19 [Accessed May 9 2020]

37.  Government adds 41 laboratories to Covid-19, now totaling 89’. Kompas.com. Online news agency, 29 April 2020. https://nasional.kompas.com/read/2020/04/29/17120861/pemerintah-tambah-41-laboratorium-untuk-covid-19-kini-jadi-89 [Accessed May 9, 2020]

38.Lippi G., & Plebani M. (2020). The critical role of laboratory medicine during coronavirus disease 2019 (COVID-19) and other viral outbreaks, Clinical Chemistry and Laboratory Medicine (CCLM) (published online ahead of print), 20200240

39.Indonesian Ministry of Health. Guidelines for the Prevention and Control of COVID-19. July 2020. https://covid19.go.id/storage/app/media/Protokol/REV-05_Pedoman_P2_COVID-19_13_Juli_2020.pdf. [Accessed September 3, 2020]

40. Indonesian News Agency. Jakarta Globe News. https://jakartaglobe.id/news/indonesia-confirms-first-coronavirus-cases-in-its-territory/ [Accessed May 9, 2020]

 

Sumber:

Dewi Nur Aisyah, Chyntia Aryanti Mayadewi, Haniena Diva, Zisis Kozlakidis, Siswanto, Wiku Adisasmito.  2020. A spatial-temporal description of the SARS-CoV-2 infections in Indonesia during the first six months of outbreak.  Plos One.  Published: December 22, 2020. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0243703