RINGKASAN
Chlamydia (C.) psittaci adalah agen penyebab klamidiosis pada burung dan psittacosis pada manusia. Dalam penelitian ini, kami mengekstrak polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) dari sekuens genom lengkap 55 strain C. psittaci dan mengidentifikasi delapan garis keturunan utama, sebagian besar berkaitan dengan inang. Sebuah metode PCR - high resolution melting (HRM) gabungan dikembangkan untuk menyaring delapan SNP yang informatif secara filogenetik terkait dengan garis keturunan C. psittaci yang diidentifikasi. Metode PCR-HRM ini divalidasi pada 11 strain referensi yang tersedia dan dengan serangkaian 118 isolat lapangan. Secara keseluruhan, pengelompokan PCR-HRM konsisten dengan data genotipe sebelumnya yang diperoleh melalui analisis ompA dan/atau MLST. Metode ini kemudian diterapkan pada 28 sampel positif C. psittaci dari kasus hewan atau manusia. Seperti yang diharapkan, hasil tipologi PCR-HRM dari sampel manusia mengidentifikasi genotipe yang terkait dengan bebek dan merpati, yang merupakan sumber paparan manusia yang umum, namun juga mengidentifikasi genotipe seperti Mat116 yang kurang terdeskripsikan. Metode genotip baru ini tidak memerlukan sekuensing yang memakan waktu dan memungkinkan identifikasi cepat sumber infeksi.
1. PENDAHULUAN
Chlamydia (C.) psittaci, agen dari famili Chlamydiaceae, umumnya diisolasi dari berbagai jenis burung di seluruh dunia. Spesies ini biasanya terkait dengan infeksi pada manusia yang berdekatan dengan burung, setelah menghirup partikel infeksius yang teraerosolisasi berasal dari kotoran kering dan sekresi pernapasan. Pemilik dan peternak burung peliharaan, pegawai toko hewan, karyawan kebun binatang, pekerja unggas, dokter hewan, teknisi laboratorium, dan pekerja satwa liar sangat berisiko. Manusia yang terinfeksi C. psittaci biasanya menunjukkan gejala tidak spesifik, termasuk demam, sakit kepala, mialgia, dan batuk tidak produktif. Salah diagnosis dan/atau pengobatan antibiotik yang tidak tepat dapat berakibat fatal akibat pneumonia atipikal. Spesies burung yang termasuk dalam ordo Psittaciformes, Galliformes, Anseriformes, dan Columbiformes adalah sumber infeksi yang umum. Pada burung, presentasi klinis dapat bervariasi secara signifikan dan dipengaruhi oleh patogen (genotipe C. psittaci) dan inang (spesies, usia, status kesehatan, dan imunologi). Di samping infeksi subklinis, bentuk respirasi, pencernaan, dan okular yang parah juga dijelaskan.
Metode-metode tipologi C. psittaci yang dikembangkan selama ini telah mengungkapkan keragaman strain dalam spesies ini dan adanya hubungan erat antara serotipe/genotipe dengan kelompok burung. Delapan serovar yang awalnya dijelaskan (A hingga F untuk strain avian, WC dan M56 untuk strain mamalia), berdasarkan penggunaan antibodi monoklonal, ditemukan setara dengan genotipe berbasis ompA. Analisis sekuens ompA dari sejumlah besar isolat kemudian memperkenalkan genotipe sementara baru C. psittaci (1V, 6N, Mat116, R54, YP84, dan CPX0308). Baru-baru ini, strain 1V dialokasikan kembali ke spesies C. abortus, berdasarkan analisis MLST dari tujuh gen rumah tangga yang dilestarikan. Dengan metode ini, strain C. psittaci yang dipelajari diklasifikasikan menjadi empat kelompok utama (I hingga IV), sesuai dengan inang burung mereka (burung beo, bebek, merpati, kalkun), dengan strain mamalia WC C. psittaci yang terpisah. Pengetahuan tentang genotipe yang bersirkulasi di alam liar (misalnya, burung laut dan burung pemangsa) masih terbatas.
Genotip berbasis ompA umumnya digunakan, namun resolusinya rendah, dan karena gen ini merupakan tempat panas bagi mutasi dan rekombinasi, hasilnya mungkin menyesatkan. MLST memberikan diskriminasi yang lebih tinggi dan kuat, tetapi memerlukan sekuensing tujuh target gen yang memakan waktu. Dengan peningkatan jumlah sekuens genom lengkap (WGS) yang tersedia untuk strain C. psittaci, sekarang memungkinkan untuk menerapkan polimorfisme nukleotida tunggal (SNP) untuk membangun pohon filogenetik yang menunjukkan hubungan yang sebenarnya antara isolat C. psittaci. Dalam studi ini, kami bertujuan untuk mengembangkan metode yang sangat diskriminatif dan ramah pengguna di mana pekerjaan terdiri dari tiga bagian: (i) mengidentifikasi klaster berdasarkan analisis SNP, (ii) membandingkan klaster tersebut dengan topologi berbasis MLST dan ompA, dan (iii) mengembangkan alat tipologi cepat berdasarkan identifikasi SNP yang relevan melalui teknologi PCR/melting resolusi tinggi (HRM) untuk genotip langsung C. psittaci dari isolat dan sampel klinis.
2. BAHAN DAN METODE
2.1. Strain Bakteri dan Isolat
Strain dan/atau sampel DNA diperoleh dari Anses (Prancis), Friedrich-Loeffler-Institut (Jerman), Veterinary Research Institute (Polandia), University of Bordeaux (Prancis), dan Uppsala University Hospital (Swedia) (Tabel 1, Data Tambahan 1). Strain klamidia diperbanyak dalam kantung kuning embrio ayam atau melalui kultur sel sebagaimana dijelaskan sebelumnya. DNA dari strain atau sampel yang dikumpulkan untuk keperluan diagnosis diekstraksi menggunakan QIAamp DNA Mini Kit (QIAGEN, Courtaboeuf, Prancis). Semua sampel yang termasuk dalam penelitian ini diuji positif untuk C. psittaci menggunakan sistem PCR yang dikembangkan oleh Pantchev et al.
Tabel 1. Pengelompokan PCR-melting resolusi tinggi (HRM) dari strain referensi, strain lapangan, dan sampel klinis. Asal inang serta genotipe yang tersedia dan/atau hasil MLST ditampilkan dalam Data Tambahan 1.
2.2. Analisis Filogenetik Seluruh Genom dan Pemilihan Penanda PCR-HRM
Urutan genom dari 55 strain C. psittaci yang tersedia untuk perbandingan tercantum dalam Data Tambahan 2. Pipeline whole genome SNP (wgSNP) dari perangkat lunak BioNumerics v7.6.1 (Applied Maths, Sint-Martens-Latem, Belgia) digunakan untuk mendeteksi SNP pada seluruh urutan genom dan melakukan analisis kluster pada matriks wgSNP yang dihasilkan. Input untuk modul wgSNP adalah data mentah kecuali untuk referensi. Setiap file genom diproses dengan alat simulasi ART-MountRainier-2016-06-05 yang menghasilkan bacaan sintetik paired-end dengan cakupan 50. Bacaan ini disejajarkan dan dipetakan terhadap urutan referensi C. psittaci 6BC (CP002549.1) menggunakan algoritma BWA yang diimplementasikan dalam BioNumerics dengan identitas urutan minimum 90%. SNP spesifik untuk strain diidentifikasi menggunakan modul wgSNP dari BioNumerics dan kemudian disaring dengan kondisi berikut: cakupan minimum 5× untuk menyebutkan sebuah SNP, penghapusan posisi dengan setidaknya satu basa ambigu, satu basa yang tidak dapat diandalkan, atau SNP yang tidak informatif, serta jarak antar-SNP minimum 25 bp. Sebuah pohon filogenetik dibangun menggunakan RAxML versi 8.2.9 dengan model GTRGAMMA dan 1000 ulangan bootstrap berdasarkan matriks SNP yang disaring (4143 SNP) dari BioNumerics. SNP ini didistribusikan di seluruh genom.
Untuk delapan garis keturunan yang teridentifikasi (kelompok I hingga VIII), sebuah SNP dipilih secara acak dan primer PCR-HRM dirancang menggunakan perangkat lunak Primer3Plus. Analisis HRM pasca-PCR real-time menawarkan kemungkinan untuk mendeteksi variasi urutan di dalam amplicon tanpa perlu sekuensing atau probe spesifik urutan. Dengan presisi tinggi, profil leleh produk PCR ditentukan menggunakan pewarna pengikat DNA beruntai ganda dan akuisisi data fluoresensi yang akurat pada kenaikan suhu yang kecil. Metode ini memungkinkan diskriminasi amplicon yang berbeda dalam satu SNP, sesuai dengan suhu lelehnya (Tm). Posisi SNP yang dipilih dalam genom C. psittaci 6BC dan urutan primer yang digunakan dalam penelitian ini tercantum dalam Tabel 2 dan Tabel 3.
Tabel 2. Daftar SNP (single-nucleotide polymorphisms) yang dipilih untuk penelitian ini. SNP yang spesifik untuk setiap kelompok dicetak tebal.
Table 3. Primers PCR yang digunakan untuk analisis PCR-HRM
2.3. Uji PCR-HRM
Untuk sampel dari manusia atau hewan yang memiliki kandungan DNA rendah (nilai Cq lebih tinggi dari 33 dengan PCR real-time C. psittaci), dilakukan langkah pre-amplifikasi untuk meningkatkan jumlah templat DNA (menggunakan kit pre-amplifikasi Perfecta® (Quantabio) dan campuran dari delapan set primer selama 15 siklus). Amplifikasi PCR-HRM dilakukan pada Sistem PCR Real-Time ViiA7™ (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA) menggunakan LightCycler® 480 High Resolution Melting Master Mix (Roche Diagnostics, Roche, Swiss). Campuran reaksi terdiri dari 0,2 μM dari masing-masing primer, 1 × LightCycler® 480 HRM master mix, dan 2,5 mM MgCl2 dalam volume akhir 18 μL. Parameter yang digunakan adalah: 10 menit pada suhu 95°C, diikuti oleh 40 siklus yang terdiri dari 10 detik pada 95°C, 10 detik pada 60°C, dan 20 detik pada 72°C. Sampel kemudian dipanaskan hingga 95°C selama 30 detik, didinginkan hingga 65°C selama 1 menit, dan dipanaskan dari 65°C hingga 88°C dengan laju 1°C/detik dengan 25 akuisisi/°C. Data HRM dianalisis menggunakan Perangkat Lunak ViiA7™ (versi 1.2.1). Oligonukleotida sintetik digunakan sebagai kontrol untuk setiap penanda (dilusi 10−7 dari larutan 100 µM) dalam analisis HRM.
2.4. ompA dan Pengetikan MLST
Sekuensing ompA menggunakan primer 3GPB dan 5GPF dilakukan seperti yang telah dijelaskan sebelumnya. Tujuh gen housekeeping dalam metode MLST [9], yaitu gatA, oppA, hflX, gidA, enoA, hemN, dan fumC, diperkuat dan disekuensing menggunakan primer dan kondisi yang dijelaskan di situs web MLST Chlamydiales (http://pubmlst.org/chlamydiales/http://mlst.ucc.ie/, diakses pada 1 Februari 2020). Sekuensing dari kedua untai DNA dilakukan oleh Eurofins (Reichenwalde, Jerman), dan nomor alel serta tipe sekuens (ST) ditetapkan sesuai dengan basis data MLST Chlamydiales.
2.5. Pengetikan MLST In-Silico
Rakitan dari 55 strain C. psittaci diunduh dari NCBI, dan sebuah skrip (https://github.com/tseemann/mlst, diakses pada 1 Februari 2020) digunakan untuk memindai berkas kontig terhadap skema PubMLST Chlamydiales. Tabel yang dihasilkan digunakan untuk membangun pohon di BioNumerics menggunakan parameter “categorical values” untuk menghitung matriks kemiripan dan UPGMA untuk merekonstruksi pohon.
3. HASIL DAN DISKUSI
Ketersediaan urutan genom lengkap dari banyak strain C. psittaci memungkinkan pembentukan hubungan filogenetik antara isolat C. psittaci. Dengan menggunakan sejumlah besar SNP yang tersebar di seluruh genom 55 strain, konstruksi pohon berbasis SNP mengarah pada identifikasi delapan garis keturunan yang berbeda (Gambar 1), semuanya berkorelasi dengan genotipe yang didefinisikan saat ini. Memang, dalam pohon ini, sebagian besar strain terdistribusi ke dalam tiga kelompok utama: strain yang diisolasi dari burung psittacine (genotipe A), bebek (genotipe C dan E/B), atau merpati (genotipe B dan E). Klasterisasi ini konsisten dengan klasterisasi MLST yang dijelaskan oleh Pannekoek et al. [9], dengan strain C. psittaci dikelompokkan terutama sesuai dengan kelompok burung yang mereka infeksi. Lima kelompok lainnya mencakup genotipe yang lebih jarang, seperti NJ1 yang terkait dengan kalkun (genotipe D), VS225 (genotipe F), Mat116 (sebelumnya diusulkan tanpa penugasan spesies inang yang jelas), serta genotipe mamalia yang terkait dengan strain WC atau M56. Delapan kelompok ini dinamakan: grup I_psittacine, grup II_duck, grup III_pigeon, grup IV_turkey, grup V_Mat116, grup VI_M56, grup VII_VS225, dan grup VIII_WC.
Gambar 1 Pohon filogenetik berbasis SNP yang dibangun menggunakan 55 sekuens genom lengkap C. psittaci. Pohon ini dibangun menggunakan perangkat lunak RAxML versi 8.2.9 dengan model GTRGAMMA dan 1000 pengulangan bootstrap. Delapan garis keturunan yang berbeda yang diidentifikasi dalam studi ini (group I_psittacine, group II_duck, group III_pigeon, group IV_turkey, group V_Mat116, group VI_M56, group VII_VS225, dan group VIII_WC) diwakili oleh lingkaran berwarna. Nilai bootstrap menunjukkan stabilitas cabang, dan batang skala menunjukkan jumlah substitusi per situs.
Berdasarkan pengelompokan ini, SNP spesifik untuk masing-masing dari delapan kelompok tersebut (disebut SNP1 hingga 8) dipilih, dan primer didesain untuk amplifikasi spesifik melalui PCR. Kurva HRM yang diperoleh untuk delapan SNP C. psittaci yang ditargetkan ditunjukkan pada Gambar 2. Semua SNP memungkinkan perbedaan yang jelas antara amplicon dari kelompok yang ditargetkan. Oligonukleotida sintetis yang sesuai dengan fragmen yang diamplifikasi dengan PCR digunakan sebagai kontrol templat untuk setiap penanda, serta DNA dari 11 strain referensi awal C. psittaci (kecuali Mat116, yang tidak tersedia). Semua sampel ini dikelompokkan dalam kelompok yang dimaksudkan dan menghasilkan amplicon dengan satu puncak lelehan, dengan nilai Tm yang tergantung pada SNP yang dibawa oleh amplicon. Rata-rata, perbedaan nilai Tm sekitar 0,3 hingga 1,1°C diamati antara amplicon berpasangan yang spesifik untuk setiap kelompok (Data Pelengkap 3).
Gambar 2. Kurva lelehan yang dinormalisasi diperoleh menggunakan delapan penanda SNP untuk strain referensi C. psittaci dan kontrol sintetis yang sesuai. SNP yang spesifik untuk kelompok yang ditargetkan ditandai dengan simbol *.
Metode PCR-HRM yang dikembangkan kemudian diterapkan pada 118 persiapan DNA dari strain C. psittaci yang diisolasi dari berbagai inang burung atau hewan. Hasilnya dirangkum dalam Tabel 1. Semua strain yang diisolasi dari burung psittacine, bebek, atau merpati dikelompokkan dalam kelompok masing-masing, kecuali strain 91-5983, yang diisolasi dari burung psittacine tetapi dikelompokkan dalam kelompok merpati (kelompok III). Sesuai dengan hasil ini, strain ini sebelumnya diketik sebagai genotipe E melalui PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP) dan microarray [24], genotipe yang umumnya dikaitkan dengan merpati. Sebuah strain asal tidak diketahui (87-1365), dikelompokkan dalam kelompok psittacine (kelompok I_psittacine) dan sebelumnya dikarakterisasi sebagai genotipe A. Sebagian besar strain dalam penelitian ini telah diketik menggunakan uji microarray dan/atau PCR-RFLP dan/atau sekuensing ompA (n = 94/117), dan hasil pengelompokan yang sama diperoleh untuk semuanya (Tabel Data Pelengkap 1). Strain lapangan tanpa genotip awal dikelompokkan ke dalam kelompok yang sesuai dengan inang burungnya (kelompok I_psittacine (n = 13), kelompok II_duck (n = 5) atau kelompok III_pigeon (n = 1)). Menariknya, kelompok I_psittacine juga mencakup strain C. psittaci yang diisolasi dari inang non-burung (kelinci, babi, kutu, tikus) yang menunjukkan adanya variasi tropisme inang pada strain C. psittaci. Penggembalaan bersama dan pertanian campuran juga dapat menjelaskan deteksi genotipe bebek (kelompok II_duck) pada ruminansia (C1/97) atau genotipe merpati (kelompok III_pigeon) pada babi (01DC12).
Strain 99DC05 yang diisolasi dari kuda di Jerman [25] dikelompokkan dalam kelompok V_Mat116, dan Ful127, strain yang baru-baru ini diisolasi dari burung fulmar (Procellariidae) [26], dikelompokkan dalam kelompok VIII_WC. Urutan MLST dari kedua strain ini dekat dengan MLST ST24, yang sesuai dengan strain referensi 6BC (kelompok I_psittacine), dengan hanya dua mutasi pada gen hflX untuk Ful127 dan satu mutasi pada gen enoA untuk 99DC05. Dalam kasus ini, pengelompokan berbasis SNP menghasilkan topologi yang berbeda dibandingkan dengan analisis MLST (Data Pelengkap 4). Studi kami dilakukan pada sejumlah besar SNP (4143 SNP) yang tersebar di seluruh genom strain C. psittaci, sedangkan untuk MLST hanya tujuh gen housekeeping yang dianalisis. Analisis WGS kemungkinan akan membantu mengklasifikasikan genotipe yang berbeda dengan lebih tepat di masa mendatang.
Pada langkah kedua, metode PCR-HRM diterapkan pada sampel asal hewan atau manusia. Dari 17 sampel hewan, tujuh merupakan jaringan tempat strain yang termasuk dalam studi ini diisolasi (enam dari merpati (10-743_SC1, 10-743_SC22, 10-743_SC24, 10-743_SC28, 10-743_SC33 dan 10-2168) dan satu dari burung psittacine (10-1735)). Hasil pengelompokan yang sama diperoleh. Sampel lainnya dari burung psittacine (17-10114 dan 17-10090), burung bebek/air (15-46D/8, 15-53D/8, 15-41/8, 15-63/3) atau burung gagak berkerudung (15-8D/13) memberikan hasil pengelompokan yang konsisten dengan kelompok burung, dikonfirmasi sebagian besar oleh hasil sekuensing ompA jika tersedia, kecuali untuk 15-57D/2. Sampel ini berasal dari burung camar kepala hitam dan genotipe ompA-nya dikategorikan sebagai mirip Mat116 [8], sedangkan analisis PCR-HRM mengelompokkannya dalam kelompok II_merpati. Hasil yang tidak sesuai ini mungkin disebabkan oleh heterogenitas gen ompA yang sudah dikenal sebagai hotspot untuk mutasi dan peristiwa rekombinasi [11].
Lebih lanjut, pengelompokan PCR-HRM mengonfirmasi bahwa dua sampel ruminansia (12-2090_P088 dan 12-1950_M074) termasuk dalam kelompok VI_M56, sesuai dengan analisis ompA sebelumnya. Menariknya, kedua sampel ini diisolasi dari kasus keguguran pada sapi, yang menunjukkan bahwa genotipe mamalia C. psittaci ini dapat dikaitkan dengan kegagalan reproduksi pada sapi.
Dalam kasus yang diduga berasal dari manusia, penting untuk mendapatkan informasi tentang sumber infeksi guna menghindari penyebaran infeksi pada hewan, sekaligus mencegah paparan lebih lanjut pada manusia. Seringkali sulit untuk menentukan asal infeksi di luar tempat kerja atau konteks keluarga, dengan paparan yang jelas dan teridentifikasi terhadap burung. Memang, strain C. psittaci di-host oleh berbagai jenis burung, mulai dari burung domestik hingga burung eksotis dan liar, dan paparan langsung atau tidak langsung dapat terkait dengan berbagai aktivitas. Jumlah DNA klamidia yang rendah pada sampel manusia, terutama saat pengambilan sampel non-invasif (usap tenggorokan, aspirasi nasofaring), menjadi kendala untuk genotip berbasis sekuens yang juga memerlukan waktu. Dalam penelitian ini, skema pengelompokan PCR-HRM diterapkan pada 20 sampel manusia setelah langkah pra-amplifikasi, tetapi hanya 13 yang berhasil diketik. Batas amplifikasi untuk pengelompokan, yang ditentukan dari kontrol templat sintetis, diperkirakan pada 5 × 10⁴ salinan per µL. Tujuh sampel yang tidak teramplifikasi sangat lemah positif dengan Cq > 38 pada PCR real time C. psittaci, yang menjelaskan kegagalan menghasilkan amplicon untuk PCR-HRM. Enam dari sampel yang berhasil diamplifikasi dikumpulkan dari peternak bebek (16-1264_MJC, 16-1264_JL1, 16-1264_JL2, 2008_A, 2009_A, dan 20-3954_C054) dan diketik sebagai kelompok II_duck oleh PCR-HRM, sedangkan tiga sampel lainnya (16-1264_VE, 20-1105_A036, dan 20-1105_A039) diketik sebagai kelompok III_pigeon oleh PCR-HRM, sesuai dengan sumber infeksi yang dicurigai (paparan debu, pembersihan loteng). Kelompok burung ini termasuk sumber umum infeksi pada manusia.
Secara khusus, metode PCR-HRM diterapkan pada sampel 17-5203 dari seorang pasien yang meninggal, di mana sumber infeksi tidak jelas pada saat pasien dirawat di rumah sakit, karena orang tersebut baik memelihara unggas maupun berburu satwa liar sesaat sebelum timbulnya gejala klinis. Analisis PCR-HRM mengidentifikasi genotipe group II_duck, yang diduga berasal dari satwa liar, karena semua unggas di sekitar rumah telah diuji dan hasilnya negatif. Hasil ini dikonfirmasi oleh analisis ompA (genotipe C) dan MLST (ST28).
Menariknya, analisis sampel manusia yang baru-baru ini dikumpulkan di Prancis (20-1105-A041) dan di Swedia (19-5617_I078_G2662, 19-5617_I080_K12016) mengungkapkan genotipe group V_Mat116, genotipe yang sejauh ini jarang dijelaskan dan juga diisolasi dari seekor kuda di Jerman (strain 99DC05). Sementara strain Mat116 asli diisolasi dari wabah psittacosis yang tidak diketahui di Jepang (Genbank CP002744), kasus manusia di Prancis dan Swedia kemungkinan besar memiliki burung liar sebagai sumber infeksi yang mungkin, karena tidak ada kontak dengan unggas atau burung psittacine yang teridentifikasi.
Alat pengetikan PCR-HRM yang disajikan dalam penelitian ini harus dianggap sebagai skema yang sedang dikembangkan, yang perlu diperkaya dengan data sekuensing seiring dengan kontribusi genom, dan mungkin memerlukan pembaruan SNP serta panel primer terkait. Memang, selama pengembangan penelitian ini, analisis PCR-HRM yang dilakukan dengan kumpulan primer yang ditetapkan sebelumnya (tidak ditunjukkan), tidak memungkinkan afiliasi dari strain yang baru diisolasi Ful127 ke salah satu dari delapan kelompok yang ditentukan dan penanda SNP baru untuk group VIII_WC harus diimplementasikan.
Sebagai kesimpulan, temuan kami menunjukkan bahwa set penanda PCR-HRM pertama ini dapat digunakan sebagai metode pengetikan baru yang memberikan diskriminasi antara isolat C. psittaci dari berbagai inang. Selain itu, seiring dengan tersedianya lebih banyak sekuens genom klamidia, akan dimungkinkan untuk mencari penanda SNP baru yang dapat digunakan untuk diskriminasi strain lebih lanjut. Mengingat risiko zoonosis yang terkait dengan infeksi C. psittaci, penentuan sumber infeksi yang cepat sangat penting untuk manajemen sanitasi yang baik dan pencegahan paparan manusia lebih lanjut.
REFERENSI
1. Kaleta E.F., Taday E.M.A. Avian host range of Chlamydophila spp. based on isolation, antigen detection and serology. Avian Pathol. 2003;32:435–461.
2. Balsamo G., Maxted A.M., Midla J.W., Murphy J.M., Wohrle R., Edling T.M., Fish P.H., Flammer K., Hyde D., Kutty P.K., et al. Compendium of Measures to Control Chlamydia psittaci Infection Among Humans (Psittacosis) and Pet Birds (Avian Chlamydiosis) J. Avian Med. Surg. 2017;31:262–282.
3. Hogerwerf L., Roof I., de Jong M.J.K., Dijkstra F., van der Hoek W. Animal sources for zoonotic transmission of psittacosis: A systematic review. BMC Infect. Dis. 2020;20:192. doi: 10.1186/s12879-020-4918-y.
4. Andersen A.A. Serotyping of Chlamydia psittaci isolates using serovar-specific monoclonal antibodies with the microimmunofluorescence test. J. Clin. Microbiol. 1991;29:707–711.
5. Andersen A.A. Two new serovars of Chlamydia psittaci from North American birds. J. Vet. Diagn. Investig. 1997;9:159–164.
6. Vanrompay D., Butaye P., Sayada C., Ducatelle R., Haesebrouck F. Characterization of avian Chlamydia psittaci strains using omp1 restriction mapping and serovar-specific monoclonal antibodies. Res. Microbiol. 1997;148:327–333.
7. Sachse K., Laroucau K., Hotzel H., Schubert E., Ehricht R., Slickers P. Genotyping of Chlamydophila psittaci using a new DNA microarray assay based on sequence analysis of ompA genes. BMC Microbiol. 2008;8:63.
8. Szymańska-Czerwińska M., Mitura A., Niemczuk K., Zaręba K., Jodełko A., Pluta A., Scharf S., Vitek B., Aaziz R., Vorimore F., et al. Dissemination and genetic diversity of chlamydial agents in Polish wildfowl: Isolation and molecular characterisation of avian Chlamydia abortus strains. PLoS ONE. 2017;12:e0174599.
9. Pannekoek Y., Dickx V., Beeckman D.S.A., Jolley K.A., Keijzers W.C., Vretou E., Maiden M.C.J., Vanrompay D., van der Ende A. Multi locus sequence typing of Chlamydia reveals an association between Chlamydia psittaci genotypes and host species. PLoS ONE. 2010;5:e14179.
10. Brunelle B.W., Sensabaugh G.F. Nucleotide and phylogenetic analyses of the Chlamydia trachomatis ompA gene indicates it is a hotspot for mutation. BMC Res. Notes. 2012;5:53.
11. Van Loock M., Vanrompay D., Herrmann B., Vander Stappen J., Volckaert G., Goddeeris B.M., Everett K.D.E. Missing links in the divergence of Chlamydophila abortus from Chlamydophila psittaci. Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2003;53:761–770.
12. Voigt A., Schöfl G., Heidrich A., Sachse K., Saluz H.P. Full-length de novo sequence of the Chlamydophila psittaci type strain, 6BC. J. Bacteriol. 2011;193:2662–2663.
13. Schöfl G., Voigt A., Litsche K., Sachse K., Saluz H.P. Complete genome sequences of four mammalian isolates of Chlamydophila psittaci. J. Bacteriol. 2011;193:4258.
14. Seth-Smith H.M., Sait M., Sachse K., Gaede W., Longbottom D., Thomson N.R. Genome Sequence of Chlamydia psittaci Strain 01DC12 Originating from Swine. Genome Announc. 2013;1:e00078-12.
15. Chu J., Sun R., Wu Z., Liu S., Li D., Zhang Q., Ling Y., Gong Y., Wu R., Wu H., et al. Whole-Genome Sequences of Low-Virulence Strain CB3 and Mild Strain CB7 of Chlamydia psittaci. Genome Announc. 2014;2:e00456-14.
16. Zhang Q., Wu Z., Sun R., Chu J., Han E., Zhang Y., Ling Y., Gong Y., Li D., Wu H., et al. Whole-Genome Sequences of Chlamydia psittaci Strain HJ, Isolated from Meat Pigeons with Severe Respiratory Distress and High Mortality. Genome Announc. 2015;3:e00035-15.
17. Laroucau K., de Barbeyrac B., Vorimore F., Clerc M., Bertin C., Harkinezhad T., Verminnen K., Obeniche F., Capek I., Bébéar C., et al. Chlamydial infections in duck farms associated with human cases of psittacosis in France. Vet. Microbiol. 2009;135:82–89.
18. Sachse K., Laroucau K., Riege K., Wehner S., Dilcher M., Creasy H.H., Weidmann M., Myers G., Vorimore F., Vicari N., et al. Evidence for the existence of two new members of the family Chlamydiaceae and proposal of Chlamydia avium sp. nov. and Chlamydia gallinacea sp. nov. Syst. Appl. Microbiol. 2014;37:79–88.
19. Pantchev A., Sting R., Bauerfeind R., Tyczka J., Sachse K. New real-time PCR tests for species-specific detection of Chlamydophila psittaci and Chlamydophila abortus from tissue samples. Vet. J. 2009;181:145–150.
20. Huang W., Li L., Myers J.R., Marth G.T. ART: A next-generation sequencing read simulator. Bioinformatics. 2012;28:593–594.
21. Stamatakis A. RAxML version 8: A tool for phylogenetic analysis and post-analysis of large phylogenies. Bioinformatics. 2014;30:1312–1313.
22. Untergasser A., Nijvee H., Rao X., Bisseling T., Geurts R., Leunissen J.A.M. Primer3Plus, an enhanced web interface to Primer3. Nucleic Acids Res. 2007;35:W71–W74.
23. Kaltenboeck B., Kousoulas K.G., Storz J. Structures of and allelic diversity and relationships among the major outer membrane protein (ompA) genes of the four chlamydial species. J. Bacteriol. 1993;175:487–502.
24. Sachse K., Laroucau K., Vorimore F., Magnino S., Feige J., Müller W., Kube S., Hotzel H., Schubert E., Slickers P., et al. DNA microarray-based genotyping of Chlamydophila psittaci strains from culture and clinical samples. Vet. Microbiol. 2009;135:22–30.
25. Henning K., Sachse K., Sting R. Demonstration of Chlamydia from an equine abortion. Dtsch. Tierärztl. Wochenschr. 2000;107:49–52.
26. Wang H., Jensen J.K., Olsson A., Vorimore F., Aaziz R., Guy L., Ellström P., Laroucau K., Herrmann B. Chlamydia psittaci in fulmars on the Faroe Islands: A causative link to South American psittacines eight decades after a severe epidemic. Microbes Infect. 2020;22:356–359.
Sumber:
Fabien Vorimore, Rachid Aaziz, Bartille de Barbeyrac, Olivia Peuchant, Monika Szymańska-Czerwińska, Björn Herrmann, Chritiane Schnee, and Karine Laroucau. 2021. A New SNP-Based Genotyping Method for C. psittaci: Application to Field Samples for Quick Identification. Microoganisms. 2021 Mar; 9(3): 625
No comments:
Post a Comment